Discussion :

[lilly74]

Bonjour,
je cherche à calculer la matrice des distances d'un arbre phylogénétique.
Mes recherches sur google n'aboutissent à rien mais on m'a dit (sans que la personne puisse préciser) qu'il pouvait y avoir une fonction sur R qui pourrait le faire.
Je découvre donc R et ... je ne trouve pas la fonction en question
Quelqu'un aurait une idée svp?
J'ai regardé dans les tutoriels mais je n'ai absolument rien vu de tel...
Merci d'avance

[Ayest]

Bonjour,
Je ne suis pas expert en génétique des populations, mais il me semble qu'il y a plusieurs façon d'établir la matrice de distances. L'arbre est ensuite construit à partir de cette matrice.
Quoiqu'il en soit, il y a une "task view Genetics" sur le cran ; jette un oeil, tu devrais trouver ton bonheur :
http://cran.r-project.org/web/views/Genetics.html

[faBIOinfo]

Je pense que ce que tu cherches est 'dist()' pour calculer les distances
hclust() va créer l'arbre
on en crée un pdf.
(noms stocke toutes les étiquettes correspondant à ta matrice/ton arbre)

voir:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

?dist

et

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

?hclust

pour plus d'infos

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
mat_dis=as.dist(dis)
tree=hclust(mat_dis)
pdf("mon_arbre_en_pdf.pdf")
plot(tree, label=noms)
dev.off()

J'espère que çà aidera.
Bon courage.
Fabrice (a qui on a montre cela aujourd'hui :oS )

[lilly74]

Bonjour,
j'avais un peu laissé tomber R
Je vais m'y (re)mettre...
Merci pour vos pistes
A bientôt pour d'autres questions