Discussion :

[picopom]

Bonjour à tous,

Je m'excuse par avance si ma question a déjà été posée ou si la réponse est évidente.

Je cherche à récupérer une séquence complète (pour plusieurs organismes différents) à partir de ses bornes (start et end).
Jusqu'ici, j'ai essayé par Ensembl, mais le fichier de résultat se présente sous la forme de transcrits mis bout à bout, et je me perds dans UCSC.

Auriez vous une solution simple à me proposer, uniquement à partir des bornes de début et de fin de ma séquence ? (pas d'accession ...)

Merci !

[MaliciaR]

Salut,

Je n'ai pas l'impression de comprendre ce que tu veux faire
Ca veut dire quoi pour toi "le début et la fin d'une séquence" ? Tu parles de quelles tailles? Donne plus de détails.

[picopom]

En fait, j'avais besoin de sortir la séquence (pas les contigs, ni les transcrits à la suite) format fasta, pour, par exemple, le chromosome 2 entre la base numéro 45265498 et 78456123 (=start et end).

En fait j'ai trouvé mon bonheur sur Ensembl tout de même, dans "export data", qui prenait les bornes et me donnait le fichier de mes rêves.

Mais je m'étonne de ne pas trouver de méthode dans BioPerl style getsequence(), qui prenne en argument les bornes de début et de fin....

[djibril]

Ah non, je pense que ça existe, je ne me souviens plus, mais j'ai déjà vu pas mal de modules BioPerl où tu peux spécifier les bornes et récupérer la séquence adéquate.

[Jasmine80]

Bio::Seq

Code :

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 Title   : subseq
 Usage   : $substring = $obj->subseq(10,40);
 Function: Returns the subseq from start to end, where the first base
           is 1 and the number is inclusive, ie 1-2 are the first two
           bases of the sequence
 
           Start cannot be larger than end but can be equal
 
 Returns : A string

[picopom]

Merci,

J'avais déjà vu cette fonction, mais elle s'applique à un objet de type séquence, c'est à dire avec une séquence associée.

Ma question était comment peut-on récupérer simplement une séquence dans une base de données à partir des bornes, sachant que ces bornes ne sont pas forcément comprises dans une séquence "connue" (cad pas forcément comprises dans un gène)?

Par exemple, on sait qu'on a une mutation entre la position 2035 et la position 10005 sur le chromosome 3. On veut donc récupérer cette séquence pour la confronter à la référence.
Donc le but est de récupérer toute la séquence, introns, exons, non codante ...

J'espère que c'est un peu plus clair, au moins pour la démarche.