Discussion :

[Momoze]

Bonjour a tous, je ne sais pas si je poste dans la bonne section
merci de déplacer mon sujet si ce n'est pas le cas.

tout d'abord : je suis une formation bioinformatique.
mais nous n'avons pas vu en détail tout ce qui concerne l'analyse de puce adn
j'en connais néanmoins le fonctionnement principal, mais pas du tout la partie technique pour permettre l'analyse de ces dernières.

j'aimerais donc savoir s'il y a des ouvrages et lesquels qui traiteraient de ce sujet par exemple, à savoir :

les méthodes d'analyses détaillées, la liste des logiciels pour analysé
les types de données rencontrées, peut être des tutos, ou des guides pas à pas ou ("analyse puce adn pour les nuls" ^^ par exemple).

en gros j'aimerais vraiment apprendre comment faire afin de me spécialiser vers ce domaine.

je vous remercie d'avance pour les réponses que vous pourriez m'apporter

[Beniou]

C'est un vaste sujet l'analyse de données issues des microarrays (analyse d'expression, normalisation etc.). Tout dépend de ce que tu veux faire.

Je ne connais pas vraiment de guide ou de tutos "pour les nuls" comme tu dis.

Tu peux regarder cette thèse qui fait un petit inventaire des techniques.

Sinon il faut un peu fouiller sur le web.

Côté analyse, l'utilisation de statistiques est primordiale. Par exemple il y a le langage R (voire SAS pour le payant). Avec R, il y a des packages qui servent à l'analyse de ce type de données. Pour en citer un tu peux regarder du côté du site Bioconductor qui regroupe des packages servant à l'analyse de différents types données. Ils ont ausi quelques cours disponibles sur leur site qui peuvent t'intéresser.

[Momoze]

merci, pour ces pistes je vais m'y plonger,
j'aurais aimer avoir un exemple complet d'une analyse d'une puce en fait, à savoir justement, il récupère tel type de fichier, il fait une normalisation de type lowess par exemple, voir aussi quel commande sous r qu'il a utilisé pour fie l'analyse.
donc si tu es au courant de documents de ce type fais moi signe
la je vais lire ce que tu m'a donné
merci

[Beniou]

En regardant les cours dispo sur Bioconductor, (tous ne sont pas en ligne), j'ai trouvé celui-ci où il y a des commandes utiles suivant ce que tu veux analyser.

[Momoze]

merci