Discussion :

[manoir]

Bonjour R users,

Je veux extraire une sous data.frame à partir d'une autre data.frame selon ma variable d'intérêt.
Ex :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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VAR1  VAR2  VAR3
MA    2     10g
ME    3     50k
AP    8     40l 
NJ    1     63i
MP    0     78y

dans un autre fichier toto se trouve ma variable VAR1 (pas forcément la même longueur que la VAR3 dans la data frame). J'ai récupéré l'intersect entre le VAR3 de mon data.frame et de mon fichier toto.

Maintenant, je veux extraire de la première data frame, une deuxième data frame qu'avec l'intersect de la variable VAR3??

J'espère que je suis clair, merci par avance
manoir

[pitipoisson]

Bonjour,

Tu peux l'avoir directement avec

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

data[is.element(data$VAR3, toto$VAR1), ]

ou bien

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

data[is.element(data$VAR3, <vecteur intersection>), ]

Attention, s'il s'agit de facteurs il faut (puisque tu n'as pas forcément les même choses dans les deux, donc pas forcément les mêmes valeurs numériques pour les mêmes nivaux) faire

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

data[is.element(as.character(data$VAR3), as.character(<vecteur intersection>)), ]

(pareil pour l'autre méthode)

[manoir]

Many thanks pitipoisson

Manoir

[manoir]

Je voudrais récupérer les rs en commun entre deux fichiers Mat1 et Mat2

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Mat2<-read.delim(fichier1)
Mat1<-read.delim(fichier2)
M<-1:length(Mat2) # créer un ordre pour le vecteur rs
Mat2<-data.frame(Mat2,M)
 
colnames(Mat2)<-c("rs","ordre")
inter<-intersect(Mat1$rs,Mat2) # les rs en commun entre les deux fichiers
Mat3<-subset(Mat1, is.element(Mat1$rs,inter),) # récupérer la data.frame des rs en commun,

Maintenant, je souhaite réordonner ma data.frame par rapport à l'ordre de mon fichier Mat2, c'est à dire garder l'ordre de Mat2$rs pour les rs en commun

En vous remerciant
M

[manoir]

Re bonjour,

Ci dessous un exemple concret de ce que je souhaite faire,
Chrom rs Position rs.1 order
4 1 rs3094315 742429 MitoA10045G 1
7 1 rs12562034 758311 MitoA10551G 2
17 1 rs3934834 995669 MitoA11252G 3
18 1 rs9442372 1008567 MitoA11468G 4
19 1 rs3737728 1011278 MitoA12309G 6
20 1 rs11260588 1011521 MitoA13106G 7
21 1 rs6687776 1020428 MitoA13781G 9
22 1 rs9651273 1021403 MitoA14234G 10
23 1 rs4970405 1038818 MitoA14583G 11
24 1 rs12726255 1039813 MitoA15245G 13

C'est la data.frame finale, le vecteur rs et rs.1 sont exactement pareil sauf que sont pas classés dans le même ordre, la dernière colonne est l'ordre de rs.1.

Je veux que rs =rs.1 en utilisant le vecteur ordre et pas order(rs)!!!

Merci