Discussion :

[murielgb38]

Bonjour!

Je suis nouvelle sur le forum, je fais un stage de paléogénétique et j'aimerais beaucoup faire un programme sur R me permettant d'étudier mes séquences d'adn:
- enlever la séquence du plasmide qui entoure la séquence qui m'intéresse
- enlever mes primers de PCR

Mais avant de faire tout ca, je cherche un package permettant de faire la séquence complémentaire à une séquence d'adn donné.
C'est certainement programmable, mais je pense que ca existe déjà alors pourquoi s'embéter?!!

Merci d'avance pour votre réponse et bon dimanche!

Muriel

[hoccha]

Bonjour et bienvenue

Je n'ai aucune expérience en analyse de données biologique/ADN. Mais j'ai entendu parler du projet bioconductor qui est peut-être une première piste d'investigation.

http://www.bioconductor.org/

[murielgb38]

Merci beaucoup pour cette réponse!

Pour info, il faut aller sur le site BioConductor et télécharger les packages:
- Biobase
- Affy
- Matchprobes

Ensuite, il y a une fonction pour obtenir la séquence complémentaire (complementSeq) et une fonction pour avoir la séquence reverse (reverseSeq).



Maintenant, j'ai une autre question!!

Je crée ma séquence :
seq<-("accgggcatcg")

Comment lui dire de chercher au sein de "seq" l'occurence "gggc"?
Et ensuite de me supprimer dans "seq" tout ce qui est avant cette occurence, occurence comprise, pour n'avoir plus que "atcg"?

Ce doit encore être une fonction toute bête mais je ne la connais pas et je n'arrive pas à la trouver...

D'ailleurs si vous avez des liens vers des docs d'aide R, à part les plus connus, je suis preneuse!!!

Merci d'ava,ce!

Muriel

[ced]

Bonjour,

Par exemple, tu peux utiliser la fonction strsplit (qui renvoie une liste, donc qui nécessite d'utiliser la fonction unlist), et de récupérer le deuxième élément du vecteur ainsi obtenu :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

seq2 <- unlist(strsplit(seq, "gggc"))[2]

Et pour la documentation, personnellement, je te recommande au moins la R Reference Card (à toujours avoir à portée de la main ).

ced