Discussion :

[selyousfi]

Bonjour tout le monde,

Je suis nouveau sur le forum et débutant dans la programmation java /J2EE. mon problème c'est que je n'arrive pas à lire le contenu d'un fichier xml dans premier temp et le modifier dans un deuxième temps avec l'API JDOM.

voici un extrait du fichier que voudrais parcourir:

Code xml :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!-- Created by JWS2SBML on 2008/05/26 09:12:19-->
<sbml xmlns="http://www.sbml.org/sbml/level2" level="2" version="1">
 <model name="curien">
  <listOfCompartments>
    <compartment id="compartment" name="compartment" size="1"/>
  </listOfCompartments>
  <listOfSpecies>
    <species id="Hser" name="Hser" compartment="compartment" initialConcentration="0" boundaryCondition="true" constant="true"/>
    <species id="Phser" name="Phser" compartment="compartment" initialConcentration="0"/>
    <species id="Cys" name="Cys" compartment="compartment" initialConcentration="15" boundaryCondition="true" constant="true"/>
    <species id="Cystathionine" name="Cystathionine" compartment="compartment" initialConcentration="0" boundaryCondition="true" constant="true"/>
    <species id="Phi" name="Phi" compartment="compartment" initialConcentration="10000" boundaryCondition="true" constant="true"/>
    <species id="Thr" name="Thr" compartment="compartment" initialConcentration="0" boundaryCondition="true" constant="true"/>
  </listOfSpecies>
  <listOfParameters>
    <parameter id="V1" name="V1" value="1"/>
    <parameter id="kcat2" name="kcat2" value="30"/>
    <parameter id="KmCYS" name="KmCYS" value="460"/>
    <parameter id="KmPHSER" name="KmPHSER" value="2500"/>
    <parameter id="Ki2" name="Ki2" value="2000"/>
    <parameter id="Ki3" name="Ki3" value="1000"/>
    <parameter id="CGS" name="CGS" value="0.7"/>
    <parameter id="TS" name="TS" value="5"/>
    <parameter id="AdoMet" name="AdoMet" value="20"/>
  </listOfParameters>
</model>
</sbml>

et voici le code que j'utilise :

SAXBuilder saxBuilder = new SAXBuilder();//construire un Objet SAXBuilder

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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  Document doc = saxBuilder.build(new File(browsejTxtFld.getText()));
                System.out.println("path = " + browsejTxtFld.getText());
 
                Element sbml = doc.getRootElement();
                Element model = sbml.getChild("model");
                List species = model.getChildren("listOfSpecies");
                Iterator sepciesIt = species.iterator();
 
                while(sepciesIt.hasNext())
                {
                   Element spece = (Element)sepciesIt.next();
                   System.out.println(spece.getChild("species").getValue());
 
                }

Merci de toute vos réponse

[Djobird]

Bonjour et welcom ^^
Deux trois choses pour que l'on puisse t'aider :
Penser à utiliser les balise [code] pour que ton code soit lisible.
Et précise nous exactement ton problème, car "je n'y arrive pas" ne nous aide pas vraiment. Ca plante, les résultats ne sont pas ceux escompté ou autre ?

[blackhock]

Salut selyousfi,
Moi pour lire mes fichier XML j'ai utilisé un code avec DocumentBuilderFactory ui ressemble a, c'est d'ailleurs un membre de du forum qui m'a aidé avec ce code:

Code :

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import org.w3c.dom.*;
import javax.xml.parsers.*;
 
public class ReadXml {
	public static void main(String[] args) {
 
		DocumentBuilderFactory factory = DocumentBuilderFactory.newInstance();
		DocumentBuilder builder = null;
		Document doc = null;
		Element racine = null;
		NodeList nodeList = null;
		try {
			builder = factory.newDocumentBuilder();
			doc = builder.parse("fichier.xml");
			racine = doc.getDocumentElement();
			nodeList = racine.getElementsByTagName("file");
			for (int i = 0; i < nodeList.getLength(); i++) {
				Element e = (Element)nodeList.item(i);
				System.out.println(e.getAttribute("Name"));
			}
		} catch (Exception e) {
			e.printStackTrace();
		}
	}
}

Sachant le fichier XML est du genre: <file Name="NomDeFichier"></file> pour te préciser c'est quoi file et Name
Après pour modifier le contenu de ton fichier XML... je ne sais pas trop comment faire.

[selyousfi]

Merci blackhock pour ta réponse,
Toi tu parcours ton fichier en utilisant le Parser Dom, alors que moi je voudrais utiliser Parser JDOM. Certe Jdom est à peu près la même chose sauf il utilise plus de featurs que DOM.

Si quelqu'un pourrait me corrigé svp.

[ttttnht]

Bonjour,

Il faut utiliser le name space dans ton code comme ceci:

Code :

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  public void testJDom() {

    Document document = null;
    Namespace nameSpace = Namespace.getNamespace("xsi", "http://www.sbml.org/sbml/level2");

    SAXBuilder builder = new SAXBuilder();
    try {
      document = builder.build("fichier.xml");

      Element sbml = document.getRootElement();
      Element model = sbml.getChild("model", nameSpace);
      List species = model.getChildren("listOfSpecies", nameSpace);

      for (Object o : species) {
        List speciesList = ((Element)o).getChildren();
        // Liste species
        for (Object sp : speciesList) {
          List attributeList = ((Element)sp).getAttributes();
          for (Object attr : attributeList) {
            System.out.println(((Attribute)attr).getName() + " = " + ((Attribute)attr).getValue());
          }
          System.out.println();
        }
      }
    }
    catch(JDOMException e) {
      System.err.println(e.getMessage());
    }
    catch(IOException e) {
      System.err.println(e.getMessage());
    }
  }

Ce programme dépendra de ta structure du fichier xml.

[selyousfi]

J'ai résolu finalement mon problème, je vous fait part de mon code. :

Code :

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public class Main {
  public static void main(String[] args) {
        try {
            //Lecture du fichier
            SAXBuilder parser = new SAXBuilder();
            Document doc = parser.build("test.xml");
 
            Element root = doc.getRootElement();// Retourn l'élément Root du document (Sbml dans notre exemple)
            //System.out.println("Root element : " + root);
 
            //Traitement du fichier
            List listOfModels = root.getChildren(); //Return la liste des modèles (1 seul model dans notre cas: model)
            //System.out.println("List of children of Root element : " + listOfModels);
 
            Iterator listOfModelsIt = listOfModels.iterator();// on définit un itérateur sur cette liste de modèles
 
            while( listOfModelsIt.hasNext())
            {
                Element currentModel = (Element) listOfModelsIt.next();
                List dataModel = currentModel.getChildren();// on appele les diffrents enfants du model courant dataModel
 
                //Traitement compatments
                //System.out.println("-- List Of Compartment --\n");
                Element listOfCompartments = (Element) dataModel.get(0);
                List listOflistOfCompartments = listOfCompartments.getChildren();
                Iterator listOflistOfCompartmentsIt = listOflistOfCompartments.iterator();
                while(listOflistOfCompartmentsIt.hasNext())
                {
                    Element currentCompartment = (Element) listOflistOfCompartmentsIt.next();
                    currentCompartment.setAttribute("id", "compartment");
                    currentCompartment.setAttribute("name", "compartment");
                    //System.out.println(currentCompartment.getAttribute("name").getValue());
                }

Merci poiur votre participation
A+