Discussion :

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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			# Recherche dans Genbank
			#--------------------------
 
			eval { $gb->get_Seq_by_acc($acc) };
			if ($@) {
				print "ERREUR : pb accession $acc\n";
 
			}
			else{
				my $info = $gb->get_Seq_by_acc($acc);
				my $seq = $info->seq();
				my $seq_length = length($seq);

ERREUR :

------------- EXCEPTION -------------
MSG: acc AF454164 does not exist
STACK Bio:B::WebDBSeqI::get_Seq_by_acc C:/Perl/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:181
STACK toplevel Samson.pl:159

--------------------------------------

Ligne 159 :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $info = $gb->get_Seq_by_acc($acc);

Normalement, l'eval() permettait d'éviter que le script ne plante si l'accession n'existait pas.

J'obtiens ici un message d'erreur disant que l'accession n'existe pas, or il existe bien !!

J'utilise une liste d'accessions et quand cela bloque pour un (AF454164 par exemple), si je relance le script en supprimant de la liste les accessions précédents qui ont correctement été traités, AF454164 est cette fois bien trouvé et le script continue jusqu'à un nouveau message d'erreur similaire.

... je ne comprends pas le problème, avez-vous une idée?


Merci pour votre aide,

[djibril]

Bah je sais pas comment tu as écris ton script, mais j'ai fais ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl 
use warnings;
use strict;
use Carp;
 
# Moduke Bio ::DB ::GenBank
use Bio::DB::GenBank;
 
# Création du handle permettant de se connecter à la banque de données GenBank avec le constructeur new qui ne prend aucun argument
my $gb = new Bio::DB::GenBank;
 
# Récupération des informations relatives à une séquence en introduisant son Accession Number
# Utilisation de la méthode get_Seq_by_acc avec en argument l'accession demandé
my $seq = $gb->get_Seq_by_acc('AF454164');
 
my $Sequence = $seq->seq();
my $Description = $seq->desc();
print "$Sequence\n";
print "$Description\n";

et j'obtiens bien

ATTGCCT......GGCG
Aspergillus fumigatus strain CDC B-2570 28S ribosomal RNA gene, partial sequence.

Sinon pourquoi tu n'écris pas ainsi par exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $seq;
eval {
  $seq = $gb->get_Seq_by_acc('AF4aaa54164');
};
if ($@) {
				print "ERREUR : pb accession \n";
}
else {
  my $Sequence = $seq->seq();
  my $Description = $seq->desc();
  print "$Sequence\n";
  print "$Description\n";
}

et là j'ai bien

ERREUR : pb accession

[Jasmine80]

Sinon pourquoi tu n'écris pas ainsi par exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $seq;
eval {
  $seq = $gb->get_Seq_by_acc('AF454164');
};
if ($@) {
				print "ERREUR : pb accession \n";
}
else {
  my $Sequence = $seq->seq();
  my $Description = $seq->desc();
  print "$Sequence\n";
  print "$Description\n";
}

et là j'ai bien

Oui, tu as raison, c'est mieux écrit ainsi. Je ne comprends pas pourquoi parfois on arrive à récupérer la séquence et parfois non d'autant plus qu'en refaisant tourner une seconde fois le script, l'erreur n'apparait plus ... c'est vraiment étrange, peut-être une saturation due à la liste des accessions demandés en requête (via une boucle sur @accessions ).

[djibril]

Ouais, je sais, ça arrive souvent. C'est surement dû soit à une connexion internet qui bug (micro coupure), ou même et je confirme que c'est le serveur ncbi qui est de temps en temps saturé. Du coup, il se peut que le module télécharge un fichier genbank corrompu, et donc qu'il n'arrive pas à récupérer l'information.

[Jasmine80]

Le problème est survenu 5 fois sur les 2000 premiers accessions, je modifie la liste, je relance le script et ça reprend le cours normal des commandes (récupération info et insertion en DB) à partir de l'accession qui a posé problème (premier de la liste). Apparemment les accessions posant problème n'ont rien de particulier. Il en reste un peu plus de 4000 à traiter.

