Discussion :

[Saoua83]

Bonjour,

Je sais que ce sujet n'est pas vraiment bien placé ici, mais vu que la section [Bioinformatique] ne semble exister qu'ici, je me permets.

Ma question est comme le titre l'indique sur l'utilisation d'ontologie avec les bases de données, je fais de l'intégration de données de diverses bases de données biologiques dans un entrepôt de données, et je cherche un exemple simple d'utilisation d'ontologie avec une base de données, pour essayer de résoudre des problèmes dû à la sémantique de certains champs.

J'ai lu pas mal d'article, mais je n'arrive toujours pas à voir comment vraiment on peut lier, ontologie (déjà existante (ou à construire)) et données de l'entrepôt, je veux dire "informatiquement" parlant.

Si quelqu'un peut me donner un exemple simple (je suis lente à la compréhension...) ou des informations je suis intéressée.

Merci d'avance.

[Antoun]

Le terme d'ontologie, appliquée à l'informatique, m'a toujours semblé particulièrement obscur... peux-tu donner un exemple (accessible à un non-biologiste) de ce que tu veux faire ?

[MaliciaR]

Saoua83, parles-tu de GeneOntology?

[Saoua83]

ReBonjour,

Je ne sais pas si je parle de GeneOntology, c'est très possible. J'explique un peu mieux mon problème. Je veux bien un petit topo dessus si tu t'en sens le courage.

Je travaille sur plusieurs bases de données biologiques (que j'appellerais BD sources), je dois récupérer certaines informations et les réunir (après nettoyage, traitement, etc) dans un entrepôt de données (c-à-d. dans une base de données locale). Le problème c'est que par exemple, d'une BD source à une autre, le nom donné à un cancer n'est pas forcément le même, et cela peut fausser mes résultats, j'aurais donc voulu savoir comment faire pour lier les noms de cancers qui sont en fait les "même".

Parce que informatiquement dans ma base de données

Merci pour vos futures réponses.

[stoyak]

Quelques lignes sur la GeneOntology :

The Gene Ontology (GO) project is a collaborative effort to address the need for consistent descriptions of gene products in different databases. The GO project has developed three structured controlled vocabularies (ontologies) that describe gene products in terms of their associated biological processes, cellular components and molecular functions in a species-independent manner.

Je te conseille de lire la présentation du projet pour que tes idées soient plus claires. GO permet de décrire les gènes et produits de gènes dans le contexte de processus biologiques, fonctions moléculaires ou localisations cellulaires.
Je ne suis pas sûre que cela pourra t'aider pour l'exemple que tu nous a présenté ...

[Tommy31]

Je travaille sur plusieurs bases de données biologiques (que j'appellerais BD sources), je dois récupérer certaines informations et les réunir (après nettoyage, traitement, etc) dans un entrepôt de données (c-à-d. dans une base de données locale). Le problème c'est que par exemple, d'une BD source à une autre, le nom donné à un cancer n'est pas forcément le même, et cela peut fausser mes résultats, j'aurais donc voulu savoir comment faire pour lier les noms de cancers qui sont en fait les "même".

Tes bases de données sont elles ontologiques ? Si oui, au mieux les individus sont issus des mêmes concepts (même uri), au pire tu peux les faire se correspondre.