Discussion :

[horzy]

Bonjour, est-il possible de réaliser des blasts directement sur une base de données relationnelle (de type mysql ou oracle) ?
Je veux dire par là sans avoir à extraire toutes les séquences de la base dans un fichier fasta, puis de le convertir avec formatdb puis ensuite de blaster la base générée par formatdb qui n'est qu'un fichier plat... ou bien est-ce la seule méthode ?
Merci

[Beniou]

Bonjour,

D'habitude la méthode est d'utiliser formatdb qui permet à Blast de créer ses tables de mots afin de s'exécuter plus rapidement par la suite.

Je ne connais pas de moyen d'utiliser Blast avec des SGDB relationnels. En plus, je ne sais pas ce que cela donnerait en terme de performances comparé à la même base mais formatée avec formatdb.

En regardant vite fait j'ai trouvé apparemment une solution pour les bases de données Oracle -> ici. Je n'ai pas trop regardé dans le détail mais peut être que cela pourra t'aider

[horzy]

Oui, d'après mes recherches, je n'ai également trouvé que la solution d'Oracle.

Ce qui est intéressant dans l'idée d'utiliser une bdd relationnelle est qu'il serait alors possible de regrouper les séquences et leurs annotations dans une base "encyclopédique" sur une ou plusieurs espèces tout en pouvant blaster les données qu'elle contient...

merci pour votre réponse.

[djibril]

Oui, d'après mes recherches, je n'ai également trouvé que la solution d'Oracle.

Ce qui est intéressant dans l'idée d'utiliser une bdd relationnelle est qu'il serait alors possible de regrouper les séquences et leurs annotations dans une base "encyclopédique" sur une ou plusieurs espèces tout en pouvant blaster les données qu'elle contient...

merci pour votre réponse.

D'où l'intérêt de faire des programmes perl, java, ou autres pour lire les bases de données et lancer des blasts via le programme et non faire un blast directement dans une base de données, ce qui n'a pas de sens.