[Jasmine80]

Ouais, je sais, ça arrive souvent. C'est surement dû soit à une connexion internet qui bug (micro coupure), ou même et je confirme que c'est le serveur ncbi qui est de temps en temps saturé. Du coup, il se peut que le module télécharge un fichier genbank corrompu, et donc qu'il n'arrive pas à récupérer l'information.

^^ dans ce cas récupérer l'objet dans l'eval comme tu l'as proposé évitera ce problème car une fois dans le else on ne devra plus refaire la commande get_Seq_by_acc. Au pire si un problème de récupération se pose, $@ contiendra un message mais le script passera à l'accession suivant.

Une fois de plus, merci pour ton aide.

[Jasmine80]

Une dernière question. Vu que la récupération se fait un à un, un sleep(1) entre chaque récupération pourrait-il aider? Histoire de laisser respirer GenBank ... enfin 6000 secondes à attendre ça fait beaucoup trop, c'est juste une question par curiosité.

[djibril]

non, ne mets pas de sleep, ça ne sert à rien et de plus rendra ton script trop long car 1 secondes fois 10_000 accessions, t'es pas rendu.

Par contre rien ne t'empêche d'essayer de :
- soit relancer ton script une 2eme fois en re testant les accessions non trouvés
- soit dans ton script tu fais un compteur histoire de chercher ton accession sur genbank une fois. s'il ne trouve rien, sleep 1 puis re teste une 2eme fois, et après 3 fois, bah tu passes à l'autre accession.

[Jasmine80]

non, ne mets pas de sleep, ça ne sert à rien et de plus rendra ton script trop long car 1 secondes fois 10_000 accessions, t'es pas rendu.

Par contre rien ne t'empêche d'essayer de :
- soit relancer ton script une 2eme fois en re testant les accessions non trouvés
- soit dans ton script tu fais un compteur histoire de chercher ton accession sur genbank une fois. s'il ne trouve rien, sleep 1 puis re teste une 2eme fois, et après 3 fois, bah tu passes à l'autre accession.

Ici, j'ai pensé à la première option, d'où je récupère les acc non trouvés via un print dans le if($@) (^^ c'est la façon bébé mais ça fonctionne bien). Mais la seconde option parait bien mieux, je modifierai le script pour la prochaine fois. Merci pour cette bonne idée.

[Philou67430]

J'aurais aussi proposé la solution des retry, bien plus robuste.
Dans ce cadre là, tu peux aussi gérer ta liste d'accession par un tableau, et gérer ton script selon ce modèle :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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@remaining_accession = @accession_list;
while (@remaining_accession) {
  my @accession = splice @remaining_accession;
  foreach my $accession (@accession) {
    #trait $accession
    push @remaining_accession, $accession if $failure;
  }
}

[djibril]

Le problème est qu'il se peut qu'il y ait des acc qui n'existe vraiment pas. Et dans ce cas, ton script tournerait en boucle indéfiniment

[Jasmine80]

J'aurais pu utiliser une autre fonction que

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$gb->get_Seq_by_acc($acc)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$seq = $db->get_Stream_by_acc([$acc1, $acc2]);

Ou même mieux :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$seq = $db->get_Stream_by_batch($ref);

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Retrieves Seq objects from Entrez 'en masse', rather than one
            at a time.
$ref : either an array reference, a filename, or a filehandle
            from which to get the list of unique ids/accession numbers.

J'essaierai une prochaine fois.

[Philou67430]

Pour sur, il faut que $failure signifie bien "erreur de connexion", et pas "pas de réponse valide"

[Jasmine80]

... ça tourne depuis 8h00 et j'arrive seulement aux 3000 premiers ... faut pas être pressé, heureusement que je peux faire d'autres choses en attendant.

[djibril]

peux tu nous montrer le script

[Jasmine80]

peux tu nous montrer le script

C'est le script en rapport avec la discussion 'langage>rapidité d'un script' qui montre (via Benchmark::Stopwatch) que le seul fait de récupérer les donnée d'un accession sur GenBank ($gb->get_Seq_by_acc($acc)) prend dans mes exemples 3 sec (petites séquences 800 nuc) à 3 minutes (longues séquences 4000000 nuc).

