Reg Exp et performance

**Jasmine80** · 23/03/2009, 10h13

Je ne sais pas quelle est la meilleure façon des 2 de procéder. Quand on hésite entre 2 façon de coder, comment estimer la meilleure?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
my $pcr_template = 'AAACATGCCACATCATAACTTTAAGGTGTAATGGTTAATGATAAAGTATTAGAAACATCGAAAGAGATGTATGTTGAGCAAAAATGTCTGATATTTTATAAAACTTTAAAGGAAAATGTTTGAGTGTACCAGTTGGAATACTAAAGGATTACAACAAGTTAAAGGAGAGAAAGTTATGTCAGAAGAAATGAATGACCAAATGTTGGTTCGACGTCAAAAATTACAAGAATTATATGATCTTGGTATAGACCCGTTTGGTTCTAAATTTGACCGTTCAGGTTTATCTAGTGATTTGAAAGAAGAGTGGGACCAGTATTCTAAAGAAGAATTGGTAGAAAAAGAAGCGGATAGTCATGTCGCTATAGCTGGACGATTAATGACTAAGCGTGGTAAAGGTAAAGCAGGATTTGCACACGTTCAGGACTTAGCTGGACAAATTCAAATTTACGTTCGTAAAGATCAAGTTGGCGATGACGAATTTGATTTATGGAAAAATGCTGATTTAGGCGATATCGTTGGTGTTGAAGGTGTAATGTTCAAAACAAATACTGGCGAATTATCGGTTAAAGCGAAGAAATTCACGCTACTAACTAAATCATTGCGACCATTACCGGATAAATTCCACGGTTTACAGGATATTGAACAGAGATATCGTCAAAGATATTTAGATTTAATTACGAACGAAGATAGCACTCGTACATTTATTAATCGTAGTAAAATCATTCAAGAAATGCGTAATTATTTAAATAATAAAGGTTTCTTGGAAGTAGAAACACCTATGATGCACCAAATTGCTGGTGGAGCAGCTGCTAGACCATTTGTAACACATCATAATGCATTAGATGCAACGTTATACATGCGTATTGCTATTGAGTTGCATTTAAAACGTTTAATTGTCGGTGGACTTGAAAAAGTATATGAAATTGGTAGAGTATTCCGTAATGAAGGTGTATCAACTAGACATAACCCTGAATTCACAATGATTGAATTATATGAAGCATATGCAGATTATCATGACATTATGGATTTAACAGAATCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATTGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAACGTAAAGCTTTAGCTAAAGAACATGGTATTGAAATTAAAGATACAATGAAATATGGTCATATTTTAAATGAATTCTTTGAGCAAAAAGTTGAAGAAACACTTATTCAGCCAACGTTTATCTATGGTCATCCGACTGAAATTTCACCTTTAGCGAAGAAAAATCCTGAAGATCCTAGATTTACTGATCGTTTCGAATTGTTCATTGTAGGTAGAGAGCATGCAAATCGATTTACTGAATTAAATGATCCTATTGATCAAAAAGGTCGTTTTGAAGCGCAACTTGTTGAAAAAGCGCAAGGTAATGATGAAGCGCATGAAATGGATGAAGATTACATTGAAGCGTTAGAATATGGTATGCCTCCGACAGGTGGTCTTGGTATCGGTATTGACAGATTGGTTATGTTATTAACTGACTCTCCATCAATCAGAGACGTATTATTATTCCCTTATATGAGACAAAAATAAATGACGTTGATTGTTAGTAAGAGCTCTCGTGTATACAACATGTGTATGCGAGGGCTTTCTTAATTATGGTAATTAGTTCGTGTTTGAATGTTTTTGATAGTAATAGTTAACGATAGTGGTGCTATTTTTGACTGTTAAACAAGGTAGTTGGCTGATAGATGAAAATGACGATACGTATATAGAGTAGTTCGGATGAGAAATGTTAACGATAGACATTGAGATATCTTATAACAAAAATTGCTATATTAGTATAATTTATCTTAATCAGCTATAAAAGTACTTTAAAATTGTATAGAATGTGTATGGTTTTGTACATATGTATATGATAGAATACTAAAAGTGTTATGAATTAGAGGGCACGAGAAATGTCAGTTTTGAAGAATAAAAAAGTTGATTAAAAGTGTTGACTTTATCAATTGAATGAAGTAATATATAAAAGTCGTCAAAAACAGACGAAACACACTAAAAGCTGATGTGACAAAGTTTACATCAAAGTGTAAAATTAACTATTGCACCTTATTAATTAAGCGTGTATCATGAATAAGTAAGTTATTTTGