Arbre et fonction récursive

**Jasmine80** · 23/04/2009, 12h55

J'ai un objet Bio::Tree::Node que j'aimerais parcourir de façon récursive.

Code non récursif

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	foreach my $node (@nodes){
 
		if (defined $node->id()){
			print "\tid : ".$node->id()."\n";	
		}
		if (defined $node->branch_length()){
			print "\tbranche length : ".$node->branch_length()."\n";
		}
		if (defined $node->ancestor()){
			print "\tancestor : ".$node->ancestor()."\n";
		}
		if (defined $node->_creation_id()){			
			# a private method signifying the internal creation order
			print "\t_creation_id : ".$node->_creation_id()."\n";
		}
 
 
		my @nodes = $node->get_all_Descendents;
 
		foreach my $n (@nodes){
			if (defined $n->id()){
				print "\tid : ".$n->id()."\n";	
			}
			if (defined $n->branch_length()){
				print "\tbranche length : ".$n->branch_length()."\n";
			}
			if (defined $n->ancestor()){
				print "\tancestor : ".$n->ancestor()."\n";
			}
			if (defined $n->_creation_id()){			
				# a private method signifying the internal creation order
				print "\t_creation_id : ".$n->_creation_id()."\n";
			}
			if (defined $n->get_all_Descendents){			
				my @nodes = $n->get_all_Descendents;
				# ...
			}
		}
 
		print "\n\n";	
 
	}

A chaque fois qu'on s'enfonce plus en profondeur, on décale l'affichage d'une tabulation.

Voici le code que j'ai essayé :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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tree_reader(\@nodes, qq{});
 
 
 
 
 
 
 
 
sub tree_reader {
 
	my $ref_nodes = $_[0];
	my $tree_shift = $_[1];
 
	$tree_shift .= "\t";
 
	my $next_branches;
 
	foreach my $node (@{$ref_nodes}){
 
		if (defined $node->id()){
			print $tree_shift."\tid : ".$node->id()."\n";	
		}
		if (defined $node->branch_length()){
			print $tree_shift."branche length : ".$node->branch_length()."\n";
		}
		if (defined $node->ancestor()){
			print $tree_shift."ancestor : ".$node->ancestor()."\n";
		}
		if (defined $node->_creation_id()){			
			# a private method signifying the internal creation order
			print $tree_shift."_creation_id : ".$node->_creation_id()."\n";
		}
		if (defined $node->get_all_Descendents){
			my @nodes = $node->get_all_Descendents;
			$next_branches = \@nodes;
		}
		print "\n\n";
	}
 
	if (defined $next_branches){
		tree_reader($next_branches, $tree_shift);
	}
}

Voici le contenu du @node de départ

Code :

