Discussion :

[dz_robotix]

Bonjour,

j'ai une matrice symetrique de distance entre une liste d'objets:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
 
           ob1     ob2       .        .       .         obn
ob1        0     0.2        .          .       .       0.5
ob2        0.2      0                                   0.3
.
.
.
obn       0.5     0.3      .         .      .        0

Est-il possible de lancer l'algorithme Kmeans sur cette matrice sous R?
Si oui, pourriez vous s'il vous plait me donner un petit exemple d'instruction à taper sous R car je suis vraiment débutant.

Merci d'avance

[pitipoisson]

Bonjour,

Il existe de nombreuses fonctions sous R qui font du kmeans ou assimilé.
La plupart utilisent les données brutes (celles qui ont servi à calculer ta matrice de distance).

Il y a plusieurs cas de figure :

1. tu dispose des données brutes... tu as l'embarras du choix (librairies stat, cluster, cclust,...)
2. tu ne dispose pas des données brutes...
   
   • tu regardes du côté des fonctions pam ou clara de la librairie cluster (des versions plus robustes des kmeans, je crois) qui acceptent les matrices de distances.
   • les distances sont euclidiennes ; tu peux également utiliser la méthode de Principal Coordinate Analysis (dudi.pco de la librairie ade4 par exemple) qui te calcule les coordonnées dans un espace euclidien d'après une matrice de distance... et là tu as à nouveau l'embarras du choix.

Il est donc nécessaire d'avoir davantage d'info sur ce dont tu dispose pour bien t'orienter.

[dz_robotix]

Salut petitpoisson,
Merci pour la réponse,
Le gros problème dans mon cas c'est j'ai pas de matrice (Objets, Attributs) mais plutôt matrice genre Relation(Objets,Objets), donc je ne sais pas si c'est nécessaire de passer vers une matrice (objet,attribut) et dans ce cas je ne sais pas comment faire.
Sinon tout ce que je dispose pour l'instant c'est cette matrice (objet,objet) que j'obtient d'un autre processus.

Merci à l'avance.

Bonjour,

Il existe de nombreuses fonctions sous R qui font du kmeans ou assimilé.
La plupart utilisent les données brutes (celles qui ont servi à calculer ta matrice de distance).

Il y a plusieurs cas de figure :

1. tu dispose des données brutes... tu as l'embarras du choix (librairies stat, cluster, cclust,...)
2. tu ne dispose pas des données brutes...
   
   • tu regardes du côté des fonctions pam ou clara de la librairie cluster (des versions plus robustes des kmeans, je crois) qui acceptent les matrices de distances.
   • les distances sont euclidiennes ; tu peux également utiliser la méthode de Principal Coordinate Analysis (dudi.pco de la librairie ade4 par exemple) qui te calcule les coordonnées dans un espace euclidien d'après une matrice de distance... et là tu as à nouveau l'embarras du choix.

Il est donc nécessaire d'avoir davantage d'info sur ce dont tu dispose pour bien t'orienter.

[pitipoisson]

OK ça correspond au second cas, mais de quel type de distance s'agit-il ?

[dz_robotix]

Re,

C'est une distance euclidienne en fait .

merci pour ton help

[pitipoisson]

Tu as donc le choix entre les deux solutions du point 2. À toi de voir quel est l'algorithme qui correspond le mieux à ce que tu veux (ou dois) faire.

Pour obtenir l'aide des fonctions :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
> library(stats)
> ?kmeans

et

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
> library(cluster)
> ?clara
> ?pam

Tu y trouveras des références qui décrivent les algorithmes.