Discussion :

[Momoze]

Bonjour à tous

Mon but final est de réaliser une analyse différentielle de l'expression de gène (microarray).
Pour cela j'utilise le package limma.

j'ai un tableau de données au format csv contenant 7 colonnes : la première colonnes est l'intitulé des gènes et le reste ne contient que des valeurs numériques.

J'importe ce tableau sous R via la commande read.csv :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

data <- read.csv(file = "normdata.csv", header = TRUE, sep = ";", quote= "'", dec = ".")

Ensuite, je convertis le data.frame en matrix en faisant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

toto <- as.matrix(tata, rownames.force = TRUE)

Ensuite, je voudrais transformer toutes ces valeurs en log2, alors je fais :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

log2(toto)

mais cela ne marche pas, j'ai une erreur du type :

Argument non numérique pour une fonction mathématique

Le truc c'est que je voudrais indiquer qu'il faudrait effectuer le calcul à partir de la 2ème colonne, mais je ne sais pas comment on fait cela, et c'est là que j'ai besoin de votre aide.

Merci d'avance

[dickoa]

Il semblerait que soit dans ta matrice t'a des données non numérique ou bien tu a des chiffres inférieurs à 0 (à cause du log) . Donc faudrait déja verifier cela......
sinon si tu veux commencer à partir de la seconde colonne tu peux faire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

log2(Mat[,2:10])

En supposant que ta matrice s'appelle Mat et qu'elle est 10 colonnes !!!

[petromyzon]

J'ai déjà eu le cas,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
class(toto)

doit te renvoyer list