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$VAR1 = bless( {
                 '_adding_descendent' => 0,
                 '_root_cleanup_methods' => [
                                              sub { "DUMMY" }
                                            ],
                 '_creation_id' => 7,
                 '_id' => 'TRICHOTOMY',
                 '_root_verbose' => 0,
                 '_desc' => {
                              '6' => bless( {
                                              '_ancestor' => $VAR1,
                                              '_id' => 'P11c',
                                              '_desc' => {},
                                              '_root_cleanup_methods' => [
                                                                           $VAR1->{'_root_cleanup_methods'}[0]
                                                                         ],
                                              '_branch_length' => '0.88041',
                                              '_creation_id' => 6,
                                              '_root_verbose' => 0,
                                              '_height' => undef
                                            }, 'Bio::Tree::Node' ),
                              '0' => bless( {
                                              '_ancestor' => $VAR1,
                                              '_id' => 'P3A',
                                              '_desc' => {},
                                              '_root_cleanup_methods' => [
                                                                           $VAR1->{'_root_cleanup_methods'}[0]
                                                                         ],
                                              '_branch_length' => '0.62174',
                                              '_creation_id' => 0,
                                              '_root_verbose' => 0,
                                              '_height' => undef
                                            }, 'Bio::Tree::Node' ),
                              '5' => bless( {
                                              '_ancestor' => $VAR1,
                                              '_id' => '573',
                                              '_desc' => {
                                                           '4' => bless( {
                                                                           '_ancestor' => $VAR1->{'_desc'}{'5'},
                                                                           '_id' => 'P9e',
                                                                           '_desc' => {},
                                                                           '_root_cleanup_methods' => [
                                                                                                        $VAR1->{'_root_cleanup_methods'}[0]
                                                                                                      ],
                                                                           '_branch_length' => '0.62480',
                                                                           '_creation_id' => 4,
                                                                           '_root_verbose' => 0,
                                                                           '_height' => undef
                                                                         }, 'Bio::Tree::Node' ),
                                                           '3' => bless( {
                                                                           '_ancestor' => $VAR1->{'_desc'}{'5'},
                                                                           '_id' => '779',
                                                                           '_desc' => {
                                                                                        '1' => bless( {
                                                                                                        '_ancestor' => $VAR1->{'_desc'}{'5'}{'_desc'}{'3'},
                                                                                                        '_id' => 'P4a',
                                                                                                        '_desc' => {},
                                                                                                        '_root_cleanup_methods' => [
                                                                                                                                     $VAR1->{'_root_cleanup_methods'}[0]
                                                                                                                                   ],
                                                                                                        '_branch_length' => '0.51661',
                                                                                                        '_creation_id' => 1,
                                                                                                        '_root_verbose' => 0,
                                                                                                        '_height' => undef
                                                                                                      }, 'Bio::Tree::Node' ),
                                                                                        '2' => bless( {
                                                                                                        '_ancestor' => $VAR1->{'_desc'}{'5'}{'_desc'}{'3'},
                                                                                                        '_id' => 'P10f',
                                                                                                        '_desc' => {},
                                                                                                        '_root_cleanup_methods' => [
                                                                                                                                     $VAR1->{'_root_cleanup_methods'}[0]
                                                                                                                                   ],
                                                                                                        '_branch_length' => '0.60976',
                                                                                                        '_creation_id' => 2,
                                                                                                        '_root_verbose' => 0,
                                                                                                        '_height' => undef
                                                                                                      }, 'Bio::Tree::Node' )
                                                                                      },
                                                                           '_root_cleanup_methods' => [
                                                                                                        $VAR1->{'_root_cleanup_methods'}[0]
                                                                                                      ],
                                                                           '_adding_descendent' => 0,
                                                                           '_branch_length' => '0.10722',
                                                                           '_creation_id' => 3,
                                                                           '_root_verbose' => 0,
                                                                           '_height' => undef
                                                                         }, 'Bio::Tree::Node' )
                                                         },
                                              '_root_cleanup_methods' => [
                                                                           $VAR1->{'_root_cleanup_methods'}[0]
                                                                         ],
                                              '_adding_descendent' => 0,
                                              '_branch_length' => '0.05625',
                                              '_creation_id' => 5,
                                              '_root_verbose' => 0,
                                              '_height' => undef
                                            }, 'Bio::Tree::Node' )
                            },
                 '_height' => undef
               }, 'Bio::Tree::Node' );

Merci pour votre aide.

**Jasmine80** · 23/04/2009, 13h05

Je viens de me rendre compte que j'ai mal placé l'appel de la fonction

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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sub tree_reader {
 
	my $ref_nodes = $_[0];
	my $tree_shift = $_[1];
 
	$tree_shift .= "\t";
 
	my $next_branches;
 
	foreach my $node (@{$ref_nodes}){
 
		if (defined $node->id()){
			print $tree_shift."id : ".$node->id()."\n";	
		}
		if (defined $node->branch_length()){
			print $tree_shift."branche length : ".$node->branch_length()."\n";
		}
		if (defined $node->ancestor()){
			print $tree_shift."ancestor : ".$node->ancestor()."\n";
		}
		if (defined $node->_creation_id()){			
			# a private method signifying the internal creation order
			print $tree_shift."_creation_id : ".$node->_creation_id()."\n";
		}
		print "\n";
 
		if (defined $node->get_all_Descendents){
			my @nodes = $node->get_all_Descendents;
			tree_reader(\@nodes, $tree_shift);
		}
	}
}

Voici ce qui s'affiche à l'écran

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	id : TRICHOTOMY
	_creation_id : 7
 
		id : P3A
		branche length : 0.62174
		ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2296c1c)
		_creation_id : 0
 
		id : 573
		branche length : 0.05625
		ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2296c1c)
		_creation_id : 5
 
			id : 779
			branche length : 0.10722
			ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2336e08)
			_creation_id : 3
 
				id : P4a
				branche length : 0.51661
				ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2339f78)
				_creation_id : 1
 
				id : P10f
				branche length : 0.60976
				ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2339f78)
				_creation_id : 2
 
			id : P4a
			branche length : 0.51661
			ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2339f78)
			_creation_id : 1
 
			id : P10f
			branche length : 0.60976
			ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2339f78)
			_creation_id : 2
 
			id : P9e
			branche length : 0.62480
			ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2336e08)
			_creation_id : 4
 
		id : 779
		branche length : 0.10722
		ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2336e08)
		_creation_id : 3
 
			id : P4a
			branche length : 0.51661
			ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2339f78)
			_creation_id : 1
 
			id : P10f
			branche length : 0.60976
			ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2339f78)
			_creation_id : 2
 
		id : P4a
		branche length : 0.51661
		ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2339f78)
		_creation_id : 1
 