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAATGACAAATCGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAACCCGTCATTCTCCACCATTTATTCTTAGATATAGCCGGCCTAGCTCAATTGGTAGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTTGGGGGTTCAAGTCCTCTGGCCGGCACCATCTTTTGAGCCATTAGCTCAGCTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGGGTCAGAGGTTCGAATCCTCTATGGCTCATTACATTTAATTTTTATATTTAGCAAAATAATGCAGAAGTAGTTCAGCGGTAGAATACAACCTTGCCAAGGTTGGGGTCGCGGGTTCGAATCCCGTCTTCTGCTCCATTATTTTGCCGGGGTGGCGGAACTGGCAGACGCACAGGACTTAAAATCCTGCGGTGAGAGATCACCGTACCGGTTCGATTCCGGTCCTCGGCACCATTTTAGCGCCCGTAGCTCAATTGGATAGAGCGTTTGACTACGGATCAAGAGGTTATGGGTTCGACTCCTATCGGGCGCGCCATTTTTAAATTAATTGAATAACGGGAAGTAGCTCAGCTTGGTAGAGCACTTGGTTTGGGACCAAGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGATTACTTCTTAAATTCCATTTTATGGGGGCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGTCTCCACCATTTATTTTTTACACGATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTGTTATTAGGGAAGAACATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGGACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGTTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACATCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAATACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTCAAGCAAATCCCATAAAGTTGTTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGCATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGCCGGTGGAGTAACCTTTTAGGAGCCAGCCGTCGAAGGTGGGACAAATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAAAAAATGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTAGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTTAGGCCCACCATTATTTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATA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CCGTCGAAGGTGGGACAAATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGATATATCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAATGTGACATATTGTATCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAGTGTTCGAAAGAACATCACAAGATTAATAACGCGTTTCCTGTAGGATGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGCATGAGTTATGTCATGTTATCGATATGTGAATACATAGCATATCAGAAGGCACACCCGGAGAACTGAAACATCTTAGTACCCGGAGGAAGAGAAAGAAAATTCGATTCCCTTAGTAGCGGCGAGCGAAACGGGAAGAGCCCAAACCAACAAGCTTGCTTGTTGGGGTTGTAGGACACTCTATACGGAGTTACAAAGGACGACATTAGACGAATCATCTGGAAAGATGAATCAAAGAAGGTAATAATCCTGTAGTCGAAAATGTTGTCTCTCTTGAGTGGATCCTGAGTACGACGGAGCACGTGAAATTCCGTCGGAATCTGGGAGGACCATCTCCTAAGGCTAAATACTCTCTAGTGACCGATAGTGAACCAGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAAAGCACCCCGGAAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCGTGTGCTTACAAGTAGTCAGAGCCCGTTAATGGGTGATGGCGTGCCTTTTGTAGAATGAACCGGCGAGTTACGATTTGATGCAAGGTTAAGCAGTAAATGTGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTCTGAATAGGGCGTTTAGTATTTGGTCGTAGACCCGAAACCAGGTGATCTACCCTTGGTCAGGTTGAAGTTCAGGTAACACTGAATGGAGGACCGAACCGACTTACGTTGAAAAGTGAGCGGATGAACTGAGGGTAGCGGAGAAATTCCAATCGAACCTGGAGATAGCTGGTTCTCTCCGAAATAGCTTTAGGGCTAGCCTCAAGTGATGATTATTGGAGGTAGAGCACTGTTTGGACGAGGGGCCCCTCTCGGGTTACCGAATTCAGACAAACTCCGAATGCCAATTAATTTAACTTGGGAGTCAGAACATGGGTGATAAGGTCCGTGTTCGAAAGGGAAACAGCCCAGACCACCAGCTAAGGTCCCAAAATATATGTTAAGTGGAAAAGGATGTGGCGTTGCCCAGACAACTAGGATGTTGGCTTAGAAGCAGCCATCATTTAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTAGTCGAGTGACACTGCGCCGAAAATGTACCGGGGCTAAACATATTACCGAAGCTGTGGATTGTCCTTTGGACAATGGTAGGAGAGCGTTCTAAGGGCGTTGAAGCATGATCGTAAGGACATGTGGAGCGCTTAGAAGTGAGAATGCCGGTGTGAGTAGCGAAAGACGGGTGAGAATCCCGTCCACCGATTGACTAAGGTTTCCAGAGGAAGGCTCGTCCGCTCTGGGTTAGTCGGGTCCTAAGCTGAGGCCGACAGGCGTAGGCGATGGATAACAGGTTGATATTCCTGTACCACCTATAATCGTTTTAATCGATGGGGGGACGCAGTAGGATAGGCGAAGCGTGCGATTGGATTGCACGTCTAAGCAGTAAGGCTGAGTATTAGGCAAATCCGGTACTCGTTAAGGCTGAGCTGTGATGGGGAGAAGACATTGTGTCTTCGAGTCGTTGATTTCACACTGCCGAGAAAAGCCTCTAGATAGAAAATAGGTGCCCGTACCGCAAACCGACACAGGTAGTCAAGATGAGAATTCTAAGGTGAGCGAGCGAACTCTCGTTAAGGAACTCGGCAAAATGACCCCGTAACTTCGGGAGAAGGGGTGCTCTTTAGGGTTAACGCCCAGAAGAGCCGCAGTGAATAGGCCCAAGCGACTGTTTATCAAAAACACAGGTCTCTGCTAAACCGTAAGGTGATGTATAGGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGAGGAGTGGTTAGCTTCTGCGAAGCTACGAATCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTAACGATTTGGGCACTGTCTCAACGAGAGACTCGGTGAAATCATAGTACCTGTGAAGATGCAGGTTACCCGCGACAGGACGGAAAGACCCCGTGGAGCTTTACTGTAGCCTGATATTGAAATTCGGCACAGCTTGTACAGGATAGGTAGGAGCCTTTGAAACGTGAGCGCTAGCTTACGTGGAGGCGCTGGTGGGATACTACCCTAGCTGTGTTGGCTTTCTAACCCGCACCACTTATCGTGGTGGGAGACAGTGTCAGGCGGGCAGTTTGACTGGGGCGGTCGCCTCCTAAAAGGTAACGGAGGCGCTCAAAGGTTCCCTCAGAATGGTTGGAAATCATTCATAGAGTGTAAAGGCATAAGGGAGCTTGACTGCGAGACCTACAAGTCGAGCAGGGTCGAAAGACGGACTTAGTGATCCGGTGGTTCCGCATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGCTACCCCGGGGATAACAGGCTTATCTCCCCCAAGAGTTCACATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCGCATCCTGGGGCTGTAGTCGGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGCGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCCGTCGTGGGCGTAGGAAATTTGAGAGGAGCTGTCCTTAGTACGAGAGGACCGGGATGGACATACCTCTGGTGTACCAGTTGTCGTGCCAACGGCATAGCTGGGTAGCTATGTGTGGACGGGATAAGTGCTGAAAGCATCTAAGCATGAAGCCCCCCTCAAGATGAGATTTCCCAACTTCGGTTATAAGATC';
 
