Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,


J'ai trois tableaux indexés :

@nucleotides_array : T C T C A C T C T C G A C T G A C T G A C G A C T G
@values_array : 12.33 13.53 13.49 0.51 14.22 25.58 12.89 13.04 11.81 0.72 11.23 0.94 13.44 1.26 45.99 0.55 13.29 1.31 1.48 25.08 2.19 13.20 0.50 11.85 11.45 11.14
@unic_array : 11.14 11.23 11.45 11.81 11.85 12.33 12.89 13.04 13.2 13.29 13.44 13.49 13.53 14.22

@nucleotides_array et @values_array contiennent 26 éléments associés 2 à 2 via leur indice. Donc $nucleotides_array[3] se rapporte à $values_array[3]. Je n'ai pas utilisé de hash car ces valeurs pourraient ne pas être uniques.

@unic_array contient des éléments des éléments @values_array triés par ordre croissant. Je voudrais récupérer les nucléotides correspondants. Je pense utiliser des boucles ainsi que la fonction any du module List::MoreUtils. Est-ce une bonne idée, avez-vous une meilleure proposition d'algorithme?
Le problème se posera si 2 mêmes valeurs existent et que les nucléotides qui leur sont associés sont différents. Je vais donc commencer par vérifier que les valeurs sont uniques et dans le cas contraire, j'afficherai un message.

Merci,

[Jasmine80]

J'ai vérifié et j'ai bien des valeurs communes dans @unic_array mais ce n'est pas un problème étant donné que le but est de compter le nombre de chaque nucléotide de @unic_array.


Exemple :

@nucleotides_array : T C T C A C T C T C G A C T G A C T G A C G A C T G
@values_array : 1.83 1.98 1.60 0.51 1.93 3.65 1.74 0.36 0.30 0.38 1.81 0.45 0.54 1.70 1.77 0.28 1.83 1.51 1.73 1.83 0.37 1.57 0.31 1.74 0.52 0.39
@unic_array : 1.51 1.57 1.6 1.7 1.73 1.74 1.74 1.77 1.81 1.83 1.83 1.83 1.93 1.98

Merci, tout conseil est le bien venu.

[Philou67430]

J'ai vérifié et j'ai bien des valeurs communes dans @unic_array mais ce n'est pas un problème étant donné que le but est de compter le nombre de chaque nucléotide de @unic_array.

Je ne comprend pas en quoi ce n'est pas un problème ?
Si tu as deux valeurs de nucléotides différentes (par exemple pour 1.74), lequel vas-tu compter ?

[Jasmine80]

Je ne comprend pas en quoi ce n'est pas un problème ?
Si tu as deux valeurs de nucléotides différentes (par exemple pour 1.74), lequel vas-tu compter ?

Si pour mes valeurs 1.74 j'ai G ou C je compte donc 1 G et 1C.

Donc pour mes 14 valeurs de @unic_array, j'aurai par exemple 5 G, 2 C, 4 A et 3 T (une somme de 14 nucléotides). Je dois trier les valeurs par nucléotides, j'ajouterai donc une fois 1.74 à l'array contenant les valeurs des G et une fois à celui des T. Le but ultime étant de calculer la valeur moyenne de A, de T, de C et de G.

@val_A
push @val_G, 1.74
@val_T
push @val_C, 1.74

Ce dont je suis certaine c'est que les valeurs de @values_array qui ne se retrouvent pas dans @unic_array ne sont pas communes. Donc si j'ai une valeur doublon dans @unic_array, elle sera en double dans @values_array et jamais en triple. Est-ce clair?

Je vais essayer en passant par un hash :

Code :

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				# tableau %values_hash
				# clé : valeur		valeur : le ou les nucléotides associés
				my %values_hash;
				for my $i (0..$#nucleotides_array){
					push @{$values_hash{$values_array[$i]}}, $nucleotides_array[$i];
				}

Récupérer les valeurs de @unic_array et regarder le ou les nucléotides associés ... j'ai l'impression qu'il devrait y avoir plus élégant et plus simple comme méthode. Un grand merci pour ton aide.

[Jasmine80]

Que penses-tu de cette façon de procéder :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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				# tableau des valeurs de @unic_array sans doublons
				my @treated_values = doublons_tranche(\@unic_array);
 
				# récupération des indices correspondats dans @values_array
				my @indices; 
 
				for my $i (0..$#treated_values){
					push @indices,indexes { $_ == $treated_values[$i] } @values_array;
				}

@treated_values : 1.51 1.57 1.93 1.77 1.83 1.73 1.6 1.81 1.74 1.98 1.7
@indices : 17 21 4 14 0 16 19 18 2 10 6 23 1 13

Maintenant que j'ai les indices, il suffit de regarder les nucléotides associés.

Quelle est la différence entre indice et indexe? Lequel vaut-il mieux utiliser? Merci.

[Philou67430]

Je crois avoir compris. J'essaye de retranscrire : à chaque valeur de @unic_array, tu prends le nucléotide de la première valeur correspondante dans @nucleotides_array, puis si tu rencontre à nouveau la même valeur, tu prends le nucléotide de la deuxième valeur correspondante dans @nucleotides_array, ainsi de suite s'il y en a d'autre. Donc pour le premier 1.74, tu sélectionnes le T, et pour le deuxième, tu sélectionnes le C. C'est bien ça ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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@nucleotides_array = qw(T C T C A C T C T C G A C T G A C T G A C G A C T G);
@values_array = qw(1.83 1.98 1.60 0.51 1.93 3.65 1.74 0.36 0.30 0.38 1.81 0.45 0.54 1.70 1.77 0.28 1.83 1.51 1.73 1.83 0.37 1.57 0.31 1.74 0.52 0.39);
@unic_array = qw(1.51 1.57 1.6 1.7 1.73 1.74 1.74 1.77 1.81 1.83 1.83 1.83 1.93 1.98);

[Jasmine80]

Donc pour le premier 1.74, tu sélectionnes le T, et pour le deuxième, tu sélectionnes le C. C'est bien ça ?

Oui, c'est bien ça, j'ai trouvé une façon de procéder, je dois encore vérifier les valeurs :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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				# tableau des valeurs de @unic_array sans doublons
				my @treated_values = doublons_tranche(\@unic_array);
 
				for my $i (0..$#treated_values){
 
					# récupération des indices correspondants dans @values_array
					my @indices = indexes { $_ == $treated_values[$i] } @values_array;
 
					# recherche des nucléotides associés
					foreach my $j (@indices){
 
						if ($nucleotides_array[$j] eq 'A'){
							push @val_A, $values_array[$j];
						}
						elsif ($nucleotides_array[$j] eq 'T'){
							push @val_T, $values_array[$j];
						}						
						elsif ($nucleotides_array[$j] eq 'C'){
							push @val_C, $values_array[$j];
						}
						elsif ($nucleotides_array[$j] eq 'G'){
							push @val_G, $values_array[$j];
						}						
					}
				}