Discussion :

[Bioinfoe]

Bonjour
J'essaye de faire un script pour fournir a blast un fichier de séquences et recevoir en sortie un fichier avec les informations relatives a ces séquences.
jessaye d'utiliser le fameux code fourni par Bio::Tools::Run::RemoteBlast -

Mais il a une erreur dans le bast, le code ne rentre jamais dans le esle de la boucle suivante

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 if( !ref($rc) ) {
          if( $rc < 0 ) {
            $factory->remove_rid($rid);
          }
          print STDERR "." if ( $v > 0 );
          sleep 5;
        } else {
          my $result = $rc->next_result();
          #save the output
          my $filename = "Result";
 
 
          $factory->save_output($filename);
          $factory->remove_rid($rid);
          print "\nQuery Name: ", $result->query_name(), "\n";
          while ( my $hit = $result->next_hit ) {
            next unless ( $v > 0);
            print "\thit name is ", $hit->name, "\n";
            while( my $hsp = $hit->next_hsp ) {
              print "\t\tscore is ", $hsp->score, "\n";
            }
          }
        }
      }
    }
  }

Quelqu'un pourrait m'expliquer comment le v est calculé?

dans un code légèrement diffèrent j'ai cette erreur
Can't call method "next_result" on an undefined value
Merci

[Jasmine80]

Voici un script qui fonctionne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
 
 
#Remote-blast "factory object" creation and blast-parameter initialization
 
use strict;
 
 
# Lorsque l'on utilise ce module, la première chose à faire est de le charger. 
use Bio::Tools::Run::RemoteBlast;
 
 
# différents algoritmes sont disponibles
# blastn compare une séquence cible nucléique à une base de données nucléique.
# blastp compare une séquence cible protéique à une base de données protéique.
# cf tableau dans l'introduction ou site http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/query_tutorial.html
my $prog = 'blastn';
 
# Base données dont les entrées seront comparées à notre séquence cible
# dans ce cas-ci nr (base par défaut) contenant les séquences non redondantes
# pour la liste complète des bases de données, se rendre sur le site http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/query_tutorial.html
my $db   = 'nr';
 
# expected value (défaut 10)
my $e_val= '1e-10';
 
# méthode utilisée afin de lire le rapport du blast
my $readmethod = 'SearchIO';
 
 
my @params = (
    '-prog' => $prog,
    '-data' => $db,
    '-expect' => $e_val,
    '-readmethod' => $readmethod );
 
 
my $factory = Bio::Tools::Run::RemoteBlast->new(@params);
 
 
 
# séquence cible entrée sous le format Bio::Seq
my $sequence = 'CTCCGTAGGTGAACCTGCGGAGGGATCATTACAAGWRMSCCCGGKCTWACSRCCKGGWTRTTCATAACCCTTTGTTGTCCGACTCTGTTGCCTCCGGGGCGACCCTGCCTTCGGGCGGGGGCTCCGGGTGGACACTTCAAACTCTTGCGTAACTTTGCAGTCTGAGTAAACTTAATTAATAAATTAAAACTTTTAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCCTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCACCACTCAAGCCTCGCTTGGTATTGGGCAACGCGGTCCGCCGCGTGCCTCAAATCGWCCGGCTGGGTCTTCTGTCCCCTAAGCGTTGTGGAAACTATTCGCTAAAGGGTGTTCGGGAGGCTACGCCGTAAAACAACCCCATTTCTAAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAASCGGAGGA';
my $input = Bio::Seq->new( -display_id => 'seq_consensus', -seq => $sequence);
my $r = $factory->submit_blast($input);
 
 
 
 
 
# $v permet d'activer ou de désactiver les messages
my $v = 1;
print STDERR "waiting..." if( $v > 0 );
 
while ( my @rids = $factory->each_rid ) {
 
	foreach my $rid ( @rids ) {
 
		# Tente de récupérer un rapport blast de la file d'attendre
		my $rc = $factory->retrieve_blast($rid);
 
		if( !ref($rc) ) {
			if( $rc < 0 ) {
				$factory->remove_rid($rid);
			}
			print STDERR "." if ( $v > 0 );
			sleep 5;
		} 
 
		else {
			my $result = $rc->next_result();
 
			print $result;
 
			# création du fichier de sortie ayant comme nom l'identifiant de la séquence cible
			my $filename = 'C:/chemin/'.$result->query_name().'.blast';
			$factory->save_output($filename);
			$factory->remove_rid($rid);
			while ( my $hit = $result->next_hit ) {
				next unless ( $v > 0);
				print "\thit name is ", $hit->name, "\n";
				while( my $hsp = $hit->next_hsp ) {
					print "\t\tscore is ", $hsp->score, "\n";
 
				}
			}
		}
	}
}

Code Bioinfoe :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Quelqu'un pourrait m'expliquer comment le v est calculé?

v permet d'activer ou de désactiver les messages, c'est à toi de le définir.


Si tu ne passes pas dans le else, c'est probablement qu'aucun résultat n'est trouvé car tes paramètres sont mal réglés. Quelle est la taille de ta séquence? Quels paramètres utilises-tu?

[Bioinfoe]

J'ai essayer ton code ça ne donne toujours rien

Quelle est la taille de ta séquence? Quels paramètres utilises-tu?

la taille de mes séquences varie entre 20 et 35 nucléotides.
paramètres :
blastn
nr
1e-10

pour spécifier l'organisme c'est bien la ligne de code suivante?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$Bio::Tools::Run::RemoteBlast::HEADER{'ENTREZ_QUERY'} = 'Triticum aestivum [ORGN]';

P.S. La recherche "à la main" directement sur le site fonctionne

[Jasmine80]

J'ai essayer ton code ça ne donne toujours rien



la taille de mes séquences varie entre 20 et 35 nucléotides.
paramètres :
blastn
nr
1e-10 pour le e value

Mets l'e value à 1000. Pour les petites séquences tu dois utiliser une très grande e value car la probabilité de les retrouver par hasard dans la DB est énorme.

Tu dois également mettre le 'word' utilisé pour la recherche à 5 car par défaut, il est à 7.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @params = 	( 	
				 '-prog' => 'blastn',
				 '-data' => 'nr',
				 '-expect' => 1000,
				 '-W' => 5,
		);

pour spécifier l'organisme c'est bien la ligne de code suivante?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$Bio::Tools::Run::RemoteBlast::HEADER{'ENTREZ_QUERY'} = 'Triticum aestivum [ORGN]';

oui, c'est correct.

[Bioinfoe]

Merci beaucoup ça marche...