Discussion :

[tekeuhtsafackromaric]

Je suis Romaric,

Je vous contacte parce que j'ai un soucis avec la lecture d'un*fichier et je*sollicite votre orientation*dans la résolution de ce problème s'il vous plaît*?
En effet, j'essaye d'assigner un fichier à un objet, mais j'ai un message d'erreur (voir pièce jointe).*Mon input est bien une chaine de caractère contenant le fichier que je veux associer à l'objet data1, mais je ne comprends pas pourquoi ça ne fonctionne pas. Quand j'essaye avec read.table, ca fait planter mon environnement Rstudio; il en est de même lorsque j'essaye de le faire via le serveur Rstudio du B22.
J'ai également mis en pièce jointe un aperçu du fichier que j'essaye d'assigner à l'objet data1.
Merci d'avance pour votre réponse,
Bien à vous,

[mgdondon]

Bonjour,

Vous avez importé le contenu du fichier dans l'objet myfile1 donc myfile1 n'est pas une chaîne de caractères.

Je vous conseille d'exécuter les exemples de l'aide :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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library(RZooRoH)
myfile1 <- system.file("exdata","genoex.txt",package="RZooRoH")
myfile1
#> [1] "C:/Users/dondon/R/win-library/4.0/RZooRoH/exdata/genoex.txt"
data1 <- zoodata(myfile1)
#> [1] "Number of positions in original file ::"
#> [2] "14831"                                  
#> [1] "Number of positions after MAF filtering  ::"
#> [2] "14831"

Autrement dit ça revient au code suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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library(RZooRoH)
data1 <- zoodata("C:/Users/dondon/R/win-library/4.0/RZooRoH/exdata/genoex.txt")
#> [1] "Number of positions in original file ::"
#> [2] "14831"                                  
#> [1] "Number of positions after MAF filtering  ::"
#> [2] "14831"

De même, la fonction read.table() demande un nom de fichier entre guillemets.

Cordialement,

[tekeuhtsafackromaric]

Bonjour Monsieur mgdondon,
Merci bien pour votre réponse, c'est bien gentil de votre part. Je prends bonnes notes de vos remarques et suggestions.

Bien à vous,

[tekeuhtsafackromaric]

Bonjour,

Vous avez importé le contenu du fichier dans l'objet myfile1 donc myfile1 n'est pas une chaîne de caractères.

Je vous conseille d'exécuter les exemples de l'aide :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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library(RZooRoH)
myfile1 <- system.file("exdata","genoex.txt",package="RZooRoH")
myfile1
#> [1] "C:/Users/dondon/R/win-library/4.0/RZooRoH/exdata/genoex.txt"
data1 <- zoodata(myfile1)
#> [1] "Number of positions in original file ::"
#> [2] "14831"                                  
#> [1] "Number of positions after MAF filtering  ::"
#> [2] "14831"

Autrement dit ça revient au code suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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library(RZooRoH)
data1 <- zoodata("C:/Users/dondon/R/win-library/4.0/RZooRoH/exdata/genoex.txt")
#> [1] "Number of positions in original file ::"
#> [2] "14831"                                  
#> [1] "Number of positions after MAF filtering  ::"
#> [2] "14831"

De même, la fonction read.table() demande un nom de fichier entre guillemets.

Cordialement,

Bonjour Monsieur mgdondon,
Merci bien pour votre réponse, c'est bien gentil de votre part. Je prends bonnes notes de vos remarques et suggestions.

Bien à vous,

Je suis Romaric,

Je vous contacte parce que j'ai un soucis avec la lecture d'un*fichier et je*sollicite votre orientation*dans la résolution de ce problème s'il vous plaît*?
En effet, j'essaye d'assigner un fichier à un objet, mais j'ai un message d'erreur (voir pièce jointe).*Mon input est bien une chaine de caractère contenant le fichier que je veux associer à l'objet data1, mais je ne comprends pas pourquoi ça ne fonctionne pas. Quand j'essaye avec read.table, ca fait planter mon environnement Rstudio; il en est de même lorsque j'essaye de le faire via le serveur Rstudio du B22.
J'ai également mis en pièce jointe un aperçu du fichier que j'essaye d'assigner à l'objet data1.
Merci d'avance pour votre réponse,
Bien à vous,