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Pour moi utiliser stty ne sert à rien si le port série est configuré dans ton logiciel (via termios).
Donc le logiciel se contente de remplir le fichier texte à partir de ce qui arrive sur le port...

Wha j'ai rarement vu autant de paramètres à stty. Je ne suis pas certain que tous soient nécessaires,
As-tu le code source de serial_buffer.out ? Que fait-il exactement ?

Qu'appelles-tu "reset" ?
Il nous manque des détails pour t'aider car je ne comprends pas tout :(