Discussion :

[progfou]

Bonjour à tous !
Je m'intéresse depuis pas mal de temps à la programmation génétique et aux automates cellulaires.
J'aimerais réaliser un projet, probablement en python, qui serait un "monde virtuel".
Je tiens tout de suite à ne pas faire peur, pas un monde complexe au possible, mais un monde fondé sur les principes de base de la biologie, c'est à dire avec des acides aminés...
En clair, j'aimerais, avant de créer un monde complet, être capable de gérer les interactions entre les acides aminés (inventés ), puis les protéines (inventées du même coup) et faire une sorte de cellule simplissime...automatiquement.
Je ne parvient pas à expliquer cela mieux que ça, alors, les questions viendront surement, je tâcherais d'éclaircir au fur et à mesure...
Je préfère que l'on passe par le forum, ou via les mp si vous voulez, mais pas par msn, car aucune trace ne sera conservée.
Je pense en effet que l'idée lancée fera venir les questions, qui feront évoluer cette idée, avant de se lancer dans le code.

Laissez votre créativité s'exprimer !

[Thierry Chappuis]

Hello,

Je suis ingénieur chimiste avec doc en biotechnologie cellulaire. J'ai d'ailleurs découvert la prog durant mon doctorat (matlab, C, Python) en modélisant des systèmes de culture cellulaire (je ne vais pas rentrer dans les détails).

Ton sujet me semble intéressant... Je suis le topic d'un oeil attentif! As-tu déjà une idée du dégré de complexité que tu voudrais donner à ton monde? notre monde réel ne part que de 20 acides aminés, et d'un nombre très restreint de building blocks et c'est fou s'il est complexe!!! As-tu déjà une idée plus précise en tête?

Pour le moment, je suis à la recherche d'un développement éducatif en commun (en C ou en Python). Salutations

[progfou]

Je suis en train de lire de la doc sur la chimie artificielle. Le programme serait développé en Python, et je pense qu'un but pédagogique peut être une excellente voie de développement.
J'aimerais créer un monde simple, pour débuter, avec des règles simples. Je suis donc, comme je viens de le dire, en train d'essayer de modéliser des molécules, en créant les liaisons inter-atomes...
Pour le moment, ce n'est que de la lecture, surtout des docs du MIT, mais je pense me lancer dans le développement sous peu.
Toute aide est la bienvenue

[Thierry Chappuis]

Je serais intéressé à consulter la doc que tu es en train de lire. Est-elle disponible en PDF sur le web?

Recréer une chimie artificelle n'est pas trop compliqué! C'est d'ailleurs un sujet qui revient souvent dans les projets que l'on donne en étudient. En ce qui concerne la biologie, les interactions sont très complexes, et c'est très difficile à modéliser de manière simple. La chimie de base est un terrain de jeu plus approprié pour commencer.

A+

Thierry

[progfou]

Je veux bien creuser la question d'un développement à titre éducatif, as-tu déjà des idées ?
Il faut construire progressivement l'idée, ça évitera de parti à droite/à gauche sans arrêt, je pense...

[TabrisLeFol]

Bien que je n'ai pas une grande experience en programmation, je dois dire que le sujet m'interesse. Je ne pense pas pouvoir vous aider tout de suite (competences et temps insuffisants) mais je suis a l'écoute des nouvelles.

[progfou]

Si ça t'intéresse, tu peux déjà potasser ça :
http://www.sq3.org.uk/papers/evselfreps.pdf

C'est ce que j'essaie d'implémenter (en Python).
Je peux te (vous ?) mailer le prog (le début, quoi ).

[TabrisLeFol]

Merci pour le document. Je lirais cela quand j'aurais le temps.
Sinon je ne connais pas le python mais les bases doivent etre faciles à apprendre quand on connait d'autre langages (enfin j'espere ).
Le python est un choix reflechit ou s'agit il d'un choix par defaut? Presente il des avantages adaptés à ce projet?

A propos du code, de meme je ne lirais pas tout de suite mais dans une semaine je pourrais essayer de lire le doc, voir les bases du python et peut etre ce que tu a deja fait (ça fait deja beaucoup).

Comme tu le precisais dans ton premier post, on pourrait deja reflechir sur ce qu'on veut faire exactement avant de le coder (cahier de charges, description plus approfondie..) bien sur, cela est lié à la connaissance du sujet qui est pour l'instant pour moi très floue.

