bonjour

Je veux utilisé la fonction bl2seq, voici mon code ( code fournit par CPAN)

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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#use strict;
use warnings;
use Bio::Tools::Run::RemoteBlast;
use Bio::DB::GenBank;
use Bio::SeqIO;
use Bio::Tools::StandAloneBlast;
 
 
# Get 2 sequences
  $str = Bio::SeqIO->new(-file=>'input' , -format => 'Fasta');
  my $seq3 = $str->next_seq();
  my $seq4 = $str->next_seq();
 
  # Run bl2seq on them
  $factory = Bio::Tools::Run::StandAloneBlast->new(-program => 'blastn',
                                                   -outfile => 'bl2seq.out');
  my $bl2seq_report = $factory->bl2seq($seq3, $seq4);
 
  # Use AlignIO.pm to create a SimpleAlign object from the bl2seq report
  $str = Bio::AlignIO->new(-file=> 'bl2seq.out',-format => 'bl2seq');
  $aln = $str->next_aln();
J'ai installé blast. J'obtiens ce message d'erreur

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
Can't locate Bio/Tools/StandAloneBlast.pm in @INC
J'ai 2 questions : Pourquoi ça ne marche pas?
et j'ai vu que bl2seq peut être utilisé avec AlignIO ou StandAloneBlast quelle est la différence ?

Merci et bonne journée