Reg Exp et performance

**Jasmine80** · 23/03/2009, 10h13

Je ne sais pas quelle est la meilleure façon des 2 de procéder. Quand on hésite entre 2 façon de coder, comment estimer la meilleure?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
my $pcr_template = 'AAACATGCCACATCATAACTTTAAGGTGTAATGGTTAATGATAAAGTATTAGAAACATCGAAAGAGATGTATGTTGAGCAAAAATGTCTGATATTTTATAAAACTTTAAAGGAAAATGTTTGAGTGTACCAGTTGGAATACTAAAGGATTACAACAAGTTAAAGGAGAGAAAGTTATGTCAGAAGAAATGAATGACCAAATGTTGGTTCGACGTCAAAAATTACAAGAATTATATGATCTTGGTATAGACCCGTTTGGTTCTAAATTTGACCGTTCAGGTTTATCTAGTGATTTGAAAGAAGAGTGGGACCAGTATTCTAAAGAAGAATTGGTAGAAAAAGAAGCGGATAGTCATGTCGCTATAGCTGGACGATTAATGACTAAGCGTGGTAAAGGTAAAGCAGGATTTGCACACGTTCAGGACTTAGCTGGACAAATTCAAATTTACGTTCGTAAAGATCAAGTTGGCGATGACGAATTTGATTTATGGAAAAATGCTGATTTAGGCGATATCGTTGGTGTTGAAGGTGTAATGTTCAAAACAAATACTGGCGAATTATCGGTTAAAGCGAAGAAATTCACGCTACTAACTAAATCATTGCGACCATTACCGGATAAATTCCACGGTTTACAGGATATTGAACAGAGATATCGTCAAAGATATTTAGATTTAATTACGAACGAAGATAGCACTCGTACATTTATTAATCGTAGTAAAATCATTCAAGAAATGCGTAATTATTTAAATAATAAAGGTTTCTTGGAAGTAGAAACACCTATGATGCACCAAATTGCTGGTGGAGCAGCTGCTAGACCATTTGTAACACATCATAATGCATTAGATGCAACGTTATACATGCGTATTGCTATTGAGTTGCATTTAAAACGTTTAATTGTCGGTGGACTTGAAAAAGTATATGAAATTGGTAGAGTATTCCGTAATGAAGGTGTATCAACTAGACATAACCCTGAATTCACAATGATTGAATTATATGAAGCATATGCAGATTATCATGACATTATGGATTTAACAGAATCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATTGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAACGTAAAGCTTTAGCTAAAGAACATGGTATTGAAATTAAAGATACAATGAAATATGGTCATATTTTAAATGAATTCTTTGAGCAAAAAGTTGAAGAAACACTTATTCAGCCAACGTTTATCTATGGTCATCCGACTGAAATTTCACCTTTAGCGAAGAAAAATCCTGAAGATCCTAGATTTACTGATCGTTTCGAATTGTTCATTGTAGGTAGAGAGCATGCAAATCGATTTACTGAATTAAATGATCCTATTGATCAAAAAGGTCGTTTTGAAGCGCAACTTGTTGAAAAAGCGCAAGGTAATGATGAAGCGCATGAAATGGATGAAGATTACATTGAAGCGTTAGAATATGGTATGCCTCCGACAGGTGGTCTTGGTATCGGTATTGACAGATTGGTTATGTTATTAACTGACTCTCCATCAATCAGAGACGTATTATTATTCCCTTATATGAGACAAAAATAAATGACGTTGATTGTTAGTAAGAGCTCTCGTGTATACAACATGTGTATGCGAGGGCTTTCTTAATTATGGTAATTAGTTCGTGTTTGAATGTTTTTGATAGTAATAGTTAACGATAGTGGTGCTATTTTTGACTGTTAAACAAGGTAGTTGGCTGATAGATGAAAATGACGATACGTATATAGAGTAGTTCGGATGAGAAATGTTAACGATAGACATTGAGATATCTTATAACAAAAATTGCTATATTAGTATAATTTATCTTAATCAGCTATAAAAGTACTTTAAAATTGTATAGAATGTGTATGGTTTTGTACATATGTATATGATAGAATACTAAAAGTGTTATGAATTAGAGGGCACGAGAAATGTCAGTTTTGAAGAATAAAAAAGTTGATTAAAAGTGTTGACTTTATCAATTGAATGAAGTAATATATAAAAGTCGTCAAAAACAGACGAAACACACTAAAAGCTGATGTGACAAAGTTTACATCAAAGTGTAAAATTAACTATTGCACCTTATTAATTAAGCGTGTATCATGAATAAGTAAGTTATTTTGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAATGACAAATCGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAACCCGTCATTCTCCACCATTTATTCTTAGATATAGCCGGCCTAGCTCAATTGGTAGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTTGGGGGTTCAAGTCCTCTGGCCGGCACCATCTTTTGAGCCATTAGCTCAGCTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGGGTCAGAGGTTCGAATCCTCTATGGCTCATTACATTTAATTTTTATATTTAGCAAAATAATGCAGAAGTAGTTCAGCGGTAGAATACAACCTTGCCAAGGTTGGGGTCGCGGGTTCGAATCCCGTCTTCTGCTCCATTATTTTGCCGGGGTGGCGGAACTGGCAGACGCACAGGACTTAAAATCCTGCGGTGAGAGATCACCGTACCGGTTCGATTCCGGTCCTCGGCACCATTTTAGCGCCCGTAGCTCAATTGGATAGAGCGTTTGACTACGGATCAAGAGGTTATGGGTTCGACTCCTATCGGGCGCGCCATTTTTAAATTAATTGAATAACGGGAAGTAGCTCAGCTTGGTAGAGCACTTGGTTTGGGACCAAGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGATTACTTCTTAAATTCCATTTTATGGGGGCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGTCTCCACCATTTATTTTTTACACGATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTGTTATTAGGGAAGAACATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGGACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGTTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACATCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAATACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTCAAGCAAATCCCATAAAGTTGTTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGCATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGCCGGTGGAGTAACCTTTTAGGAGCCAGCCGTCGAAGGTGGGACAAATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAAAAAATGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTAGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTTAGGCCCACCATTATTTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATA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CCGTCGAAGGTGGGACAAATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGATATATCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAATGTGACATATTGTATCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAGTGTTCGAAAGAACATCACAAGATTAATAACGCGTTTCCTGTAGGATGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGCATGAGTTATGTCATGTTATCGATATGTGAATACATAGCATATCAGAAGGCACACCCGGAGAACTGAAACATCTTAGTACCCGGAGGAAGAGAAAGAAAATTCGATTCCCTTAGTAGCGGCGAGCGAAACGGGAAGAGCCCAAACCAACAAGCTTGCTTGTTGGGGTTGTAGGACACTCTATACGGAGTTACAAAGGACGACATTAGACGAATCATCTGGAAAGATGAATCAAAGAAGGTAATAATCCTGTAGTCGAAAATGTTGTCTCTCTTGAGTGGATCCTGAGTACGACGGAGCACGTGAAATTCCGTCGGAATCTGGGAGGACCATCTCCTAAGGCTAAATACTCTCTAGTGACCGATAGTGAACCAGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAAAGCACCCCGGAAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCGTGTGCTTACAAGTAGTCAGAGCCCGTTAATGGGTGATGGCGTGCCTTTTGTAGAATGAACCGGCGAGTTACGATTTGATGCAAGGTTAAGCAGTAAATGTGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTCTGAATAGGGCGTTTAGTATTTGGTCGTAGACCCGAAACCAGGTGATCTACCCTTGGTCAGGTTGAAGTTCAGGTAACACTGAATGGAGGACCGAACCGACTTACGTTGAAAAGTGAGCGGATGAACTGAGGGTAGCGGAGAAATTCCAATCGAACCTGGAGATAGCTGGTTCTCTCCGAAATAGCTTTAGGGCTAGCCTCAAGTGATGATTATTGGAGGTAGAGCACTGTTTGGACGAGGGGCCCCTCTCGGGTTACCGAATTCAGACAAACTCCGAATGCCAATTAATTTAACTTGGGAGTCAGAACATGGGTGATAAGGTCCGTGTTCGAAAGGGAAACAGCCCAGACCACCAGCTAAGGTCCCAAAATATATGTTAAGTGGAAAAGGATGTGGCGTTGCCCAGACAACTAGGATGTTGGCTTAGAAGCAGCCATCATTTAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTAGTCGAGTGACACTGCGCCGAAAATGTACCGGGGCTAAACATATTACCGAAGCTGTGGATTGTCCTTTGGACAATGGTAGGAGAGCGTTCTAAGGGCGTTGAAGCATGATCGTAAGGACATGTGGAGCGCTTAGAAGTGAGAATGCCGGTGTGAGTAGCGAAAGACGGGTGAGAATCCCGTCCACCGATTGACTAAGGTTTCCAGAGGAAGGCTCGTCCGCTCTGGGTTAGTCGGGTCCTAAGCTGAGGCCGACAGGCGTAGGCGATGGATAACAGGTTGATATTCCTGTACCACCTATAATCGTTTTAATCGATGGGGGGACGCAGTAGGATAGGCGAAGCGTGCGATTGGATTGCACGTCTAAGCAGTAAGGCTGAGTATTAGGCAAATCCGGTACTCGTTAAGGCTGAGCTGTGATGGGGAGAAGACATTGTGTCTTCGAGTCGTTGATTTCACACTGCCGAGAAAAGCCTCTAGATAGAAAATAGGTGCCCGTACCGCAAACCGACACAGGTAGTCAAGATGAGAATTCTAAGGTGAGCGAGCGAACTCTCGTTAAGGAACTCGGCAAAATGACCCCGTAACTTCGGGAGAAGGGGTGCTCTTTAGGGTTAACGCCCAGAAGAGCCGCAGTGAATAGGCCCAAGCGACTGTTTATCAAAAACACAGGTCTCTGCTAAACCGTAAGGTGATGTATAGGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGAGGAGTGGTTAGCTTCTGCGAAGCTACGAATCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTAACGATTTGGGCACTGTCTCAACGAGAGACTCGGTGAAATCATAGTACCTGTGAAGATGCAGGTTACCCGCGACAGGACGGAAAGACCCCGTGGAGCTTTACTGTAGCCTGATATTGAAATTCGGCACAGCTTGTACAGGATAGGTAGGAGCCTTTGAAACGTGAGCGCTAGCTTACGTGGAGGCGCTGGTGGGATACTACCCTAGCTGTGTTGGCTTTCTAACCCGCACCACTTATCGTGGTGGGAGACAGTGTCAGGCGGGCAGTTTGACTGGGGCGGTCGCCTCCTAAAAGGTAACGGAGGCGCTCAAAGGTTCCCTCAGAATGGTTGGAAATCATTCATAGAGTGTAAAGGCATAAGGGAGCTTGACTGCGAGACCTACAAGTCGAGCAGGGTCGAAAGACGGACTTAGTGATCCGGTGGTTCCGCATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGCTACCCCGGGGATAACAGGCTTATCTCCCCCAAGAGTTCACATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCGCATCCTGGGGCTGTAGTCGGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGCGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCCGTCGTGGGCGTAGGAAATTTGAGAGGAGCTGTCCTTAGTACGAGAGGACCGGGATGGACATACCTCTGGTGTACCAGTTGTCGTGCCAACGGCATAGCTGGGTAGCTATGTGTGGACGGGATAAGTGCTGAAAGCATCTAAGCATGAAGCCCCCCTCAAGATGAGATTTCCCAACTTCGGTTATAAGATC';
 
# amorces sens dans le sens 5' -> 3'
my $for = 'AAABATGCCMCATCATAACTTKAAGGTGT';
 
my %correspondances = (
            'R' => ['A', 'G'],
            'K' => ['G', 'T'],
            'S' => ['C', 'G'],
            'W' => ['A', 'T'],
            'M' => ['A', 'C'],
            'Y' => ['C', 'T'],
            'D' => ['A', 'G', 'T'],
            'V' => ['A', 'C', 'G'],
            'B' => ['C', 'G', 'T'],
            'H' => ['A', 'C', 'T'],
            'N' => ['A', 'C', 'G', 'T'],
);
 
 
my $for_rx;
my @for_nuc = split //, $for;
foreach my $nuc (@for_nuc){
	if (exists $correspondances{$nuc}){
		$for_rx .= '[';
		map {$for_rx .= $_} @{$correspondances{$nuc}};
		$for_rx .= ']';
	}
	else{
		$for_rx .= $nuc;
	}
}
print $for_rx."\n";
# AAA[CGT]ATGCC[AC]CATCATAACTT[GT]AAGGTGT
 
if ($pcr_template =~ m/$for_rx/){
	print "for primer matches\n";
}

ou d'utiliser

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use strict;
use warnings;
 