# amorces sens dans le sens 5' -> 3'
my $for = 'AAABATGCCMCATCATAACTTKAAGGTGT';
 
my %correspondances = (
            'R' => ['A', 'G'],
            'K' => ['G', 'T'],
            'S' => ['C', 'G'],
            'W' => ['A', 'T'],
            'M' => ['A', 'C'],
            'Y' => ['C', 'T'],
            'D' => ['A', 'G', 'T'],
            'V' => ['A', 'C', 'G'],
            'B' => ['C', 'G', 'T'],
            'H' => ['A', 'C', 'T'],
            'N' => ['A', 'C', 'G', 'T'],
);
 
 
my $for_rx;
my @for_nuc = split //, $for;
foreach my $nuc (@for_nuc){
	if (exists $correspondances{$nuc}){
		$for_rx .= '[';
		map {$for_rx .= $_} @{$correspondances{$nuc}};
		$for_rx .= ']';
	}
	else{
		$for_rx .= $nuc;
	}
}
print $for_rx."\n";
# AAA[CGT]ATGCC[AC]CATCATAACTT[GT]AAGGTGT
 
if ($pcr_template =~ m/$for_rx/){
	print "for primer matches\n";
}

ou d'utiliser

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use strict;
use warnings;
 
# module permettant de créer la liste correspondante
use Bio::Seq;
use Bio::Tools::IUPAC;
 
 
my $pcr_template = 'AAACATGCCACATCATAACTTTAAGGTGTAATGGTTAATGATAAAGTATTAGAAACATCGAAAGAGATGTATGTTGAGCAAAAATGTCTGATATTTTATAAAACTTTAAAGGAAAATGTTTGAGTGTACCAGTTGGAATACTAAAGGATTACAACAAGTTAAAGGAGAGAAAGTTATGTCAGAAGAAATGAATGACCAAATGTTGGTTCGACGTCAAAAATTACAAGAATTATATGATCTTGGTATAGACCCGTTTGGTTCTAAATTTGACCGTTCAGGTTTATCTAGTGATTTGAAAGAAGAGTGGGACCAGTATTCTAAAGAAGAATTGGTAGAAAAAGAAGCGGATAGTCATGTCGCTATAGCTGGACGATTAATGACTAAGCGTGGTAAAGGTAAAGCAGGATTTGCACACGTTCAGGACTTAGCTGGACAAATTCAAATTTACGTTCGTAAAGATCAAGTTGGCGATGACGAATTTGATTTATGGAAAAATGCTGATTTAGGCGATATCGTTGGTGTTGAAGGTGTAATGTTCAAAACAAATACTGGCGAATTATCGGTTAAAGCGAAGAAATTCACGCTACTAACTAAATCATTGCGACCATTACCGGATAAATTCCACGGTTTACAGGATATTGAACAGAGATATCGTCAAAGATATTTAGATTTAATTACGAACGAAGATAGCACTCGTACATTTATTAATCGTAGTAAAATCATTCAAGAAATGCGTAATTATTTAAATAATAAAGGTTTCTTGGAAGTAGAAACACCTATGATGCACCAAATTGCTGGTGGAGCAGCTGCTAGACCATTTGTAACACATCATAATGCATTAGATGCAACGTTATACATGCGTATTGCTATTGAGTTGCATTTAAAACGTTTAATTGTCGGTGGACTTGAAAAAGTATATGAAATTGGTAGAGTATTCCGTAATGAAGGTGTATCAACTAGACATAACCCTGAATTCACAATGATTGAATTATATGAAGCATATGCAGATTATCATGACATTATGGATTTAACAGAATCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATTGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAACGTAAAGCTTTAGCTAAAGAACATGGTATTGAAATTAAAGATACAATGAAATATGGTCATATTTTAAATGAATTCTTTGAGCAAAAAGTTGAAGAAACACTTATTCAGCCAACGTTTATCTATGGTCATCCGACTGAAATTTCACCTTTAGCGAAGAAAAATCCTGAAGATCCTAGATTTACTGATCGTTTCGAATTGTTCATTGTAGGTAGAGAGCATGCAAATCGATTTACTGAATTAAATGATCCTATTGATCAAAAAGGTCGTTTTGAAGCGCAACTTGTTGAAAAAGCGCAAGGTAATGATGAAGCGCATGAAATGGATGAAGATTACATTGAAGCGTTAGAATATGGTATGCCTCCGACAGGTGGTCTTGGTATCGGTATTGACAGATTGGTTATGTTATTAACTGACTCTCCATCAATCAGAGACGTATTATTATTCCCTTATATGAGACAAAAATAAATGACGTTGATTGTTAGTAAGAGCTCTCGTGTATACAACATGTGTATGCGAGGGCTTTCTTAATTATGGTAATTAGTTCGTGTTTGAATGTTTTTGATAGTAATAGTTAACGATAGTGGTGCTATTTTTGACTGTTAAACAAGGTAGTTGGCTGATAGATGAAAATGACGATACGTATATAGAGTAGTTCGGATGAGAAATGTTAACGATAGACATTGAGATATCTTATAACAAAAATTGCTATATTAGTATAATTTATCTTAATCAGCTATAAAAGTACTTTAAAATTGTATAGAATGTGTATGGTTTTGTACATATGTATATGATAGAATACTAAAAGTGTTATGAATTAGAGGGCACGAGAAATGTCAGTTTTGAAGAATAAAAAAGTTGATTAAAAGTGTTGACTTTATCAATTGAATGAAGTAATATATAAAAGTCGTCAAAAACAGACGAAACACACTAAAAGCTGATGTGACAAAGTTTACATCAAAGTGTAAAATTAACTATTGCACCTTATTAATTAAGCGTGTATCATGAATAAGTAAGTTATTTTGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAATGACAAATCGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAACCCGTCATTCTCCACCATTTATTCTTAGATATAGCCGGCCTAGCTCAATTGGTAGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTTGGGGGTTCAAGTCCTCTGGCCGGCACCATCTTTTGAGCCATTAGCTCAGCTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGGGTCAGAGGTTCGAATCCTCTATGGCTCATTACATTTAATTTTTATATTTAGCAAAATAATGCAGAAGTAGTTCAGCGGTAGAATACAACCTTGCCAAGGTTGGGGTCGCGGGTTCGAATCCCGTCTTCTGCTCCATTATTTTGCCGGGGTGGCGGAACTGGCAGACGCACAGGACTTAAAATCCTGCGGTGAGAGATCACCGTACCGGTTCGATTCCGGTCCTCGGCACCATTTTAGCGCCCGTAGCTCAATTGGATAGAGCGTTTGACTACGGATCAAGAGGTTATGGGTTCGACTCCTATCGGGCGCGCCATTTTTAAATTAATTGAATAACGGGAAGTAGCTCAGCTTGGTAGAGCACTTGGTTTGGGACCAAGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGATTACTTCTTAAATTCCATTTTATGGGGGCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGTCTCCACCATTTATTTTTTACACGATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTGTTATTAGGGAAGAACATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGGACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGTTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACATCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAATACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTCAAGCAAATCCCATAAAGTTGTTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGCATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGCCGGTGGAGTAACCTTTTAGGAGCCAGCCGTCGAAGGTGGGACAAATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAAAAAATGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTAGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTTAGGCCCACCATTATTTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAGTGTTCGAAAGAACCATCACAAGATTAATAACGCGTTTAAATCTTTTTATAAAAGAAAACGTTTAGCAGACAATGAGTTAAATTATTTTAAAGCAGAGTTTACTTATGTAAATGAGCATTTAAAATAATGAAAACGAAGCCGTATGTGAGCGTTTGACTTATAAAAATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGCATGAGTTATGTCATGTTATCGATATGTGAATACATAGCATATCAGAAGGCACACCCGGAGAACTGAAACATCTTAGTACCCGGAGGAAGAGAAAGAAAATTCGATTCCCTTAGTAGCGGCGAGCGAAACGGGAAGAGCCCAAACCAACAAGCTTGCTTGTTGGGGTTGTAGGACACTCTATACGGAGTTACAAAGGACGACATTAGACGAATCATCTGGAAAGATGAATCAAAGAAGGTAATAATCCTGTAGTCGAAAATGTTGTCTCTCTTGAGTGGATCCTGAGTACGACGGAGCACGTGAAATTCCGTCGGAATCTGGGAGGACCATCTCCTAAGGCTAAATACTCTCTAGTGACCGATAGTGAACCAGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAAAGCACCCCGGAAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCGTGTGCTTACAAGTAGTCAGAGCCCGTTAATGGGTGATGGCGTGCCTTTTGTAGAATGAACCGGCGAGTTACGATTTGATGCAAGGTTAAGCAGTAAATGTGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTCTGAATAGGGCGTTTAGTATTTGGTCGTAGACCCGAAACCAGGTGATCTACCCTTGGTCAGGTTGAAGTTCAGGTAACACTGAATGGAGGACCGAACCGACTTACGTTGAAAAGTGAGCGGATGAACTGAGGGTAGCGGAGAAATTCCAATCGAACCTGGAGATAGCTGGTTCTCTCCGAAATAGCTTTAGGGCTAGCCTCAAGTGATGATTATTGGAGGTAGAGCACTGTTTGGACGAGGGGCCCCTCTCGGGTTACCGAATTCAGACAAACTCCGAATGCCAATTAATTTAACTTGGGAGTCAGAACATGGGTGATAAGGTCCGTGTTCGAAAGGGAAACAGCCCAGACCACCAGCTAAGGTCCCAAAATATATGTTAAGTGGAAAAGGATGTGGCGTTGCCCAGACAACTAGGATGTTGGCTTAGAAGCAGCCATCATTTAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTAGTCGAGTGACACTGCGCCGAAAATGTACCGGGGCTAAACATATTACCGAAGCTGTGGATTGTCCTTTGGACAATGGTAGGAGAGCGTTCTAAGGGCGTTGAAGCATGATCGTAAGGACATGTGGAGCGCTTAGAAGTGAGAATGCCGGTGTGAGTAGCGAAAGACGGGTGAGAATCCCGTCCACCGATTGACTAAGGTTTCCAGAGGAAGGCTCGTCCGCTCTGGGTTAGTCGGGTCCTAAGCTGAGGCCGACAGGCGTAGGCGATGGATAACAGGTTGATATTCCTGTACCACCTATAATCGTTTTAATCGATGGGGGGACGCAGTAGGATAGGCGAAGCGTGCGATTGGATTGCACGTCTAAGCAGTAAGGCTGAGTATTAGGCAAATCCGGTACTCGTTAAGGCTGAGCTGTGATGGGGAGAAGACATTGTGTCTTCGAGTCGTTGATTTCACACTGCCGAGAAAAGCCTCTAGATAGAAAATAGGTGCCCGTACCGCAAACCGACACAGGTAGTCAAGATGAGAATTCTAAGGTGAGCGAGCGAACTCTCGTTAAGGAACTCGGCAAAATGACCCCGTAACTTCGGGAGAAGGGGTGCTCTTTAGGGTTAACGCCCAGAAGAGCCGCAGTGAATAGGCCCAAGCGACTGTTTATCAAAAACACAGGTCTCTGCTAAACCGTAAGGTGATGTATAGGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGAGGAGTGGTTAGCTTCTGCGAAGCTACGAATCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTAACGATTTGGGCACTGTCTCAACGAGAGACTCGGTGAAATCATAGTACCTGTGAAGATGCAGGTTACCCGCGACAGGACGGAAAGACCCCGTGGAGCTTTACTGTAGCCTGATATTGAAATTCGGCACAGCTTGTACAGGATAGGTAGGAGCCTTTGAAACGTGAGCGCTAGCTTACGTGGAGGCGCTGGTGGGATACTACCCTAGCTGTGTTGGCTTTCTAACCCGCACCACTTATCGTGGTGGGAGACAGTGTCAGGCGGGCAGTTTGACTGGGGCGGTCGCCTCCTAAAAGGTAACGGAGGCGCTCAAAGGTTCCCTCAGAATGGTTGGAAATCATTCATAGAGTGTAAAGGCATAAGGGAGCTTGACTGCGAGACCTACAAGTCGAGCAGGGTCGAAAGACGGACTTAGTGATCCGGTGGTTCCGCATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGCTACCCCGGGGATAACAGGCTTATCTCCCCCAAGAGTTCACATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCGCATCCTGGGGCTGTAGTCGGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGCGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCCGTCGTGGGCGTAGGAAATTTGAGAGGAGCTGTCCTTAGTACGAGAGGACCGGGATGGACATACCTCTGGTGTACCAGTTGTCGTGCCAACGGCATAGCTGGGTAGCTATGTGTGGACGGGATAAGTGCTGAAAGCATCTAAGCATGAAGCCCCCCTCAAGATGAGATTTCCCAACTTCGGTTATAAGATCCCTCAAAGATGATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAGGGCTTAACCAAAATAAATGTTTTGCGAAGCAAAATCACTTTTACTTACTATCTAGTTTTGAATGTATAAATTACATTCATATGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAGTTTTTTAATCAATTTTGGTTAAAAAATAAAATGGACAAGATAAAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTGTTATTAGGGAAGAACATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGGACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGTTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACATCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAATACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTCAAGCAAATCCCATAAAGTTGTTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGCATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGCCGGTGGAGTAACCTTTTAGGAGCCAGCCGTCGAAGGTGGGACAAATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGATATATCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAATGTGACATATTGTATCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAGTGTTCGAAAGAACATCACAAGATTAATAACGCGTTTCCTGTAGGATGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGCATGAGTTATGTCATGTTATCGATATGTGAATACATAGCATATCAGAAGGCACACCCGGAGAACTGAAACATCTTAGTACCCGGAGGAAGAGAAAGAAAATTCGATTCCCTTAGTAGCGGCGAGCGAAACGGGAAGAGCCCAAACCAACAAGCTTGCTTGTTGGGGTTGTAGGACACTCTATACGGAGTTACAAAGGACGACATTAGACGAATCATCTGGAAAGATGAATCAAAGAAGGTAATAATCCTGTAGTCGAAAATGTTGTCTCTCTTGAGTGGATCCTGAGTACGACGGAGCACGTGAAATTCCGTCGGAATCTGGGAGGACCATCTCCTAAGGCTAAATACTCTCTAGTGACCGATAGTGAACCAGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAAAGCACCCCGGAAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCGTGTGCTTACAAGTAGTCAGAGCCCGTTAATGGGTGATGGCGTGCCTTTTGTAGAATGAACCGGCGAGTTACGATTTGATGCAAGGTTAAGCAGTAAATGTGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTCTGAATAGGGCGTTTAGTATTTGGTCGTAGACCCGAAACCAGGTGATCTACCCTTGGTCAGGTTGAAGTTCAGGTAACACTGAATGGAGGACCGAACCGACTTACGTTGAAAAGTGAGCGGATGAACTGAGGGTAGCGGAGAAATTCCAATCGAACCTGGAGATAGCTGGTTCTCTCCGAAATAGCTTTAGGGCTAGCCTCAAGTGATGATTATTGGAGGTAGAGCACTGTTTGGACGAGGGGCCCCTCTCGGGTTACCGAATTCAGACAAACTCCGAATGCCAATTAATTTAACTTGGGAGTCAGAACATGGGTGATAAGGTCCGTGTTCGAAAGGGAAACAGCCCAGACCACCAGCTAAGGTCCCAAAATATATGTTAAGTGGAAAAGGATGTGGCGTTGCCCAGACAACTAGGATGTTGGCTTAGAAGCAGCCATCATTTAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTAGTCGAGTGACACTGCGCCGAAAATGTACCGGGGCTAAACATATTACCGAAGCTGTGGATTGTCCTTTGGACAATGGTAGGAGAGCGTTCTAAGGGCGTTGAAGCATGATCGTAAGGACATGTGGAGCGCTTAGAAGTGAGAATGCCGGTGTGAGTAGCGAAAGACGGGTGAGAATCCCGTCCACCGATTGACTAAGGTTTCCAGAGGAAGGCTCGTCCGCTCTGGGTTAGTCGGGTCCTAAGCTGAGGCCGACAGGCGTAGGCGATGGATAACAGGTTGATATTCCTGTACCACCTATAATCGTTTTAATCGATGGGGGGACGCAGTAGGATAGGCGAAGCGTGCGATTGGATTGCACGTCTAAGCAGTAAGGCTGAGTATTAGGCAAATCCGGTACTCGTTAAGGCTGAGCTGTGATGGGGAGAAGACATTGTGTCTTCGAGTCGTTGATTTCACACTGCCGAGAAAAGCCTCTAGATAGAAAATAGGTGCCCGTACCGCAAACCGACACAGGTAGTCAAGATGAGAATTCTAAGGTGAGCGAGCGAACTCTCGTTAAGGAACTCGGCAAAATGACCCCGTAACTTCGGGAGAAGGGGTGCTCTTTAGGGTTAACGCCCAGAAGAGCCGCAGTGAATAGGCCCAAGCGACTGTTTATCAAAAACACAGGTCTCTGCTAAACCGTAAGGTGATGTATAGGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGAGGAGTGGTTAGCTTCTGCGAAGCTACGAATCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTAACGATTTGGGCACTGTCTCAACGAGAGACTCGGTGAAATCATAGTACCTGTGAAGATGCAGGTTACCCGCGACAGGACGGAAAGACCCCGTGGAGCTTTACTGTAGCCTGATATTGAAATTCGGCACAGCTTGTACAGGATAGGTAGGAGCCTTTGAAACGTGAGCGCTAGCTTACGTGGAGGCGCTGGTGGGATACTACCCTAGCTGTGTTGGCTTTCTAACCCGCACCACTTATCGTGGTGGGAGACAGTGTCAGGCGGGCAGTTTGACTGGGGCGGTCGCCTCCTAAAAGGTAACGGAGGCGCTCAAAGGTTCCCTCAGAATGGTTGGAAATCATTCATAGAGTGTAAAGGCATAAGGGAGCTTGACTGCGAGACCTACAAGTCGAGCAGGGTCGAAAGACGGACTTAGTGATCCGGTGGTTCCGCATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGCTACCCCGGGGATAACAGGCTTATCTCCCCCAAGAGTTCACATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCGCATCCTGGGGCTGTAGTCGGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGCGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCCGTCGTGGGCGTAGGAAATTTGAGAGGAGCTGTCCTTAGTACGAGAGGACCGGGATGGACATACCTCTGGTGTACCAGTTGTCGTGCCAACGGCATAGCTGGGTAGCTATGTGTGGACGGGATAAGTGCTGAAAGCATCTAAGCATGAAGCCCCCCTCAAGATGAGATTTCCCAACTTCGGTTATAAGATC';
 
