Discussion :

[Bioinfoe]

Bonjour

j'essaye de récupérer les positions start et end. Mon fichier test possède 5 séquences.
Mon code fonctionne les 3 premières séquences et apres il me donne le message d'erreur suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Can't call method "start" on an undefined value

voici mon code

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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{my $v = 1;
print STDERR "waiting..." if( $v > 0 );
 
	while ( my @rids = $factory->each_rid ) 
		{
		foreach my $rid ( @rids )
			{
			my $rc = $factory->retrieve_blast($rid);
			if( !ref($rc) ) 
				{
				if( $rc < 0 ) 
					{
					$factory->remove_rid($rid);
					}
				print STDERR "." if ( $v > 0 );
				sleep 5;
				} 
			else 
			{
			my $result = $rc->next_result();
			print $result,"\n";
			$factory->remove_rid($rid);
			for (my $i = 0; $i < 1; ++$i) 
				{
				my $hit = $result->next_hit;
				my $hsp = $hit->next_hsp;
                                my $start_hit=$hsp->start('hit');
                                my $end_hit=$hsp->end('hit')
				next unless ( $v > 0);
 
	open (FILE2, ">>$Fichier");
   	print FILE2 ($hit->accession,"\t\t ", $start_hit, "\t\t ",$end_hit),"\n";
      	close(FILE2);
				}
			}
			}
		}
}

mon code fonctionne très bien sans la demande d'affichage du start et du end.
La position de l'erreur est peut être aléatoire.

Pourquoi ça ne marche pas?
Merci

[50Nio]

Bonjour,

Ton erreur signifie que:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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  my $hsp = $hit->next_hsp;
  my $start_hit=$hsp->start('hit');

A la deuxième ligne de ce code $hsp est indéfini, ce n'est pas un objet avec ta méthode start.
Donc ta ligne d'avant a échoué, ton objet $hsp n'est pas ce que tu attendais.

Si tu envois les "use" qu'il faut je peux tester de manière plus poussée, j'ai un BioPerl installé.

[Philou67430]

Je serais presque prêt à parier que next_hsp retourne dans ce cas, "undef"...
Un conseil : teste $hsp avant de l'utiliser.

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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			my $result = $rc->next_result();
			print $result,"\n";
			$factory->remove_rid($rid);
			for (my $i = 0; $i < 1; ++$i) 
				{
				my $hit = $result->next_hit;
				my $hsp = $hit->next_hsp;
                                my $start_hit=$hsp->start('hit');
                                my $end_hit=$hsp->end('hit')

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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				my $result = $rc->next_result();
				$factory->remove_rid($rid);
 
				while ( my $hit = $result->next_hit ) {
					next unless ( $v > 0);
						while( my $hsp = $hit->next_hsp ) {

Essaie avec des boucles while au lieu d'une variable incrémentée

[Bioinfoe]

@ Jasmine : j'ai toujours le même problème

@Philou67430 : comment un hsp pourrait être indéfini?

@ 50Nio : voici me use

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use strict;
use warnings;
use Bio::Tools::Run::RemoteBlast;
use Bio::DB::GenBank;
use Bio::SeqIO;

Merci

[Jasmine80]

Ce serait plus facile de t'aider si on avait tout le code à tester, ainsi que la séquence posant problème.

[Philou67430]

@Philou67430 : comment un hsp pourrait être indéfini?

Parceque la doc de cette méthode précisant le retour de next_hsp évoque clairement cette possibilité :

next_hsp

Title : next_hsp
Usage : while( $hsp = $obj->next_hsp()) { ... }
Function : Returns the next available High Scoring Pair
Example :
Returns : L<Bio::Search::HSP::HSPI> object or null if finished
Args : none

Pour bien gérer ce genre de méthode, la bonne manière est la boucle proposée par jasmine.
D'ailleurs, le SYNOPSIS de la doc de Bio::Tools::Run::RemoteBlast ne dit pas autre chose.