Vu que j'ai 6123 séquences (heureusement petites 120 à 1120 nuc ) 6123 * 3 sec = 18369 sec = 5 h ^^ Bref, y'a plus qu'à attendre patiemment que la DB se remplisse.

EDIT : ^^ je ne sais plus calculer


Néanmoins voici quand même mon script ^^ on sait j'avais que tu aies encore de bonnes idées pour l'améliorer :

Code :

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#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
 
use DBI;
use Bio::DB::GenBank;
use Date::Calc qw(:all);
use Time::localtime;
 
 
my ($start_hour,$start_min,$start_sec) = Now([+1]);
 
 
my $Depart = ctime();
my $Annee = localtime->year() + 1900;
my $Mois = localtime->mon() + 1;
my $Jour = localtime->mday();
my $Heure = localtime->hour();
my $Min = localtime->min();
my $Sec = localtime->sec();
 
# Date pour MySQL     (date du jour)
my $Date = sprintf("%04d",$Annee)."-".sprintf("%02d",$Mois)."-".sprintf("%02d",$Jour)." ".sprintf("%02d",$Heure).":".sprintf("%02d",$Min).":".sprintf("%02d",$Sec);
$Date = quotemeta($Date);
 
 
 
my $driver   = "mysql";
my $server   = "localhost";
my $database = "Pierre_Alain";
my $url      = "DBI:$driver:$database:$server";
 
my $Table="samson";
 
my ($user, $password ) = PASS();
 
my $DBconnect=DBI->connect( $url, $user, $password ) or die "Failure!\n";
 
=h
# efface la table si elle existe déjà
my$sql0="drop table IF exists $Table;";
my$sth0 = $DBconnect->prepare($sql0) or print "prepare error\n";
$sth0->execute or die "Could not execute SQL0 statement ... maybe invalid?";
$sth0->finish;
 
 
# Créer la table
my$sql = "CREATE TABLE $Table  (Accession VARCHAR(30) PRIMARY KEY, Id INT(10), Organism VARCHAR(50), Taxon INT(10), Seq_length SMALLINT(5),  Sequence LONGTEXT, Date DATE) ENGINE = InnoDB;";
my$sth = $DBconnect->prepare($sql) or print "prepare error\n";
$sth->execute or die "Could not execute SQL statement ... maybe invalid?";
$sth->finish;
 
print "\nTABLE $Table cree\n\n\n";
=cut
 
 
 
 
my @request =  ('DQ094418','DQ094419');
 
print @request." acc à rechercher\n\n";
 
my $gb = new Bio::DB::GenBank;
 
foreach my $acc (@request){
 
	# si l'acc est déjà dans Samson, on passe au suivant
	my $sql0 = "SELECT Id FROM $Table WHERE accession = '$acc'";
	my $sth0 = $DBconnect->prepare($sql0) or print "prepare error\n";
	$sth0->execute or die "Could not execute SQL statement ... maybe invalid?";
	my $exi = $sth0->rows;
 
	if ($exi == 0){
 
		# si l'acc est déjà dans Fungi2, on garde le même Id
		my $sql = "SELECT fungi2.id, fungi2.organism, fungi2_accessions.accession, fungi2.seq_length, fungi2.sequence
			FROM fungi2
			LEFT JOIN fungi2_accessions
			USING ( id ) 
			WHERE accession = '$acc'";
 
		my$sth = $DBconnect->prepare($sql) or print "prepare error\n";
		$sth->execute or die "Could not execute SQL statement ... maybe invalid?";
		my $num = $sth->rows;
 
		if ($num > 0){
 
			my $info;
 
			eval { $info =  $gb->get_Seq_by_acc($acc) };
			if ($@) {
				print "ERREUR : pb accession $acc\n";
			}
			else{
 
				my $taxon = 0;
 
				my @Features = $info->get_SeqFeatures;
				my $FeaturesDNA = $Features[0];
 
				foreach my $k (keys %$FeaturesDNA){
 
					if ($k eq "annotation"){ 
 
						my $SousObjet1 = ($FeaturesDNA->{$k});
						my $SousObjet2 = ($SousObjet1->{"_annotation"});				
						my $SousObjet4 = ($SousObjet2->{"db_xref"});
						$taxon = ${$SousObjet4}[0];
						$taxon =~ s/\D//g;
						last;
 
