Utilisation du module Net::SSH::Except

Bonjour à tous,

Je viens vers vous pour solliciter votre aide concernant ce module car je n'arrive pas à exécuter plusieurs commandes bash de suite grace à ce module.

Pourriez vous jeter un œil ?

Code:

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#!/usr/bin/perl use strict; use warnings; use Net::SSH::Expect; my $host = "distant_host"; my $user = "user_name"; my $ssh = Net::SSH::Expect->new ( host => $host, user => $user, raw_pty => 1 ); $ssh->run_ssh() or die "SSH process couldn't start: $!"; my $cd = $ssh->exec("cd scripts/workspace/"); my $cp = $ssh->exec("nohup ./bash_cp_lib.sh > out_bash_cp_lib.txt"); # mv (SCP) the librairy files my $blastclust = $ssh->exec("nohup ./bash_blastclust.sh > out_bash_blastclust.txt");# clusterise #my $count_lib = $ssh->exec("ls -l /scripts/data/lib/original/*.fa | wc -l"); #my $cnt_lib_95 = $ssh->exec("ls -l /scripts/data/lib/lib_95/*.fa | wc -l"); #die "problem during blastclust" if ($count_lib!=$cnt_lib_95); #my $ls = $ssh->exec("nohup ./bash_master.sh > out_bash_master.txt");# generate PNG $ssh->close();

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Lorsque j'essaye de lancer les trois commandes suivantes :

Code:

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my $cd = $ssh->exec("cd scripts/workspace/"); my $cp = $ssh->exec("nohup ./bash_cp_lib.sh > out_bash_cp_lib.txt"); # mv (SCP) the librairy files my $blastclust = $ssh->exec("nohup ./bash_blastclust.sh > out_bash_blastclust.txt");# clusterise

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uniquement les commandes $cd && $cp fonctionnent

et lorsque je commente $cp, la commande $blastclust fonctionne correctement.
Les scripts sont donc correctes mais l'exécution de commande exec à plusieurs reprises ne se fait pas.

Faut il créer plusieurs objets $ssh ?

Merci d'avance pour votre aide !

as-tu un message d'erreur ?

Aucun :S, rien dans mon out.
C'est grâce a la date d'actualisation de mon file out que je sais si le script s'est bien exécuté ou pas.

Je pense que ca vient vraiment du module car les bash lancés indépendamment l'un après l'autre fonctionnent.

N'y aurait-il pas un problème de chmod ou chown du fichier lancé ?

le script perl est lancé depuis mon local vers un cluster distant avec mes codes user (avec des facilites de connexion mis en place, cad ssh keygen, authorized keys ...)

Les bash executés à distance sont en 777 (j'ai fai un chmod en accord avec ton dernier post)

De plus l'exécution se fait vraiment via le script Perl : ce que je veux dire c'est que quand je les ai testé indépendamment j'ai lance l'exécution via mon script de ma machine local.

Salut,

Pourrais-tu fusionner l'output et l'erreur standard. relancer ton script et voir si tu as des infos supplémentaires dans tes fichiers txt.

Code:

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my $cp = $ssh->exec("nohup ./bash_cp_lib.sh > out_bash_cp_lib.txt 2>&1"); # mv (SCP) the librairy files my $blastclust = $ssh->exec("nohup ./bash_blastclust.sh > out_bash_blastclust.txt 2>&1");# clusterise

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J'ai copié collé tes lignes de code et malheureusement pas plus d'informations dans les output (et d'ailleurs uniquement celui du cp a été actualisé)

Oki,

Peux-tu executer ces deux commande en background et voir si les deux commandes sont executées?

Code:

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my $cp = $ssh->exec("nohup ./bash_cp_lib.sh > out_bash_cp_lib.txt &"); # mv (SCP) the librairy files my $blastclust = $ssh->exec("nohup ./bash_blastclust.sh > out_bash_blastclust.txt &");# clusterise

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Ça marche avec le & mais je ne peux pas faire ces exécutions ainsi car l'étape de rapatriements des informations (cp) doit se faire avant le traitement de ceux ci (bash_blastclust)