Discussion :

[djibril]

Salut,

Voici une petite explication pour ceux qui sont sous Windows et ont besoin de mettre à jour Bioperl. Beaucoup de personnes utilisent Bioperl version 1.5 sans s'en rendre compte (vieille version). Vous devez passer à la 1.6 pour bénéficier des nouveautés et surtout avoir une adéquation entre les modules et les documentations disponibles sur le CPAN. Voici les démarches à suivre :

1. Lancer ppm
2. Supprimer le repository bioperl si vous en aviez un
3. Desinstaller les modules :
   
   • - bioperl
   • - bioperl-run
   • - bundle-bioperl-core
   • - Tous les bioperl existant
4. Rajouter les repositories :
   
   • - Nom : BioPerl
     Lien : http://bioperl.org/DIST
   
   
   • - Nom : BioPerl_update
     Lien : http://bioperl.org/DIST/RC
5. Une fois les repositories ajouter, installer les modules
   
   • BioPerl (version 1.6.1 du repository BioPerl).
   • Bundle-BioPerl-Core (version 1.6.1 du repository BioPerl).
   • BioPerl-Run (version 1.006000_001.0.0 du repository Bioperl_update), elle match sur le version la plus récente de bioperl.

Voilà, vous avez maintenant une version de bioperl à jour et fonctionnelle.

N'hésitez pas à me retourner vos soucis.

[Jasmine80]

Merci pour cette procédure qui va m'être très utile.

Faut-il également désinstaller le module Bundle-Bioperl-Run? 'Tous les bioperl existant', signifie bien tous les modules liés à Bioperl?

[djibril]

Oui, tous les modules bioperl, même Bundle-Bioperl-Run.

[Jasmine80]

J'ai bien désinstallé les modules que tu as cités mais j'obtiens l'erreur

ERROR: File conflict for 'C:/Perl/html/bin/bp_aacomp.html'.
The package BioPerl has already installed a file that package bioperl
wants to install.

[URL=http://img532.imageshack.us/i/ppmo.png/][IMG=http://img532.imageshack.us/img532/5975/ppmo.png][/IMG]


Pour ce qui est de désinstaller les bibliothèques bioperl, j'avais
http://bioperl.org/DIST/package.xml

Quel est le lien avec http://bioperl.org/DIST/? Ce dernier est-il plus général et comprend il tous ses sous-répertoires?

Merci pour ton aide.

[djibril]

c'est le même lien.
http://bioperl.org/DIST/ pointe vers http://bioperl.org/DIST/package.xml dans ppm.

Donc tu peux le garder. rajoute celui d'update http://bioperl.org/DIST/RC si tu ne l'as pas. Et ensuite installe les modules bioperl avec les bonnes versions

[Jasmine80]

Voici une capture d'écran :



Uploaded with ImageShack.us

[Jasmine80]

c'est le même lien.
http://bioperl.org/DIST/ pointe vers http://bioperl.org/DIST/package.xml dans ppm.

Donc tu peux le garder. rajoute celui d'update http://bioperl.org/DIST/RC si tu ne l'as pas. Et ensuite installe les modules bioperl avec les bonnes versions

Vu que j'avais les 3 bibliothèques
http://bioperl.org/DIST/package.xml
http://bioperl.org/DIST/
http://bioperl.org/DIST/RC

et que les 2 premières sont identiques, j'ai supprimer la première.

Quand je réouvre l'interface Tk et que je sélectionne BioPerl 1.6.1 du repo BioPerl

Synchronizing Database ... done
BioPerl marked for install

WARNING: Installing AcePerl-1.92 to get Ace:: for Bundle-BioPerl-Core would downgrade Ace::Object from version 1.66 to 1.66

BioPerl depends on Bundle-BioPerl-Core
BioPerl depends on Math-Random
BioPerl depends on SVG-Graph
BioPerl depends on Bio-ASN1-EntrezGene
BioPerl depends on Data-Stag
BioPerl depends on ExtUtils-Manifest
BioPerl depends on Algorithm-Munkres
BioPerl depends on GraphViz
BioPerl depends on HTML-Parser
BioPerl depends on Spreadsheet-WriteExcel
BioPerl depends on XML-Writer
BioPerl depends on Graph
BioPerl depends on XML-DOM-XPath
BioPerl depends on AcePerl
BioPerl depends on Array-Compare
BioPerl depends on Convert-Binary-C
BioPerl depends on Set-Scalar
BioPerl depends on Tree-DAG_Node
BioPerl depends on Math-Derivative
BioPerl depends on Statistics-Descriptive
BioPerl depends on SVG
BioPerl depends on Math-Spline
BioPerl depends on bioperl
BioPerl depends on IPC-Run
BioPerl depends on OLE-Storage_Lite
BioPerl depends on XML-DOM
BioPerl depends on XML-XPathEngine
BioPerl depends on Cache-Cache
BioPerl depends on Moose
BioPerl depends on IO-stringy
BioPerl depends on XML-RegExp
BioPerl depends on Error
BioPerl depends on Test-Exception
BioPerl depends on Class-MOP
BioPerl depends on Sub-Exporter
BioPerl depends on Sub-Name
BioPerl depends on Data-OptList
BioPerl depends on Test-Simple
BioPerl depends on Task-Weaken
BioPerl depends on Sub-Uplevel
BioPerl depends on Devel-GlobalDestruction
BioPerl depends on MRO-Compat
BioPerl depends on Params-Util
BioPerl depends on Sub-Install
BioPerl depends on Scope-Guard
BioPerl depends on Class-C3
BioPerl depends on Algorithm-C3
Installing 48 packages ...
Downloading BioPerl-1.6.1 ... not found
Installing 48 packages failed

ERROR: 404 Not Found

Comment ne peut-il pas trouver le module qui est pourtant présent dans la liste? http://bioperl.org/DIST/ est-il bien correct?