Discussion :

[shadow19c]

Bonjour,
voila j'ai un petit souci que voici:

j'ai deux dictionnaire:l'un pour les CV-**** et l'autre pour les Aster-*****

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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{"['C169v2-00003']": '[1, 45]', "['C169v2-04487']": '[66, 111, 155, 184, 207, 253]', "['C169v2-00001']": '[24, 54, 92, 137, 236, 276, 325]', "['C169v2-00005']": '[58, 138, 191, 222]', "['C169v2-00002']": '[44, 50, 134]', "['C169v2-00004']": '[15, 46, 102, 165]'}

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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{"['Aster-04749']": '[83, 150, 214]', "['Aster-00003']": '[31, 116, 144, 172, 242]', "['Aster-06787']": '[79, 117, 196, 223, 264, 307, 338, 348, 387, 418, 454, 501, 566]', "['Aster-00004']": '[17, 79, 185, 226, 238, 259, 287, 338]', "['Aster-00001']": '[42, 66, 138, 147]', "['Aster-00002']": '[70, 127, 144, 199]'}

Et j'ai un fichier contenant le couple CV-*** Aster-****

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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C169v2-00001	Aster-00001	
C169v2-00002	Aster-00002	 
C169v2-00003	Aster-00003	 
C169v2-00004	Aster-00004	 
C169v2-00005	Aster-04749	 
C169v2-04487	Aster-06787

je voudrais a partir de ce fcihier lire les couples les stockees, et aller dans les dictionnaires respectifs recuperer les valeurs et les ecrire pour les Aster et CV respectifs.
Mais j'ai un souci de Key error

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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KeyError: 'C169v2-00001'

voici mon code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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with open('ok.txt') as fichier:
	for line in fichier:
 
     	 	tab = line.split("\t")
     		print tab[0]  # => C169v2-00002
      		print tab[1]  # => Aster-06787
		print d1[tab[0]] # ce qui equivaut a print dic["C169v2-00001"] ==> 24, 54, 92, 137, 236, 276, 325]'
		print d2[tab[1]] # ce qui equivaut a print dic["Aster-00001] ==> [42, 66, 138, 147]

est ce que quelqu'un pourrait m'eclairer mon erreur et m'aider please!!!!!

merci

[afranck64]

Bonjour,
Les clefs de votre dictionnaire sont sous la forme

"['C169v2-00003']"

Tandis que dans votre fichier de lecture ce n est pas le cas vous devriez essayer:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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with open('ok.txt') as fichier:
	for line in fichier:
 
     	 	tab = line.split("\t")
     		print tab[0]  # => C169v2-00002
      		print tab[1]  # => Aster-06787
		print d1["["+tab[0]+"]"] # ce qui equivaut a print dic["[C169v2-00001]"] ==> 24, 54, 92, 137, 236, 276, 325]' comme dans l exemple
		print d2["["+tab[1]+"]"] # ce qui equivaut a print dic["[Aster-00001]"] ==> [42, 66, 138, 147] comme dans l exemple

A plus.

[shadow19c]

J'ai utilise ce que vous avez dit car j'ai pense au meme souci mais j'ai toujours la meme erreur, je pense plutot qu'il faut que je fasse une boucle dans le dictinnaire ou pas??

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Traceback (most recent call last):
  File "essai2.py", line 115, in <module>
    print d1["["+tab[0]+"]"] 
KeyError: '[C169v2-00001]'

[afranck64]

Re,
Excuse moi. Petite erreur.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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with open('ok.txt') as fichier:
	for line in fichier:
 
     	 	tab = line.split("\t")
     		print tab[0]  # => C169v2-00002
      		print tab[1]  # => Aster-06787
		print d1["['"+tab[0]+"']"] # ce qui equivaut a print dic["['C169v2-00001']"] ==> 24, 54, 92, 137, 236, 276, 325]' comme dans l exemple
		print d2["['"+tab[1]+"']"] # ce qui equivaut a print dic["'[Aster-00001']"] ==> [42, 66, 138, 147] comme dans l exemple

Je crois que ca y est. J ' ai tout a l heure oublie les apostrophes.