					} #if
 
				} # foreach my $k (keys %$FeaturesDNA)
 
 
				while (my @row=$sth->fetchrow_array){
					my $sql2 = "INSERT INTO $Table (Id, Organism, Taxon, Accession, Seq_length, Sequence, Date) VALUES ('$row[0]', '$row[1]', '$taxon', '$row[2]', '$row[3]', '$row[4]', '$Date')";
					my $sth2 = $DBconnect->prepare($sql2) or print "prepare error\n";
					$sth2->execute or die "Could not execute SQL statement ... maybe invalid?";
					$sth2->finish;		
				}
				$sth->finish;
			}
		}
		else{
			# Recherche dans Genbank
			#--------------------------
 
			my $info;
 
			eval { $info = $gb->get_Seq_by_acc($acc) };
			if ($@) {
				print "ERREUR : pb accession $acc\n";
			}
			else{
				my $seq = $info->seq();
				my $seq_length = length($seq);
 
				my $organism = "";
				my $taxon = 0;
 
				my @Features = $info->get_SeqFeatures;
				my $FeaturesDNA = $Features[0];
 
 
				foreach my $k (keys %$FeaturesDNA){
 
					if ($k eq "annotation"){ 
 
						my $SousObjet1 = ($FeaturesDNA->{$k});
						my $SousObjet2 = ($SousObjet1->{"_annotation"});
						my $SousObjet3 = ($SousObjet2->{"organism"});
						$organism = ${$SousObjet3}[0];
 
						my $SousObjet4 = ($SousObjet2->{"db_xref"});
						$taxon = ${$SousObjet4}[0];
						$taxon =~ s/\D//g;
						last;
 
					} #if
 
				} # foreach my $k (keys %$FeaturesDNA)
 
				my $sql2 = "INSERT INTO $Table (Organism, Taxon, Accession, Seq_length, Sequence, Date) VALUES ('$organism', '$taxon', '$acc', '$seq_length', '$seq', '$Date')";
				my $sth2 = $DBconnect->prepare($sql2) or print "prepare error\n";
				$sth2->execute or die "Could not execute SQL statement ... maybe invalid?";
				$sth2->finish;	
			}
		}
	} # end if ($exi > 0){
} # fin de  foreach my $acc (@request)
 
 
 
 
# DECONNEXION A LA BASE DE DONNEES
#-----------------------------------
$DBconnect->disconnect();
 
 
print "\n\n\n\n FIN\n\n";
my ($end_hour,$end_min,$end_sec) = Now([+1]);
 
my ($D_y,$D_m,$D_d, $Dh,$Dm,$Ds) =
      Delta_YMDHMS(1, 1, 1, $start_hour, $start_min, $start_sec,
                   1, 1, 1, $end_hour,$end_min,$end_sec);
 
print $Dh." h ".$Dm." min ".$Ds." sec\n";      
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
sub PASS{
        my $password_file = "P:/Perl/InfoPass.txt";
        open (FILE, $password_file)  or die "Can't open file\n";
        my @line = <FILE>;
	close (FILE);
        chomp($line[0]);
        chomp($line[1]);
        return ( $line[0], $line[1]);
}

[djibril]

Ah, je vois qu'il y a déjà quelque chose à améliorer de toute urgence .
Tu n'utilises pas les placeholders SQL. Pas bien. ça va te faire ramer à mort ton script.

