Discussion :

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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                   3'-TGAACGTACACTTTCCGGA-5'
                      x|x||||x||
          5'-GCGAAATAAGCATGCAAGT-3'

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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                   3'-GGTACGTACATAATCCGTGTG-5'
                      |||||||x||
          5'-AGGCCTACCACATGCAAGT-3'

J'aimerais compter le nombre de pipes successifs qui commence au début.

Pour le premier exemple, ce serait donc 0 et pour le second, ce serait 7.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	if (${$h_ref}{'Seq1'} =~ m/^\s+3/){
 
		# on compte le nombre de pipes successifs en 3'
		my ($pipes) = ${$h_ref}{'Pipes'} =~ m/^\s+(\|*)/;
		my @array_pipes = split '', $pipes;
 
		if (int(@array_pipes) >= $pipes_threshold){
			...
		}
	}

Ce code fonctionne, avec ${$h_ref}{'Seq1'} contenant la première ligne (3'-GGTACGTACATAATCCGTGTG-5') et ${$h_ref}{'Pipes'} contenant la ligne des pipes.

Il doit y avoir moyen de faire plus simple, je pense à quelque chose de ce genre, mais il ne faut pas compter les pipes à l'extrémité droite après la croix :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $count = () = ${$h_ref}{'Pipes'} =~ m/[\s\|](\|)/g;

Il faudrait donc une regexp qui recherche individuellement les pipes du début et qui s'arrête quand on trouve une croix.


Avez-vous une idée pour la regexp ou une autre solution qu'une regexp?

[Beniou]

bon ce n'est pas très beau mais quelque chose du style fonctionnerait ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $count = 0;
if(${$h_ref}{'Pipes'} =~ /^\s*(\|+)/){
  $count = length($1);
}

[Jasmine80]

Je n'avais pas pensé à la fonction length(), c'est plus joli que de passer par un array comme je le fais. En attendant de trouver mieux, je vais utiliser

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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		my ($pipes) = ${$h_ref}{'Pipes'} =~ m/^\s+(\|*)/;
		my $count = length($pipes);

Merci pour ton message.

[Philou67430]

Beniou, je ne vois pas en quoi ce n'est pas joli... tu veux dire que ce serait mieux en une seule instruction, comme ceci ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $count = length([ ${$h_ref}{'Pipes'} =~ m/^\s+(\|*)/ ]->[0]);

@jasmine : tu pourras ainsi analyser cette forme d'utilisation des références anonymes immédiatement déréférencées

[Jasmine80]

@jasmine : tu pourras ainsi analyser cette forme d'utilisation des références anonymes immédiatement déréférencées

Attends que je relise déjà 3 fois cette phrase avant de penser l'avoir comprise. ^^ Il me reste le WE pour plancher dessus.

Sans vouloir parler de plus 'joli' mais de plus 'efficace' comment savoir ce qui est préférable? Existe-t-il des règles simples? Le plus court n'étant pas toujours le plus efficace, comment peut-on savoir?

[Philou67430]

En l'occurrence, les deux écritures ont strictement la même complexité algorithmique.
La première utilise une variable nommée et deux instructions successives, tandis que la deuxième passe par une variable anonyme en une seule instruction.
En code machine, ça doit être quasiment identique.

Donc je te conseille d'utiliser celle que tu comprends le mieux, celle qui est le plus facilement maintenable dans ton contexte.