Discussion :

[ludovic787]

Bonjour,


J'ai trouvé ceci :https://stackoverflow.com/questions/...nut-chart-in-r

J'ai pris ces données et les ai modifiées pour mon usage.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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library(tidyverse
library(ggplot2)
  library(webr)
  library(dplyr)
 
  lexicon <- data.frame("Level1" = c(rep("Tox", 9), rep("No tox", 3),rep("safety",3)),
                        "Level2" = c(rep("Enterobacteria", 6), rep("Bacillus", 5), rep("Probiotic", 4)),
                        "Level3" = c("E coli", "Proteus", "Citrobacter", "Salmonella", "Shigella", "Yersinia", "B Cereus", "B Anthracis", "B cytotoxicus", "B thuringiensis", "B mycoides", "Bifidobacterium sp"," Lactobacillus casei ", "Lactococcus lactis ", "Streptococcus thermophilus")
  )
  lexicon %>%
    mutate(top_level = Level1) %>%
    pivot_longer(1:3) %>%
    group_by(name, value) %>%
    mutate(width = n()) %>%
    unique() %>%
    arrange(name) %>%
    group_by(name) %>%
    mutate(ymid = as.numeric(sub("\\D+", "", name)),
           ymax = ymid + 0.5, ymin = ymid - 0.5,
           xmin = c(0, head(cumsum(width), -1)),
           xmax = cumsum(width),
           xmid = (xmax + xmin)/2 ) %>%
 
    ggplot(aes(xmid, ymid, fill = top_level)) +
    geom_rect(aes(xmin = xmin, xmax = xmax, ymin = ymin, ymax = ymax,
                  alpha = name, color = top_level)) +
    geomtextpath::geom_textpath(aes(y = ymid + 0.25, label = value, 
                                    group = value)) +
    scale_alpha_manual(values = c(1, 0.3, 0.1)) +
    scale_fill_manual(values = c("#cd9900", "#00817e","#aaaaaa")) +
    scale_colour_manual(values = c("#cd9900", "#00817e","#aaaaaa")) +
    scale_y_continuous(limits = c(-0.5, 3.6)) +
    coord_polar() +
    theme_void() +
    theme(legend.position = "none")

J'ai une erreur, le PieDonut (geom_rect) ne couvre pas tout le cercle avec utilisation de coord_polar().

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Messages d'avis :
1: Dans mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE) :
  l'argument le plus long n'est pas d'une longueur multiple du plus court
2: Dans mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE) :
  l'argument le plus long n'est pas d'une longueur multiple du plus court
3: Dans mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE) :
  l'argument le plus long n'est pas d'une longueur multiple du plus court
4: Dans path[singletons] <- Map(pathify, data = path[singletons], hjust = params$hjust[singletons],  :
  le nombre d'objets à remplacer n'est pas multiple de la taille du remplacement

Merci pour la réponse

[xavier-Pierre]

bonjour ,
le problème vient du fait que l'on a des niveaux 2 qui sont communs à 2 niveaux 1 (Bacillus ==> Tox et no tox; Probiotic ==> no Tox et safety)
une solution possible est de fusionner les niveaux 2 et 3

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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lexicon2 <- data.frame("Level1" = c(rep("Tox", 9), rep("No tox", 3),rep("safety",3)),
                      "Level2" = c(rep("Enterobacteria", 6), rep("Bacillus", 5), rep("Probiotic", 4)),
                      "Level3" = c("E coli", "Proteus", "Citrobacter", "Salmonella", "Shigella", "Yersinia", "B Cereus", "B Anthracis", "B cytotoxicus", "B thuringiensis", "B mycoides", "Bifidobacterium sp"," Lactobacillus casei ", "Lactococcus lactis ", "Strepto. thermophilus")
) |> mutate(Level2=str_c(Level2, "\n",Level3)) |> select(-Level3)
 
lexicon2 %>%
  mutate(top_level = Level1) %>%
  pivot_longer(1:2) %>%  ##changer car plus que 2 niveaux
  group_by(name, value) %>%
  mutate(width = n()) %>%ungroup() |> 
  unique() %>%
  arrange(name) %>%
  group_by(name) %>%
  mutate(ymid = as.numeric(sub("\\D+", "", name)),
         ymax = ymid + 0.5, ymin = ymid - 0.5,
         xmin = c(0, head(cumsum(width), -1)), ##??
         xmax = cumsum(width),
         xmid = (xmax + xmin)/2 ) %>%
 
  ggplot(aes(xmid, ymid, fill = top_level)) +
  geom_rect(aes(xmin = xmin, xmax = xmax, ymin = ymin, ymax = ymax,
                alpha = name, color = top_level)) +
  geomtextpath::geom_textpath(aes(y = ymid + 0.25, label = value, 
                                  group = value),size=2.5) +
  scale_alpha_manual(values = c(1, 0.3, 0.1)) +
  scale_fill_manual(values = c("#cd9900", "#00817e","#aaaaaa")) +
  scale_colour_manual(values = c("#cd9900", "#00817e","#aaaaaa")) +
  scale_y_continuous(limits = c(-0.5, 3.6)) +
  coord_polar() +
  theme_void() +
  theme(legend.position = "none")

bonne journée

[xavier-Pierre]

plus simple et pour garder les 3 niveaux

Code :

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lexicon2 <- data.frame("Level1" = c(rep("Tox", 9), rep("No tox", 3),rep("safety",3)),
                      "Level2" = c(rep("Enterobacteria", 6), rep("Bacillus", 5), rep("Probiotic", 4)),
                      "Level3" = c("E coli", "Proteus", "Citrobacter", "Salmonella", "Shigella", "Yersinia", "B Cereus", "B Anthracis", "B cytotoxicus", "B thuringiensis", "B mycoides", "Bifidobacterium sp"," Lactobacillus casei ", "Lactococcus lactis ", "Strepto. thermophilus")
) #|> mutate(Level2=str_c(Level2, "\n",Level3)) |> select(-Level3)
lexicon2 %>%
  mutate(top_level = Level1) %>%
  pivot_longer(1:3) %>%  ##changer car plus que 2 niveaux
  group_by(top_level,name, value) %>%  ##on rajoute top_level dans le groupement
  mutate(width = n()) %>%ungroup() |> 
  unique() %>%
  arrange(name) %>%
  group_by(name) %>%
  mutate(ymid = as.numeric(sub("\\D+", "", name)),
         ymax = ymid + 0.5, ymin = ymid - 0.5,
         xmin = c(0, head(cumsum(width), -1)), ##??
         xmax = cumsum(width),
         xmid = (xmax + xmin)/2 ) %>%
  
  ggplot(aes(xmid, ymid, fill = top_level)) +
  geom_rect(aes(xmin = xmin, xmax = xmax, ymin = ymin, ymax = ymax,
                alpha = name, color = top_level)) +
  geomtextpath::geom_textpath(aes(y = ymid + 0.25, label = value, 
                                  group = value)) +
  scale_alpha_manual(values = c(1, 0.3, 0.1)) +
  scale_fill_manual(values = c("#cd9900", "#00817e","#aaaaaa")) +
  scale_colour_manual(values = c("#cd9900", "#00817e","#aaaaaa")) +
  scale_y_continuous(limits = c(-0.5, 3.6)) +
  coord_polar() +
  theme_void() +
  theme(legend.position = "none")