Discussion :

[jejerome]

Bonjour

Je ne connais que quelques bases en scripts shell linux (mais j'apprends vite...) et j'aurais besoin d'aide.

Je souhaite ecrire un script qui gere les headers d'images en format FITS.
Une image FITS est composee d'un header en format ASCII, suivi de l'image en format binaire. Le header contient plusieurs champs de 80 caracteres. Chaque champ contient un mot-cle suivi d'un contenu. Le dernier champ du header contient le mot-cle "END" : ensuite c'est l'image.

Je voudrais ecrire des scripts qui lorsqu'on leur donne un nom de fichier "image.fit", permettent de faire des operations diverses sur les mot-cles:
- par exemple, balayer tous les headers et s'arreter aux headers ayant le mot-cle "EXPOSURE" et remplacer "EXPOSURE" par "EXPTIME".
- ou alors renvoyer (avec l'instruction echo) le contenu du header ayant pour mot-cle "DATE-OBS"
etc

Est-ce c'est possible ?
De quelles instructions j'aurais besoin ?
Si vous pouviez m'orienter dans la bonne direction, et eventuellement me donner quelques bouts de code, je devrais pouvoir me debrouiller...

Merci pour votre aide

[jejerome]

Si je veux remplacer la premiere occurrence de EXPOSURE par EXPTIME dans le header de l'image, ca a l'air de marcher

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$ sed -i 's/EXPOSURE/EXPTIME/' image.fit

Maintenant, si je veux afficher le champ EXPTIME du header ? Il faut afficher les 80 caracteres qui commencent par EXPTIME, comment faire ?

[fransoo]

Il faudrait savoir ce qui signale la fin du header. Ou est-il toujours de la même taille (les N premiers octets) ?.
Pour être le plus complet possible il faudrait:

1. séparer l'ensemble du header (selon le critère expliqué plus haut)
2. l'éditer
3. le recoller à l'image. (sans soucis dans *nix)

[jejerome]

Le header est compose d'une successions de champs de 80 caracteres, qui sont comme ca:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

'MOT-CLE = valeur                                                               '

La fin du header est un champ de 80 caractere qui commence par 'END' suivi de 77 espaces:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

'END                                                                             '

Ce qu'il faudrait c'est un script qu'on appelle avec

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

./print_header MOT-CLE

qui renvoie:

MOT-CLE = valeur

[fransoo]

Ça ne me semble pas poser de problèmes.
J'aimerais faire l'essai avec un ou deux échantillons.
Les poster ou poster des URLs seraient une aide précieuse...

[jejerome]

Voici un lien ou on peut telecharger une image FITS:
http://astrosurf.com/caron/mediane/test.fit

[fransoo]

Voilà déjà de quoi lire l'entête (brut de décoffrage)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/bin/bash
while read -n80 L
do
   [ "${L::3}" = "END" ] && break
   echo $L
done <test.fit

résultat :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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SIMPLE = T
BITPIX = 16
NAXIS = 2
NAXIS1 = 736
NAXIS2 = 482
MIPS-HI = 5081
MIPS-LO = 4681
MIPS-X1 = 0
MIPS-Y1 = 0
MIPS-X2 = 0
MIPS-Y2 = 0
MIPS-BIX= 1
MIPS-BIY= 1
MIPS-CCD= 1
MIPS-FL = 0
MIPS-SX = 0
MIPS-SY = 0
MIPS-NOR= 0.000000
MIPS-CST= 0.000000
DATE-OBS= '2010-04-17T23:05:39'
UT-START= '23:05:39'
EXPTIME = 60.

Visiblement les mots-clés font systématiquement 8 caractères. Est-ce une des contraintes du format ?

[fransoo]

Et voici le script qui extrait la valeur souhaitée

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/bin/bash
while read -n80 L
do
   [ "${L::3}" = "END" ] && break
   [ "${L%% *}" = "$1" ] && echo $L
done <test.fit

[jejerome]

Excellent, merci fransoo !!
Oui les mot-cles font toujours 8 caracteres, c'est le format qui veut ca.

Sinon je me demandais comment faire pour passer le fichier a examiner en paramètre ?
J'ai essayé avec

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/bin/bash
while read -n80 L
do
   [ "${L::3}" = "END" ] && break
   [ "${L%% *}" = "$1" ] && echo $L
done <$2

mais si j'ai plusieurs images et que je fais

get_header.sh NAXIS *.fit

ca ne renvoie le header que de la premiere image. Comment faire pour balayer toutes les images, et puis aussi pour afficher le nom des fichiers ?

[fransoo]

Ok. Essaye ça:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/bin/bash
for File in $2
do
   while read -n80 L
   do
      [ "${L::3}" = "END" ] && break
      [ "${L%% *}" = "$1" ] && echo "$L dans $File"
   done <$File
done

[jejerome]

Ca ne renvoie que le header pour le premier fichier...
(je suis dans un repertoire qui contient 20 fichiers .fit)

[fransoo]

Ca ne renvoie que le header pour le premier fichier...
(je suis dans un repertoire qui contient 20 fichiers .fit)

Si on veut tous les fichiers .fit du répertoire courant alors c'est

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

for File in *.fit

Il ya un moyen de vérifier dans un terminal en tapant

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

echo *.fit

ça doit retourner la liste des fichiers séparés par espace. Donc attention à ce que leurs noms n'en contiennent pas !

[jejerome]

Si je tape

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

echo *.fit

dans un terminal, alors j'ai bien toute la liste des fichiers

ngc6781_10.fit ngc6781_11.fit ngc6781_12.fit ngc6781_13.fit ngc6781_14.fit ngc6781_15.fit ngc6781_16.fit ngc6781_17.fit ngc6781_18.fit ngc6781_19.fit ngc6781_1.fit ngc6781_20.fit ngc6781_2.fit ngc6781_3.fit ngc6781_4.fit ngc6781_5.fit ngc6781_6.fit ngc6781_7.fit ngc6781_8.fit ngc6781_9.fit

Si je met

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

for File in *.fit

dans le script alors ca donne bien la réponse pour tous les fichiers. Mais c'est très lent, et j'ai l'impression que le script balaye les fichiers en entier sans s'arrêter au mot-clé 'END'. Chaque fichier fait 774 ko, alors que l'en tête est très court donc ca devrait être rapide...

Enfin, mon problème c'est que je ne peux pas utiliser

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

for File in $2

et passer "*.fit" en second paramètre. Alors j'ai le résultat seulement pour le premier fichier ngc6781_10.fit... Si j'ajoute

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

echo $2

au script ca n'affiche que

ngc6781_10.fit

Est-ce que c'est normal ?

On va y arriver... merci pour toutes ces réponses!!

[jejerome]

Bon, après test je confirme que le script s'arrête bien au mot-clé 'END' (désolé d'avoir douté...)

Sinon je ne vois pas comment passer un nom de fichier *.fit au script...