Discussion :

[phoenix420]

Bonjour.

J'ai un souci concernant la lecture d'un fichier de format .txt d'une taille d'environ 315Mo...

Sur un fichier moins conséquent j'ai réussi à effectuer une lecture comme ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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try
         {
InputStream ips=new FileInputStream(datamicrorna); 
InputStreamReader ipsr=new InputStreamReader(ips);
BufferedReader br=new BufferedReader(ipsr);
 
String ligne;
 
while ((ligne=br.readLine())!=null)
{
listlignesmirbase.add(ligne);
}

Cela fonctionne.

Par contre si j'essaye de faire la même chose avec un autre fichier, de taille avoisinant les 315Mo, j'ai comme message :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

java.lang.NullPointerException

Alors que j'utilise la même technique :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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try
{
if (sourcepredictions == "human")
	{sourcepredictions = humanpredictions;}
else if (sourcepredictions == "mouse")
	{sourcepredictions = mousepredictions;}
					
InputStream iii = new FileInputStream(sourcepredictions); 
InputStreamReader jjj = new InputStreamReader(iii);
BufferedReader kr = new BufferedReader(jjj);
				
String ligne2;
while ((ligne2=kr.readLine())!=null)
	{
	listlignespredictions.add(ligne2);
	}

Si je mets au niveau de la ligne soulignée le code suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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String ligne2 = kr.readLine();
System.out.println(ligne2);

Je récupère bien la première ligne de mon fichier. J'en ai donc déduis que c'est un problème de mémoire du logiciel ...

Comment réussir à lire mon fichier de 315Mo ligne par ligne pour prendre ce qui m'intéresse ?

Merci beaucoup !
Bonne journée.

Matt.

[thelvin]

Par contre si j'essaye de faire la même chose avec un autre fichier, de taille avoisinant les 315Mo, j'ai comme message :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

java.lang.NullPointerException

Quelle ligne, quelle stacktrace ?

J'en ai donc déduis que c'est un problème de mémoire du logiciel ...

Nope. Un soucis de mémoire fait un OutOfMemoryError.

Comment réussir à lire mon fichier de 315Mo ligne par ligne pour prendre ce qui m'intéresse ?

Si tu veux mon avis tu devrais regarder chaque ligne et voir si elle t'intéresse, plutôt que de toutes les garder en mémoire. Mais quoi qu'il en soit ton code a l'air correct.

Il est probable que tu as juste oublié d'initialiser listlignespredictions.

[phoenix420]

En fait Eclipse ne donne pas la ligne à laquelle il y a une erreur. Il met juste "java.lang.NullPointerException" sans rien dire d'autre :



En fait je parcours mon fichier texte à la recherche d'un String particulier. J'affecte la ligne à une valeur. Une fois que je l'ai trouvé j'incrémente un compteur à chaque ligne lue jusqu'à trouver un String différent.

Je fais cette opération en fait pour incrémenter deux compteurs qui me serviront à extraire de tout mon fichier une partie seulement de ce fichier, stockée dans une ArrayList ou un tableau. Voilà mon code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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InputStream iii = new FileInputStream(sourcepredictions); 
InputStreamReader jjj = new InputStreamReader(iii);
BufferedReader kr = new BufferedReader(jjj);
				
String ligne2;
					
while ((ligne2=kr.readLine())!=null)
	{
	listlignespredictions.add(ligne2);
	}
System.out.println(listlignespredictions);  // l'erreur est java.lang.NullPointerException
					
String[] tabdonneespredictions = (String[])listlignespredictions.toArray(new String[listlignespredictions.size()]);

int pospremiernommicro = 0;
int posderniernommicro;
					
// j'initialise pospremiernommicro, la première position du microRNA d'intérêt dans la liste
while(!tabdonneespredictions[pospremiernommicro].regionMatches(tabdonneespredictions[pospremiernommicro].indexOf(" ", (tabdonneespredictions[pospremiernommicro].indexOf(" ", tabdonneespredictions[pospremiernommicro].indexOf(" ", tabdonneespredictions[pospremiernommicro].indexOf(" ", 0)))))+1, recherche , 0, longrecherche))
{
pospremiernommicro++;
}

[dinobogan]

Ton objet listlignespredictions est de quel type ? C'est une classe à toi ?
Si c'est le cas, donne nous la fonction "toString", ou même mieux : toute la source.

[phoenix420]

listlignespredictions est une ArrayList de type String. Elle ne contient rien avant ce bout de code, justement c'est pour l'alimenter.

Je ne l'ai pas initialisée, je pourrais l'initialiser à "null" mais cela ne changerait pas grand chose je pense car je n'ai pas eu besoin de le faire sur une ArrayList précédente.

[dinobogan]

Les codes sources que tu as donné sont différents entre le test sur un petit fichier et le test sur le "gros" fichier de 315 Mo.
Assure-toi de tester un même et unique programme pour ces deux fichiers textes différents, puis donne nous le code source complet de ton programme.
Assure-toi également de nous donner la bonne ligne sur laquelle l'exception survient.

[thelvin]

En fait Eclipse ne donne pas la ligne à laquelle il y a une erreur. Il met juste "java.lang.NullPointerException" sans rien dire d'autre :

? C'est plus qu'étrange.

listlignespredictions est une ArrayList de type String. Elle ne contient rien avant ce bout de code, justement c'est pour l'alimenter.

Je ne l'ai pas initialisée, je pourrais l'initialiser à "null" mais cela ne changerait pas grand chose je pense car je n'ai pas eu besoin de le faire sur une ArrayList précédente.

Ne pas initialiser un membre c'est l'initialiser à null. Et ça provoque des NullPointerException.

Il faut l'initialiser à une liste vide : new ArrayList<String>().

[Pill_S]

? C'est plus qu'étrange.

+1.

je soupçonne un bête "System.err.println(myexception)" dans le catch.

Si oui, remplacer par "myexception.printStackTrace()"

[phoenix420]

Ne pas initialiser un membre c'est l'initialiser à null. Et ça provoque des NullPointerException.

Il faut l'initialiser à une liste vide : new ArrayList<String>().

Ah super ! J'avais seulement oublié d'instancier mes ArrayList listlignespredictions et listlignesmrna ! Maintenant cela fonctionne.
Merci beaucoup !!