[shadow19c]

Ok merci bcp!!!!! ca marche i'm happy

[shadow19c]

J'ai le meme souci mais cette fois jai un tres grand fichier qu'on va resumer a ceci:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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C169v2-03060	Aster-04730	
C169v2-03067	Aster-04746	
C169v2-03066	Aster-04710	
C169v2-03065	Aster-04711	
C169v2-03064	Aster-05029

apres les ASTER il y a un \n qui me pause probleme

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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with open('ok.txt') as fichier:
	for line in fichier:
 
     	 	tab = line.split("\t")
		print tab
     		print tab[0]  # => C169v2-00002
      		print tab[1]  # => Aster-06787
	        print d1["['"+tab[0]+"']"] # ce qui equivaut a print dic["['C169v2-00001']"] ==> 24, 54, 92, 137, 236, 276, 325]' comme dans l exemple
		print d2["['"+tab[1]+"']"]

car du coup j'ai une erreure du style

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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KeyError: "['Aster-06787\n']"

j'ai essaye de joue comme vous avec les expressions mais je n'y arrive pas

merci si vous avez une solution

[wiztricks]

Salut

La clé est une chaîne de caractère de la forme: 'C169v2-00003'.

Si vous récupérez "['C169v2-00003']", c'est que vous avez fait "str" sur une liste réduite à un seul élément...i.e. vous n'avez pas mis ce que vous vouliez.

Corrigez le défaut initial plutôt que de d'essayer de gérer les dégâts plus loin.

- W

[VinsS]

Essayes comme ça:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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print d1[tab[0]]
print d2[tab[1][:-1]]

Il ne faut pas rajouter de crochets entre guillemets.
Il est normal que la clé soit une variable.

[airod]

question 1 : comment récupérez vous les dictionnaire? c'est un de vos traitement?

question 2 : est ce que vous etes sur que vos clés des dictionnaire seront toujours présentes dans le fichier des couples?

question 3 : quel est la finalité du traitement.

perso, j'utiliserai setdefault, pour lire les valeurs dans mon dictionnaire ou alors aprés avoir fait une réecriture des clés des dico pour virer les [' et ']. je chercherais la clé issue du couple dans la liste des clés du dico (via Aster.key())

Quand au \n qui peut etre présent dans une valeur récupérée du fichier des couple, je ferais diférement.
je commencerai par virer les \n, faire un split sur les \t.
comme ca pluis de soucis avec les \n dans les valeurs récupérées.

Plus long comme traitement mais controlé...

[shadow19c]

Bonjour, oui je fait un str au debut car pour mettre dans le dico je ne pouvais pas le faire voici mon code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#! /usr/bin/python
 
 
#coding=utf-8
 
coco=[]
aster=[]
 
d1={}
d2={}
 
 
 
def rev(l): 
    if len(l) == 0: return [] 
    return [l[-1]] + rev(l[:-1]) 
 
 
 
def brin(line):
 
      T=line.split('\t')[3:4]
 
      if '+' in T:
 
 
	    coord1=line.split('\t')[7:8]
 
	    d=[(int(j)-int(i))/3 for i, j in [i.split("..") for i in coord1[0].split(",")]]#calcul de la distance
 
	    c = [1]
	    for i in d:
    		c.append(c[-1]+i)
   		c.append(c[-1]+1)
	    c.remove(c[-1])
 
      else:
 
            a=[]
	    coord2=line.split('\t')[7:8]
 
 
	    d= [(int(j)-int(i))/3 for i, j in [i.split("..") for i in coord2[0].split(",")]]#calcul de la distance
	    a=rev(d)
 
	    c=[1]
	    for i in a:
    		c.append(c[-1]+i)
   		c.append(c[-1]+1)
	    c.remove(c[-1])
 
 
      return c 
 
 
with open('R_B_B_H_A_C.txt') as fic:
	for ligne in fic:
		chaine1 = ligne.split('\t')[:1]
		chaine2= ligne.split('\t')[1:2]
		coco.append(chaine1)
		aster.append(chaine2)
 
