Discussion :

[cal123]

bonjour

voici mon problème :
je récupère des identifiants et les séquences associées dans une base de données.
J'ai besoin de formater ces informations sous la forme d'un fichier fasta.
En utilisant Bio::SeqIO de cette manière là :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 my $in  =  Bio::SeqIO-> new 
                              (
                                 -file =>">$file",
                                 -format =>'fasta'
                              );
$in-> write_seq($seq);

le problème c'est que j'ai ceci et non pas d'objet séquence :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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foreach my $sequence (@tot_seq)
{
  my $seq_id    = $$sequence[1];
  my $seq        = $$sequence[2];
 
 
}

ma question serait comment créer un objet séquence permettant l'utilisation des fonctions de Bio::SeqIO.

Ou bien comment à partir directement de l'identifiant et de la séquence créer un fichier multifasta.

Peut-être est-il possible également de faire une conversion à partir de ce format de fichier qui est facile d'obtenir ? ( j'ignore le nom de ce format, format brute peut-être ?)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>Glyma2227s00200.1
EWIYILSVSGHFVLTNLLVKKMVETAKETGVQGRIVNVSSSIHGWFSGDAISYLALISRNKRHYDATRAYALSKLANVFHTKELSRRLQQMGANVTVNCVHPGIVRTRLTREREGLLTDLVFFLASKLLKTIPQVIKYNMK*

merci par avance, de vos remarques et suggestions

[cal123]

j'ai résolu le problème.

Je poste la solution au cas ou pour quelqu'un qui aurait le même soucis que moi.

il suffit de créer un objet séquence avec le module Bio::Seq

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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  #creation d'un objet sequence
  my $obj_seq = Bio::Seq -> new (-seq => $seq,  -id => $seq_textid,);
 
	$in-> write_seq ($obj_seq);