PS : Je viens de lire rapidement la FAQ : langage POO, portable, possedant une bibliotheque importante et gratuit, c'est un bon point. Sinon d'apres ce que j'ai vu, typage faible/dynamique, je ne raffole pas trop de cela mais je peux m'y faire. L'utilisation d'indentation au lieu de {} semble interessant. Puisque j'ai l'habitude d'utiliser les identations pour des questions de lisibilitées, il faut juste que j'oublie les {}.

[progfou]

Oui, il faut aussi oublier les ; mais on s'y fait !
Je suis avant tout programmeur C/asm...
Et pourtant j'adore le python !
Il permet de faire des GUI très facilement (excellent point dans notre cas, tu verras ).
Bref, d'utilisation simple il est rapide, portable (important car je développe sous Linux !) et assez rapide.
Je vais te laisser jeter un oeil à cette source, j'en ai encore quelques unes, surtout une, qui parle de la reproduction cellulaire, mais on verra ça ensuite.
Lis cette doc, puis par mp envoie moi ton mail (ou msn ?), et on pourra rediscuter du programme en lui-même.

[progfou]

J'ai mon blog sur DVP

http://blog.developpez.com/?blog=76

Venez ici, pour poser vos idées.
Par MP, vous pouvez me demander d'ajouter des catégories, etc.

[loufoque]

Sinon d'apres ce que j'ai vu, typage faible/dynamique

Python est fortement typé.

[TabrisLeFol]

Vu que je connais pas Python, j'imagine que tu a raison...
Je verais avec plus de detail plus tard....

progman : J'ai lu le document et je crois que je vais aider pour le developpement de squirm3 en Java, mais je suis toujours avec toi d'autant plus que squirm3 pour un debut c'est un peu beaucoup...

Tu est parti sur quelle idée ? http://www.sq3.org.uk/Evolution/ en propose plusieurs... Il n'y a pas trop d'interet à "copier" squirm3....

A propose de squirm3, je pense m'y mettre, comme je le disais mais doucement, je ne sais pas exactement comment à coder l'auteur mais je pense que de toute façon, il y a du travail (par exemple, l'applet a parfois des comportements bizares selon l'explorateur...)...
Donc je pense "étudier" son code et son fonctionnement avant, si tu veux, je pourrais te passer mes "futures éventuelles" études pour ton nouveau blog.

[progfou]

Je suis en train de réfléchir à une modélisation d'un comportement utilisant uniquement les forces. Autrement dit, je pense faire un système où les éléments ont des masses et des charges différentes suivant les cas et appliquer, "à tout moment", les lois gravitationnelles et électromagnétiques.
C'est l'idée que je creuse.
Le but étant de ne pas leur appliquer un mouvement "randomisé" comme c'est le cas avec squirm, mais un comportement ne dépendant que de lois connues.
Je pense que le comportement peut être intéressant, mais ce n'est pas simple.
Bien sûr, pas d'imitation de la nature (enfin, pas trop, pas de molécules type hydrogène, etc.).
Les forces appliquées doivent suffir à donner le mouvement (et la vitesse) aux "particules".
Voilà !
Pour le blog, tu as vu, j'ai une catégorie squirm3 .
Je vais créer un article au sujet de squirm.

[TabrisLeFol]

Faut que je m'attele à squirm, en fait ce que je pensais, c'est de faire une partie abstraite de quirm ce qui permettrait de changer les implementations de differentes parties plus facilement, le probleme actuel de squirm est qu'il est trop "fixe" à mon avis.
Justement à propos du mouvement, je voulais creer la possibilitée à l'utilisateur de changer quelques constantes, gerant entre autres, la vitesse sans perturbation et les chocs. Mais il semblent deja gérer pas mal de choses....

Tu dis sur ton blog qu'on peut le passer d"un langage à l'autre, c'est vrai et cela soutient que l'on devrait faire les discussions sans se baser sur un langage precis . (Ayant la POO, tout au moins...)

Edit : Apres reflexion, je pense démaré plutot sur l'Organic Builder, plus sympa visuellement.... Je dois dire que je ne connais pas trop la difference de code avec squirm3 sans interactio et celui en c++, a voir donc...

[zulad]

ça fait maintenant un an et je suis curieux de savoir si tu as abandonné ton projet...

Je travail sur un module C# de linearisation des molecules. Je voudrais savoir si quelqu'un s'est déjà attaché à simuler des réactions chimiques à l'aide de tables de réactions type par exemple. Mon modèle est basé sur une écriture des entités dans une DB objet qui permet de modéliser des structures complexes avec comme finalité de pouvoir injecter des molécules via le prompt et de visualiser l'évolution des réactions.

Si quelqu'un à des idées sur la manière de modéliser simplement les liaisons interatomiques comme facteur de réactions je suis preneur.

Bien à vous