 
 
with open('coco_cds.txt') as fichier:
    for line in fichier:
        ch= line.split('\t')[1:2]
	b2=[]
	if ch in coco:
		ch1=ch
		r = brin(line)
 
		for i in range(len(r)):
                 	if ( i%2 != 0): 
				b2.append(r[i])
		b2.remove(b2[-1])	
		chaine = str(b2)
		ch1=str(ch1)
		d1[ch1] = chaine
    #print d1
#num1 = [(ch1, chaine) for ch1, chaine in d1.iteritems()]
#print num1
#with open('ok.txt', 'w') as fichier:
#   fichier.write('\n'.join('{0}\t{1}'.format(a, b) for a, b in num1))
 
with open('atro_cds.txt') as fichier:
    for line in fichier:
        ch= line.split('\t')[1:2]
	b1=[]
	if ch in aster:
		ch1=ch
		r = brin(line)
 
		for i in range(len(r)):
                 	if ( i%2 != 0): 
				b1.append(r[i])
				#print b1
	        b1.remove(b1[-1])
		#print b1
		chaine = str(b1)
		ch1=str(ch1)
		d2[ch1] = chaine
#'print d2
 
print d1	
 
 
 
 
with open('R_B_B_H_A_C.txt') as fichier:
	for line in fichier:
 
     	 	tab = line.split("\t")
		#print tab
     		print tab[0]  # => C169v2-00002
      		#print tab[1]  # => Aster-06787
		#print d1[tab[0]]
		#print d2[tab[1]]
 
	        print d1["['"+tab[0]+"']"] # ce qui equivaut a print dic["['C169v2-00001']"] ==> 24, 54, 92, 137, 236, 276, 325]' comme dans l exemple
		print d2["['"+tab[1]+"']"]

voici le code erreur:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 File "essai2.py", line 121, in <module>
    print d2["['"+tab[1]+"']"]
KeyError: "['Aster-06787\n']"

J'ai essaye d'enlever le str mais ca ne marche pas car commet puis je mettre dans le dico ensuite.

[afranck64]

Tu devrais vraiment songer a changer la maniere dont chage ton dictionnaire.
Mais bon tu dois supprimer le "\n" dans ta chaine, au cas ou elle en contient un. Mais comme tu vois ce n est plus de la programmation, mais du "Brute force".

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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with open('R_B_B_H_A_C.txt') as fichier:
	for line in fichier:
 
     	 	tab = line.split("\t")
		#print tab
     		print tab[0]  # => C169v2-00002
      		#print tab[1]  # => Aster-06787
		#print d1[tab[0]]
		#print d2[tab[1]]
 
	        print d1["['"+tab[0]+"']"] # ce qui equivaut a print dic["['C169v2-00001']"] ==> 24, 54, 92, 137, 236, 276, 325]' comme dans l exemple
		print d2["['"+tab[1].replace("\n","")+"']"] # Vu que la seconde partie contient le caractere de fin de ligne.

[shadow19c]

cest bon jai regle ce souci en modifiant le fichier d'entree.

Mais voila un autre probleme

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#! /usr/bin/python
 
 
#coding=utf-8
 
coco=[]
aster=[]
 
d1={}
d2={}
 
 
 
def rev(l): 
    if len(l) == 0: return [] 
    return [l[-1]] + rev(l[:-1]) 
 
 
 
def brin(line):
 