Je corrige ton script et te le remets

[djibril]

Voilà ton script corrigé et indenté. Tu peux voir la différence

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#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
use DBI;
use Bio::DB::GenBank;
use Date::Calc qw(:all);
use Time::localtime;
 
my ( $start_hour, $start_min, $start_sec ) = Now( [+1] );
 
my $Depart = ctime();
my $Annee  = localtime->year() + 1900;
my $Mois   = localtime->mon() + 1;
my $Jour   = localtime->mday();
my $Heure  = localtime->hour();
my $Min    = localtime->min();
my $Sec    = localtime->sec();
 
# Date pour MySQL     (date du jour)
my $Date
    = sprintf( "%04d", $Annee ) . "-"
    . sprintf( "%02d", $Mois ) . "-"
    . sprintf( "%02d", $Jour ) . " "
    . sprintf( "%02d", $Heure ) . ":"
    . sprintf( "%02d", $Min ) . ":"
    . sprintf( "%02d", $Sec );
$Date = quotemeta($Date);
 
my $driver   = "mysql";
my $server   = "localhost";
my $database = "Pierre_Alain";
my $url      = "DBI:$driver:$database:$server";
 
my $Table = "samson";
 
my ( $user, $password ) = PASS();
 
my $DBconnect = DBI->connect( $url, $user, $password ) or die "Failure!\n";
 
=header
# efface la table si elle existe déjà
my$sql0="drop table IF exists $Table;";
my$sth0 = $DBconnect->prepare($sql0) or print "prepare error\n";
$sth0->execute or die "Could not execute SQL0 statement ... maybe invalid?";
$sth0->finish;
 
 
# Créer la table
my$sql = "CREATE TABLE $Table  (Accession VARCHAR(30) PRIMARY KEY, Id INT(10), Organism VARCHAR(50), Taxon INT(10), Seq_length SMALLINT(5),  Sequence LONGTEXT, Date DATE) ENGINE = InnoDB;";
my$sth = $DBconnect->prepare($sql) or print "prepare error\n";
$sth->execute or die "Could not execute SQL statement ... maybe invalid?";
$sth->finish;
 
print "\nTABLE $Table cree\n\n\n";
=cut
 
my @request = ( 'DQ094418', 'DQ094419' );
 
print @request . " acc à rechercher\n\n";
 
my $gb = new Bio::DB::GenBank;
 
my $sql0 = "SELECT Id FROM $Table WHERE accession = ? ";
my $sth0 = $DBconnect->prepare($sql0) or print "prepare error\n";
 
# <========== c'est mieux :-)
my $sql = <<"SQL";
    SELECT fungi2.id,                   fungi2.organism, 
           fungi2_accessions.accession, fungi2.seq_length, 
           fungi2.sequence
		FROM fungi2
		LEFT JOIN fungi2_accessions
		USING ( id ) 
		WHERE accession = ?
SQL
my $sth = $DBconnect->prepare($sql) or print "prepare error\n";
 
foreach my $acc (@request) {
 
    # si l'acc est déjà dans Samson, on passe au suivant
    $sth0->execute($acc)
        or die "Could not execute SQL statement ... maybe invalid?";
    my $exi = $sth0->rows;
 
    if ( $exi == 0 ) { next; }    # <========== c'est mieux :-)
 
    # si l'acc est déjà dans Fungi2, on garde le même Id
    # <========== c'est mieux :-)
    $sth->execute($acc)
        or die "Could not execute SQL statement ... maybe invalid?";
    my $num = $sth->rows;
 
    if ( $num > 0 ) {
 
        my $info;
 
        eval { $info = $gb->get_Seq_by_acc($acc) };
        if ($@) {
            print "ERREUR : pb accession $acc\n";
        }
        else {
 
            my $taxon = 0;
 
            my @Features    = $info->get_SeqFeatures;
            my $FeaturesDNA = $Features[0];
 
            foreach my $k ( keys %$FeaturesDNA ) {
 
                if ( $k eq "annotation" ) {
 
                    my $SousObjet1 = ( $FeaturesDNA->{$k} );
                    my $SousObjet2 = ( $SousObjet1->{"_annotation"} );
                    my $SousObjet4 = ( $SousObjet2->{"db_xref"} );
                    $taxon = ${$SousObjet4}[0];
                    $taxon =~ s/\D//g;
                    last;
 
