Bonjour,

ceci est ma première tentative de lmer, j'obtiens des résultats mais j'aurais besoin de confirmations et/ou corrections et conseils pour avancer.

Voici mon protocole :
lâcher de prédateurs dans une serre sur deux proies différentes, à des ratios proie/ prédateur différents, dans un design split plot. Comptage 2 fois par semaines des différentes espèces sur toutes les plantes de chaque bloc.

Concrètement, voilà la structure de mes données pour une espèce (Dsite = Traitement; Seance = Date, nTu variable de comptage)

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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 $ Dsite : factor  1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Block : factor  13 13 13 13 13 13 13 13 13 13 ...
 $ Plant : factor  1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 ...
 $ Seance: factor  1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ nTu   : int  0 0 0 0 9 0 0 0 3 0 ...

Comme il y a des mesures appariées, je fais un lmer. Après avoir un peu douté sur la syntaxe, et surtout sur la façon d'écrire les facteurs aléatoires aucun tuto didactique !), voilà ce qui est sorti

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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lmer0 <- lmer(nTu ~ Dsite + Seance + (1|Plant:Block),
	data = data.nTu, family = poisson)
 
Generalized linear mixed model fit by the Laplace approximation 
Formula: nTu ~ Dsite + Seance + (1 | Plant:Block) 
   Data: data.nTu 
   AIC   BIC logLik deviance
 91701 91723 -45845    91691
Random effects:
 Groups      Name        Variance Std.Dev.
 Plant:Block (Intercept) 0.14976  0.38699 
Number of obs: 720, groups: Plant:Block, 60
 
Fixed effects:
             Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)    
(Intercept)  3.823755   0.087188   43.86  < 2e-16 ***
Dsite2      -1.427753   0.122846  -11.62  < 2e-16 ***
Dsite3      -0.746078   0.122667   -6.08 1.19e-09 ***
Seance       0.193441   0.001111  174.07  < 2e-16 ***
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Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 
 
Correlation of Fixed Effects:
       (Intr) Dsite2 Dsite3
Dsite2 -0.701              
Dsite3 -0.702  0.498       
Seance -0.110  0.000  0.000
Ceci est simplement pour une des trois variables à tester, mais si la syntaxe est bonne, je comprends ici que mes Dsite 2 et 3 (traitements) sont corrélés et que leur effet est significatif, et que bien évidemment le nombre de bestiole évolue au cours du temps.

Mes questions :
1. Que pensez-vous de la syntaxe ? Surtout pour les effets aléatoires dont je ne suis pas sûr.
2. Que pensez vous des sorties et de mon analyse ?
3. On m'a dit de faire une analyse des contrastes pour faire ressortir également l'effet Dsite1 (que l'on ne voit pas ici), mais Kézako et comment ça marche ?
3. Quels sorties supplémentaires pourraient m'être utiles à partir du lmer ?

Merci beaucoup d'avance.

Maxime