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PHPStorm et les outils jetbrain en général sont les IDE les plus aboutis chacun dans leur domaine.
PHPStorm ne réorganise pas les fichiers, tout au plus il va créer un dossier par défaut masqué dans...

Et pour info à aucun moment phpstorm ne réorganise les fichiers à partir du moment où on lui demande d'ouvrir un projet existant.

Il faut éplucher le guide de migration :
http://php.net/manual/fr/migration70.php

Mais rien ne remplacera des tests ;)