# amorces sens dans le sens 5' -> 3'
my $for = 'AAABATGCCMCATCATAACTTKAAGGTGT';
 
# recherche des amorces correspondantes
my $for_ambiseq = Bio::Seq->new(-seq => $for, -alphabet => 'dna');
my $for_stream  = Bio::Tools::IUPAC->new(-seq => $for_ambiseq );
 
# liste contenant les amorces correspondantes
my @for_list;
 
while (my $uniqueseq = $for_stream->next_seq()) {
	push (@for_list, $uniqueseq->seq);
}
 
# ExpReg de l'amorce for
my $for_rx = join '|', map {quotemeta $_} @for_list;
 
print $for_rx."\n";
# AAACATGCCACATCATAACTTGAAGGTGT|AAAGATGCCACATCATAACTTGAAGGTGT|AAATATGCCACATCATAACTTGAAGGTGT|AAACATGCCCCATCATAACTTGAAGGTGT|AAAGATGCCCCATCATAACTTGAAGGTGT|AAATATGCCCCATCATAACTTGAAGGTGT|AAACATGCCACATCATAACTTTAAGGTGT|AAAGATGCCACATCATAACTTTAAGGTGT|AAATATGCCACATCATAACTTTAAGGTGT|AAACATGCCCCATCATAACTTTAAGGTGT|AAAGATGCCCCATCATAACTTTAAGGTGT|AAATATGCCCCATCATAACTTTAAGGTGT
 
if ($pcr_template =~ m/$for_rx/){
	print "for primer matches\n";
}

La première façon génère une expression régulière différente et peut-être meilleure. Par contre, le second code me permet d'utiliser un module au lieu d'un hash que je crée moi-même. Que feriez-vous?

Merci,

**Zwiter** · 23/03/2009, 13h35

Re-coucou

la 1ere est plus lisible humainement, donc possiblement plus facile à sortir, à debugger, et a reprendre dans qq mois
Si la rapidité doit etre un critere, chronometre le regex dans ta condition pour 1M d'executions

Z.

**Jasmine80** · 23/03/2009, 13h43

Envoyé par Zwiter

Re-coucou

la 1ere est plus lisible humainement, donc possiblement plus facile à sortir, à debugger, et a reprendre dans qq mois
Si la rapidité doit etre un critere, chronometre le regex dans ta condition pour 1M d'executions

Z.

Merci pour ta réponse. J'hésite parce qu'il me semble qu'il est toujours préférable si possible d'utiliser un module existant au lieu de le réécrire, de risquer d'y faire des fautes et d'avoir quelque chose de moins performant. Question temps, je ne suis pas à 5 minutes près ... mais en général, j'ai quand même beaucoup de séquences à traiter.

**Zwiter** · 23/03/2009, 13h46

le test de la 1ere solution met 10sec pour 15sec avec la 2eme solution chez moi, pour 10M d'execution :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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7
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9
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15
16
17
my $start_time;
start_timer();
 
for my $i (0 .. 10000000) {
	print "count: $i \n" unless ($i % 1000000);
	$pcr_template =~ m/$for_rx/;
	}
print "time: ", show_timer(), "\n";
exit;
 
sub start_timer {
	$start_time = `date '+%s%N'`;
	}
 
sub show_timer {
	return "\033[31m", (`date '+%s%N'` - $start_time) / 1000000, " ms\033[0m";
	}

**Jasmine80** · 23/03/2009, 14h33

Merci pour cette information. Il me faudrait un module d'évaluation des performances de codes ... ça doit bien exister.

**Zwiter** · 23/03/2009, 14h48

Sur quelles criteres se baser aussi :
La mémoire utilisée ?
--> interessant avec des enormes tableaux de hash (j'en fait de plus de 20GO)
Le temps processeur utilisé ?
--> utile pour traiter pleins de petit traitements, genre algo d'optimisation type sac a dos...
Z.