Discussion :

[Isabella83]

Bonjour a tous,
Je viens ici pour chercher de l'aide;
J'ai un fichier avec 4 colonnes, et beaucoup de lignes,
et j'aimerai appliquer a chaque ligne de mon fichier le test de fischer (

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

phyper(q, m, n, k, lower.tail = TRUE, log.p = FALSE)

sous R),
sachant que
colonne 1 de mon fichier correspond à q
colonne 2 de mon fichier correspond à m
colonne 3 de mon fichier correspond à n
colonne 4 de mon fichier correspond à k
je pensais utiliser :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

d <- read.table('nom_de_mon_fichier.txt',sep='\t', head=T)

mais comment appliquer a chaque ligne la fonction phyper ?
tapply ?
Merci d'avance pour votre aide !

[pitipoisson]

Bonjour,

Si toutes tes colonnes sont bien en numérique, tu devrais pouvoir utiliser la fonction apply :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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res <- apply(d, 1,
             function(x)
             {
                phyper(x[1], x[2], x[3], x[4], lower.tail = TRUE, log.p = FALSE)
             })

[Isabella83]

Merci pour votre réponse
j'ai rajouté deux colonnes au fichier dont je vous parlais plus haut, j'ai donc 6 colonnes et j'aimerai appliquer phyper à mes colonnes 3,4,5,6, j'ai fait ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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d <- read.table('listeR.txt',sep='\t', head=F)
data <- d[,-c(1,2)]
res<-apply(data, 1,
             function(x)
             {
                phyper(x[1], x[2], x[3], x[4], lower.tail = FALSE, log.p = FALSE)
             })
write.table(res,'hypergeo.txt',sep='\t',quote=F, col.names=NA)

mais j'aimerai que dans mon fichier de sortie, les deux premieres colonnes ( que j'ai enlevé avec d[,-c(1,2)] ) apparaissent : est ce possible ? pourriez vous m'aider ?
Merci d'avance

[pitipoisson]

Pour ça il faut utiliser cbind :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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d <- read.table('listeR.txt',sep='\t', head=FALSE)
 
res <- cbind(d[ , 1:2],
             res=apply(d[,-c(1,2)], 1,
                       function(x){
                           phyper(x[1], x[2], x[3], x[4], lower.tail = FALSE, log.p = FALSE)
                       }))
 
write.table(res,'hypergeo.txt', sep='\t', quote=FALSE, col.names=NA)

[Isabella83]

Merci beaucoup !!!