                }    #if
 
            }    # foreach my $k (keys %$FeaturesDNA)
 
            # <========== c'est mieux :-)
            my $sql2 = <<"SQL2";
   INSERT INTO $Table (Id, Organism, Taxon, Accession, Seq_length, Sequence, Date) 
   VALUES (?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)
SQL2
            my $sth2 = $DBconnect->prepare($sql2)
                or print "prepare error\n";
            while ( my @row = $sth->fetchrow_array ) {
 
                $sth2->execute(
                    $row[0], $row[1], $taxon, $row[2],
                    $row[3], $row[4], $Date
                    )
                    or die
                    "Could not execute SQL statement ... maybe invalid?";
                $sth2->finish;
            }
            $sth->finish;
        }
    }
    else {
 
        # Recherche dans Genbank
        #--------------------------
 
        my $info;
 
        eval { $info = $gb->get_Seq_by_acc($acc) };
        if ($@) {
            print "ERREUR : pb accession $acc\n";
        }
        else {
            my $seq        = $info->seq();
            my $seq_length = length($seq);
 
            my $organism = "";
            my $taxon    = 0;
 
            my @Features    = $info->get_SeqFeatures;
            my $FeaturesDNA = $Features[0];
 
            foreach my $k ( keys %$FeaturesDNA ) {
 
                if ( $k eq "annotation" ) {
 
                    my $SousObjet1 = ( $FeaturesDNA->{$k} );
                    my $SousObjet2 = ( $SousObjet1->{"_annotation"} );
                    my $SousObjet3 = ( $SousObjet2->{"organism"} );
                    $organism = ${$SousObjet3}[0];
 
                    my $SousObjet4 = ( $SousObjet2->{"db_xref"} );
                    $taxon = ${$SousObjet4}[0];
                    $taxon =~ s/\D//g;
                    last;
 
                }    #if
 
            }    # foreach my $k (keys %$FeaturesDNA)
            my $sql2 = <<"SQL2";
   INSERT INTO $Table (Organism, Taxon, Accession, Seq_length, Sequence, Date) 
   VALUES ('$organism', '$taxon', '$acc', '$seq_length', '$seq', '$Date')
SQL2
            my $sth2 = $DBconnect->prepare($sql2)
                or print "prepare error\n";
            $sth2->execute
                or die "Could not execute SQL statement ... maybe invalid?";
            $sth2->finish;
        }
    }
}    # fin de  foreach my $acc (@request)
 
# DECONNEXION A LA BASE DE DONNEES
#-----------------------------------
$DBconnect->disconnect();
 
print "\n\n\n\n FIN\n\n";
my ( $end_hour, $end_min, $end_sec ) = Now( [+1] );
 
my ( $D_y, $D_m, $D_d, $Dh, $Dm, $Ds )
    = Delta_YMDHMS( 1, 1, 1, $start_hour, $start_min, $start_sec, 1, 1, 1,
    $end_hour, $end_min, $end_sec );
 
print $Dh. " h " . $Dm . " min " . $Ds . " sec\n";
 
sub PASS {
    my $password_file = "P:/Perl/InfoPass.txt";
    open( FILE, $password_file ) or die "Can't open file\n";
    my @line = <FILE>;
    close(FILE);
    chomp( $line[0] );
    chomp( $line[1] );
    return ( $line[0], $line[1] );
}

[Philou67430]

C'est quoi un placeholder SQL ?

[djibril]

C'est quoi un placeholder SQL ?

Une petite lecture s'impose .
Lorsque tu dois effectuer la même requête SQL dans une boucle dont l'unique modification est dans la clause WHERE par exemple, il est mieux d'éviter de faire un prepare, execute à chaque itération. Perl est dans ce cas obligé de créer la requête et de la préparer à chaque fois. Tu peux donc la préparer une seule fois en dehors de la boucle et ensuite tu l'exécutes en lui donnant en paramétre la valeur de la clause Where. C'est plus performant .