		id : P10f
		branche length : 0.60976
		ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2339f78)
		_creation_id : 2
 
		id : P9e
		branche length : 0.62480
		ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2336e08)
		_creation_id : 4
 
		id : P11c
		branche length : 0.88041
		ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2296c1c)
		_creation_id : 6
 
	id : P3A
	branche length : 0.62174
	ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2296c1c)
	_creation_id : 0
 
	id : 573
	branche length : 0.05625
	ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2296c1c)
	_creation_id : 5
 
		id : 779
		branche length : 0.10722
		ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2336e08)
		_creation_id : 3
 
			id : P4a
			branche length : 0.51661
			ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2339f78)
			_creation_id : 1
 
			id : P10f
			branche length : 0.60976
			ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2339f78)
			_creation_id : 2
 
		id : P4a
		branche length : 0.51661
		ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2339f78)
		_creation_id : 1
 
		id : P10f
		branche length : 0.60976
		ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2339f78)
		_creation_id : 2
 
		id : P9e
		branche length : 0.62480
		ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2336e08)
		_creation_id : 4
 
	id : 779
	branche length : 0.10722
	ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2336e08)
	_creation_id : 3
 
		id : P4a
		branche length : 0.51661
		ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2339f78)
		_creation_id : 1
 
		id : P10f
		branche length : 0.60976
		ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2339f78)
		_creation_id : 2
 
	id : P4a
	branche length : 0.51661
	ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2339f78)
	_creation_id : 1
 
	id : P10f
	branche length : 0.60976
	ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2339f78)
	_creation_id : 2
 
	id : P9e
	branche length : 0.62480
	ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2336e08)
	_creation_id : 4
 
	id : P11c
	branche length : 0.88041
	ancestor : Bio::Tree::Node=HASH(0x2296c1c)
	_creation_id : 6

... il y a beaucoup trop de valeurs

**Jasmine80** · 23/04/2009, 13h14

get_all_Descendents

Title : get_all_Descendents
Usage : my @nodes = $node->get_all_Descendents;
Function: Recursively fetch all the nodes and their descendents
*NOTE* This is different from each_Descendent
Returns : Array or Bio::Tree::NodeI objects
Args : none

Quand j'utilise la fonction get_all_Descendents, cela me donne accès à un nouvel objet Bio::Tree::Node, d'où les nouvelles valeurs n'apparaissant pas auparavant.
Comment puis-je m'assurer que l'entièreté des données est bien parcourue?
Si get_all_Descendents renvoie un array, comment récupérer ses valeurs?

Merci,

**Jasmine80** · 23/04/2009, 13h32

J'aimerais simplement récupérer les données de @nodes de départ. Ce que je dois récupérer récursivement correspond à '_desc' la fonction get_all_Descendents ne semble pas récupérer son contenu et aucune méthode desc ou _desc ne fonctionne. La méthode description ne renvoie pas non plus les sous-groupes.

**Jasmine80** · 23/04/2009, 15h31

J'ai trouvé la solution, au cas où ça pourrait aider quelqu'un :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	# chaque valeur est un objet Bio::Tree::Node
	my @nodes = $tree->get_nodes;
	my @sub_nodes = $nodes[0]->each_Descendent;
	tree_reader(\@sub_nodes, qq{});
 
sub tree_reader {
 
	my $ref_nodes = $_[0];
	my $tree_shift = $_[1];
 
	$tree_shift .= "\t";
 
	my $next_branches;
 
	foreach my $node (@{$ref_nodes}){
 
		if (defined $node->id()){
			print $tree_shift."id : ".$node->id()."\n";	
		}
		if (defined $node->branch_length()){
			print $tree_shift."branche length : ".$node->branch_length()."\n";
		}
 
		if (defined $node->_creation_id()){			
			# a private method signifying the internal creation order
			print $tree_shift."_creation_id : ".$node->_creation_id()."\n";
		}
		print "\n";
 
		if (defined $node->each_Descendent){
			my @nodes = $node->each_Descendent;
			tree_reader(\@nodes, $tree_shift);
		}
	}
}

Résultat

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	id : TRICHOTOMY
	_creation_id : 7
 
		id : P3A
		branche length : 0.62174
		_creation_id : 0
 
		id : 573
		branche length : 0.05625
		_creation_id : 5
 
			id : 779
			branche length : 0.10722
			_creation_id : 3
 
				id : P4a
				branche length : 0.51661
				_creation_id : 1
 
				id : P10f
				branche length : 0.60976
				_creation_id : 2
 
			id : P9e
			branche length : 0.62480
			_creation_id : 4
 
		id : P11c
		branche length : 0.88041
		_creation_id : 6

je suis contente, c'est la première fonction récursive que j'arrive à créer

Arbre et fonction récursive

Langage Perl

Vue hybride

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