      T=line.split('\t')[3:4]
 
      if '+' in T:
 
 
	    coord1=line.split('\t')[7:8]
 
	    d=[(int(j)-int(i))/3 for i, j in [i.split("..") for i in coord1[0].split(",")]]#calcul de la distance
 
	    c = [1]
	    for i in d:
    		c.append(c[-1]+i)
   		c.append(c[-1]+1)
	    c.remove(c[-1])
 
      else:
 
            a=[]
	    coord2=line.split('\t')[7:8]
 
 
	    d= [(int(j)-int(i))/3 for i, j in [i.split("..") for i in coord2[0].split(",")]]#calcul de la distance
	    a=rev(d)
 
	    c=[1]
	    for i in a:
    		c.append(c[-1]+i)
   		c.append(c[-1]+1)
	    c.remove(c[-1])
 
 
      return c 
 
 
with open('ok.txt') as fic:
	for ligne in fic:
		chaine1 = ligne.split('\t')[:1]
		chaine2= ligne.split('\t')[1:2]
 
		coco.append(chaine1)
 
		aster.append(chaine2)
 
 
 
 
with open('Coccomyxa_C169_v2_ORDERED-LIST-OF-CDS') as fichier:
    for line in fichier:
        ch= line.split('\t')[1:2]
 
	b2=[]
	if ch in coco:
		ch1=ch
		r = brin(line)
 
		for i in range(len(r)):
                 	if ( i%2 != 0): 
				b2.append(r[i])
		b2.remove(b2[-1])	
		chaine = str(b2)
		ch1=str(ch1)
		d1[ch1] = chaine
#print d1
#num1 = [(ch1, chaine) for ch1, chaine in d1.iteritems()]
#print num1
#with open('ok.txt', 'w') as fichier:
#   fichier.write('\n'.join('{0}\t{1}'.format(a, b) for a, b in num1))
 
with open('Astpho1_ORDERED-LIST-OF-CDS') as fic:
    for line in fic:
        ch= line.split('\t')[1:2]
 
	b1=[]
	if ch in aster:
		ch2=ch
		r = brin(line)
 
		for i in range(len(r)):
                 	if ( i%2 != 0): 
				b1.append(r[i])
				#print b1
	        b1.remove(b1[-1])
		#print b1
		chaine = str(b1)
		ch2=str(ch2)
		d2[ch2] = chaine
#print d2
 
 
 
 
 
 
with open('ok.txt') as fichier:
	for line in fichier:
 
     	 	tab = line.split("\t")
		#print tab
     		#print tab[0]  # => C169v2-00002
      		#print tab[1]  # => Aster-06787
		#print d1[tab[0]]
		#print d2[tab[1]]
		filout = open('essai2.txt', 'w')
	        #print d1["['"+tab[0]+"']"] # ce qui equivaut a print dic["['C169v2-00001']"] ==> 24, 54, 92, 137, 236, 276, 325]' comme dans l exemple
		str1= d2["['"+tab[1]+"']"]
		print str1
		#tab[0] + " " + d1["['"+tab[0]+"']"]

je voudrais calculer toutes les valeurs qui sont dans str1, en effet j'ai tous les str qui ressemblent a ce format la

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

[100, 149, 189, 231, 275, 312, 339, 398, 440]

cest a dire les [ chiffres, chiffres,..]
moi je voudrais calculer en faisant une somme de tous les chiffres qui sont a linterieur pour tous mes str1, jai commence par faire un replace des [] mais jai toujours un probleme de buffer une idee de faire plus vite.

merci

[wiztricks]

J'ai essaye d'enlever le str mais ca ne marche pas car commet puis je mettre dans le dico ensuite.

La cause est par là:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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with open('R_B_B_H_A_C.txt') as fic:
	for ligne in fic:
		chaine1 = ligne.split('\t')[:1]
		chaine2= ligne.split('\t')[1:2]
		coco.append(chaine1)
		aster.append(chaine2)

ligne.split('\t') : construit une liste de chaines de caractères,
ligne.split('\t')[:1] : extrait la sous-liste comprenant le premier élément
ligne.split('\t')[1:2] : : extrait la sous-liste comprenant le 2ème élément
Si vous avez appelé cela "chaineX", c'est sans doute parce que vous pensiez extraire la chaine de caractère en première ou deuxième position dans la liste et non la liste construite avec "la chaine de caractère en première ou deuxième position".

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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with open('R_B_B_H_A_C.txt') as fic:
	for ligne in fic:
		chaine1 = ligne.split('\t')[:1]
		chaine2= ligne.split('\t')[1:2]
		coco.append(chaine1)
		aster.append(chaine2)

Pour ce faire, il serait préférable de coder cela ainsi i.e. extraire l'élément:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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with open('R_B_B_H_A_C.txt') as fic:
	for ligne in fic:
		chaine1 = ligne.split('\t')[0]
		chaine2= ligne.split('\t')[1]
		coco.append(chaine1)
		aster.append(chaine2)

- W
PS: Et faire la même chose pour le reste du code.

[airod]

il y aurait il la possibilités d'avoir les fichiers txt de départ en pièces jointes?

[shadow19c]

Merci pour vos reponses mais j'ai pu me debrouiller, seulement
j'ai un fichier qui contient ces elements la

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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C169v2-04488	[24, 79, 111, 186, 233]
C169v2-04487	[12, 58, 81, 110, 154, 199]
C169v2-04480	[53, 110, 114, 193, 241, 296, 329, 373]
C169v2-04481	[51, 99, 153, 183, 258, 301, 344, 409]
C169v2-03069	[5, 23, 64, 103, 170, 227, 294]
C169v2-03068	[44, 98, 171]
C169v2-03061	[21, 61, 106, 149, 219, 232, 286, 323]
C169v2-03060	[59, 144, 180]
C169v2-03067	[8, 29, 55, 80, 117, 165, 197, 242, 292]
C169v2-03066	[]
C169v2-03065	[18, 69, 128, 178, 227, 277, 335, 376, 450, 502, 560]
C169v2-03064	[18, 53, 84]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Voici mon code pour recuperer que les distances:
#! /usr/bin/python
 
 
#coding=utf-8
 
with open('essai2') as fic:
	for ligne in fic:
		chaine1 = ligne.split('\t')[1:]

et voici ce que j'ai en retour

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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['[86, 192, 261, 310, 373, 465, 550, 637]\n']
['[33, 52, 118, 182, 234, 264, 298, 355, 401]\n']
['[40, 64, 87, 144, 168, 176, 228, 287, 337, 362, 399, 459, 503, 546, 624, 727, 764, 812, 835, 894, 944, 1013, 1099, 1127, 1141, 1181, 1226, 1244, 1250, 1303]\n']
['[7, 38, 55, 138, 226, 308, 388, 440, 519, 570, 597, 677, 731, 790]\n']
['[81, 159, 232, 334, 395, 458, 522]\n']
['[45, 71, 99, 172]\n']
['[13, 35, 47, 110, 194, 215, 274, 355, 406]\n']

un truc du genre ne faites pas attention cest juste un exemple.

Moi ce que je veux cest faire la somme de tous les elements cest a dire ['[45, 71, 99, 172]\n'] la je dois dire quil ya 4 elements de toutes les listes, mon seul souci cest les \n mais aussi comment dire lindex de l'element

merci

[wiztricks]

Salut
Il serait temps d'arrêter de vous débrouiller et d'essayer de travailler plus proprement:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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TTT="""\
C169v2-04488    [24, 79, 111, 186, 233]
C169v2-04487    [12, 58, 81, 110, 154, 199]
C169v2-04487    []
"""
from cStringIO import StringIO
 
 
for line in StringIO(TTT).readlines():
    num_as_str = line.rstrip().split('\t')[1][1:-1]
    print 'num_as_str: "%s"' % num_as_str
    if len (num_as_str):
        print 'somme %s = %s' % (
            num_as_str, sum(map(int, num_as_str.split(','))))
    else: print 'line vide: "%s"' % line.rstrip()

Ca affiche:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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num_as_str: "24, 79, 111, 186, 233"
somme 24, 79, 111, 186, 233 = 633
num_as_str: "12, 58, 81, 110, 154, 199"
somme 12, 58, 81, 110, 154, 199 = 614
num_as_str: ""
line vide: "C169v2-04487	[]"

Et on est content.
- W