# module permettant de créer la liste correspondante
use Bio::Seq;
use Bio::Tools::IUPAC;
 
 
my $pcr_template = 'AAACATGCCACATCATAACTTTAAGGTGTAATGGTTAATGATAAAGTATTAGAAACATCGAAAGAGATGTATGTTGAGCAAAAATGTCTGATATTTTATAAAACTTTAAAGGAAAATGTTTGAGTGTACCAGTTGGAATACTAAAGGATTACAACAAGTTAAAGGAGAGAAAGTTATGTCAGAAGAAATGAATGACCAAATGTTGGTTCGACGTCAAAAATTACAAGAATTATATGATCTTGGTATAGACCCGTTTGGTTCTAAATTTGACCGTTCAGGTTTATCTAGTGATTTGAAAGAAGAGTGGGACCAGTATTCTAAAGAAGAATTGGTAGAAAAAGAAGCGGATAGTCATGTCGCTATAGCTGGACGATTAATGACTAAGCGTGGTAAAGGTAAAGCAGGATTTGCACACGTTCAGGACTTAGCTGGACAAATTCAAATTTACGTTCGTAAAGATCAAGTTGGCGATGACGAATTTGATTTATGGAAAAATGCTGATTTAGGCGATATCGTTGGTGTTGAAGGTGTAATGTTCAAAACAAATACTGGCGAATTATCGGTTAAAGCGAAGAAATTCACGCTACTAACTAAATCATTGCGACCATTACCGGATAAATTCCACGGTTTACAGGATATTGAACAGAGATATCGTCAAAGATATTTAGATTTAATTACGAACGAAGATAGCACTCGTACATTTATTAATCGTAGTAAAATCATTCAAGAAATGCGTAATTATTTAAATAATAAAGGTTTCTTGGAAGTAGAAACACCTATGATGCACCAAATTGCTGGTGGAGCAGCTGCTAGACCATTTGTAACACATCATAATGCATTAGATGCAACGTTATACATGCGTATTGCTATTGAGTTGCATTTAAAACGTTTAATTGTCGGTGGACTTGAAAAAGTATATGAAATTGGTAGAGTATTCCGTAATGAAGGTGTATCAACTAGACATAACCCTGAATTCACAATGATTGAATTATATGAAGCATATGCAGATTATCATGACATTATGGATTTAACAGAATCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATTGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAACGTAAAGCTTTAGCTAAAGAACATGGTATTGAAATTAAAGATACAATGAAATATGGTCATATTTTAAATGAATTCTTTGAGCAAAAAGTTGAAGAAACACTTATTCAGCCAACGTTTATCTATGGTCATCCGACTGAAATTTCACCTTTAGCGAAGAAAAATCCTGAAGATCCTAGATTTACTGATCGTTTCGAATTGTTCATTGTAGGTAGAGAGCATGCAAATCGATTTACTGAATTAAATGATCCTATTGATCAAAAAGGTCGTTTTGAAGCGCAACTTGTTGAAAAAGCGCAAGGTAATGATGAAGCGCATGAAATGGATGAAGATTACATTGAAGCGTTAGAATATGGTATGCCTCCGACAGGTGGTCTTGGTATCGGTATTGACAGATTGGTTATGTTATTAACTGACTCTCCATCAATCAGAGACGTATTATTATTCCCTTATATGAGACAAAAATAAATGACGTTGATTGTTAGTAAGAGCTCTCGTGTATACAACATGTGTATGCGAGGGCTTTCTTAATTATGGTAATTAGTTCGTGTTTGAATGTTTTTGATAGTAATAGTTAACGATAGTGGTGCTATTTTTGACTGTTAAACAAGGTAGTTGGCTGATAGATGAAAATGACGATACGTATATAGAGTAGTTCGGATGAGAAATGTTAACGATAGACATTGAGATATCTTATAACAAAAATTGCTATATTAGTATAATTTATCTTAATCAGCTATAAAAGTACTTTAAAATTGTATAGAATGTGTATGGTTTTGTACATATGTATATGATAGAATACTAAAAGTGTTATGAATTAGAGGGCACGAGAAATGTCAGTTTTGAAGAATAAAAAAGTTGATTAAAAGTGTTGACTTTATCAATTGAATGAAGTAATATATAAAAGTCGTCAAAAACAGACGAAACACACTAAAAGCTGATGTGACAAAGTTTACATCAAAGTGTAAAATTAACTATTGCACCTTATTAATTAAGCGTGTATCATGAATAAGTAAGTTATTTTGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAATGACAAATCGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAACCCGTCATTCTCCACCATTTATTCTTAGATATAGCCGGCCTAGCTCAATTGGTAGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTTGGGGGTTCAAGTCCTCTGGCCGGCACCATCTTTTGAGCCATTAGCTCAGCTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGGGTCAGAGGTTCGAATCCTCTATGGCTCATTACATTTAATTTTTATATTTAGCAAAATAATGCAGAAGTAGTTCAGCGGTAGAATACAACCTTGCCAAGGTTGGGGTCGCGGGTTCGAATCCCGTCTTCTGCTCCATTATTTTGCCGGGGTGGCGGAACTGGCAGACGCACAGGACTTAAAATCCTGCGGTGAGAGATCACCGTACCGGTTCGATTCCGGTCCTCGGCACCATTTTAGCGCCCGTAGCTCAATTGGATAGAGCGTTTGACTACGGATCAAGAGGTTATGGGTTCGACTCCTATCGGGCGCGCCATTTTTAAATTAATTGAATAACGGGAAGTAGCTCAGCTTGGTAGAGCACTTGGTTTGGGACCAAGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGATTACTTCTTAAATTCCATTTTATGGGGGCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGTCTCCACCATTTATTTTTTACACGATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTGTTATTAGGGAAGAACATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGGACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGTTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACATCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAATACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTCAAGCAAATCCCATAAAGTTGTTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGCATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGCCGGTGGAGTAACCTTTTAGGAGCCAGCCGTCGAAGGTGGGACAAATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAAAAAATGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTAGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTTAGGCCCACCATTATTTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAGTGTTCGAAAGAACCATCACAAGATTAATAACGCGTTTAAATCTTTTTATAAAAGAAAACGTTTAGCAGACAATGAGTTAAATTATTTTAAAGCAGAGTTTACTTATGTAAATGAGCATTTAAAATAATGAAAACGAAGCCGTATGTGAGCGTTTGACTTATAAAAATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGCATGAGTTATGTCATGTTATCGATATGTGAATACATAGCATATCAGAAGGCACACCCGGAGAACTGAAACATCTTAGTACCCGGAGGAAGAGAAAGAAAATTCGATTCCCTTAGTAGCGGCGAGCGAAACGGGAAGAGCCCAAACCAACAAGCTTGCTTGTTGGGGTTGTAGGACACTCTATACGGAGTTACAAAGGACGACATTAGACGAATCATCTGGAAAGATGAATCAAAGAAGGTAATAATCCTGTAGTCGAAAATGTTGTCTCTCTTGAGTGGATCCTGAGTACGACGGAGCACGTGAAATTCCGTCGGAATCTGGGAGGACCATCTCCTAAGGCTAAATACTCTCTAGTGACCGATAGTGAACCAGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAAAGCACCCCGGAAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCGTGTGCTTACAAGTAGTCAGAGCCCGTTAATGGGTGATGGCGTGCCTTTTGTAGAATGAACCGGCGAGTTACGATTTGATGCAAGGTTAAGCAGTAAATGTGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTCTGAATAGGGCGTTTAGTATTTGGTCGTAGACCCGAAACCAGGTGATCTACCCTTGGTCAGGTTGAAGTTCAGGTAACACTGAATGGAGGACCGAACCGACTTACGTTGAAAAGTGAGCGGATGAACTGAGGGTAGCGGAGAAATTCCAATCGAACCTGGAGATAGCTGGTTCTCTCCGAAATAGCTTTAGGGCTAGCCTCAAGTGATGATTATTGGAGGTAGAGCACTGTTTGGACGAGGGGCCCCTCTCGGGTTACCGAATTCAGACAAACTCCGAATGCCAATTAATTTAACTTGGGAGTCAGAACATGGGTGATAAGGTCCGTGTTCGAAAGGGAAACAGCCCAGACCACCAGCTAAGGTCCCAAAATATATGTTAAGTGGAAAAGGATGTGGCGTTGCCCAGACAACTAGGATGTTGGCTTAGAAGCAGCCATCATTTAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTAGTCGAGTGACACTGCGCCGAAAATGTACCGGGGCTAAACATATTACCGAAGCTGTGGATTGTCCTTTGGACAATGGTAGGAGAGCGTTCTAAGGGCGTTGAAGCATGATCGTAAGGACATGTGGAGCGCTTAGAAGTGAGAATGCCGGTGTGAGTAGCGAAAGACGGGTGAGAATCCCGTCCACCGATTGACTAAGGTTTCCAGAGGAAGGCTCGTCCGCTCTGGGTTAGTCGGGTCCTAAGCTGAGGCCGACAGGCGTAGGCGATGGATAACAGGTTGATATTCCTGTACCACCTATAATCGTTTTAATCGATGGGGGGACGCAGTAGGATAGGCGAAGCGTGCGATTGGATTGCACGTCTAAGCAGTAAGGCTGAGTATTAGGCAAATCCGGTACTCGTTAAGGCTGAGCTGTGATGGGGAGAAGACATTGTGTCTTCGAGTCGTTGATTTCACACTGCCGAGAAAAGCCTCTAGATAGAAAATAGGTGCCCGTACCGCAAACCGACACAGGTAGTCAAGATGAGAATTCTAAGGTGAGCGAGCGAACTCTCGTTAAGGAACTCGGCAAAATGACCCCGTAACTTCGGGAGAAGGGGTGCTCTTTAGGGTTAACGCCCAGAAGAGCCGCAGTGAATAGGCCCAAGCGACTGTTTATCAAAAACACAGGTCTCTGCTAAACCGTAAGGTGATGTATAGGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGAGGAGTGGTTAGCTTCTGCGAAGCTACGAATCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTAACGATTTGGGCACTGTCTCAACGAGAGACTCGGTGAAATCATAGTACCTGTGAAGATGCAGGTTACCCGCGACAGGACGGAAAGACCCCGTGGAGCTTTACTGTAGCCTGATATTGAAATTCGGCACAGCTTGTACAGGATAGGTAGGAGCCTTTGAAACGTGAGCGCTAGCTTACGTGGAGGCGCTGGTGGGATACTACCCTAGCTGTGTTGGCTTTCTAACCCGCACCACTTATCGTGGTGGGAGACAGTGTCAGGCGGGCAGTTTGACTGGGGCGGTCGCCTCCTAAAAGGTAACGGAGGCGCTCAAAGGTTCCCTCAGAATGGTTGGAAATCATTCATAGAGTGTAAAGGCATAAGGGAGCTTGACTGCGAGACCTACAAGTCGAGCAGGGTCGAAAGACGGACTTAGTGATCCGGTGGTTCCGCATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGCTACCCCGGGGATAACAGGCTTATCTCCCCCAAGAGTTCACATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCGCATCCTGGGGCTGTAGTCGGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGCGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCCGTCGTGGGCGTAGGAAATTTGAGAGGAGCTGTCCTTAGTACGAGAGGACCGGGATGGACATACCTCTGGTGTACCAGTTGTCGTGCCAACGGCATAGCTGGGTAGCTATGTGTGGACGGGATAAGTGCTGAAAGCATCTAAGCATGAAGCCCCCCTCAAGATGAGATTTCCCAACTTCGGTTATAAGATCCCTCAAAGATGATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAGGGCTTAACCAAAATAAATGTTTTGCGAAGCAAAATCACTTTTACTTACTATCTAGTTTTGAATGTATAAATTACATTCATATGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAGTTTTTTAATCAATTTTGGTTAAAAAATAAAATGGACAAGATAAAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTGTTATTAGGGAAGAACATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGGACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGTTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACATCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAATACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTCAAGCAAATCCCATAAAGTTGTTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGCATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGCCGGTGGAGTAACCTTTTAGGAGCCAGCCGTCGAAGGTGGGACAAATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGATATATCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAATGTGACATATTGTATCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAGTGTTCGAAAGAACATCACAAGATTAATAACGCGTTTCCTGTAGGATGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGCATGAGTTATGTCATGTTATCGATATGTGAATACATAGCATATCAGAAGGCACACCCGGAGAACTGAAACATCTTAGTACCCGGAGGAAGAGAAAGAAAATTCGATTCCCTTAGTAGCGGCGAGCGAAACGGGAAGAGCCCAAACCAACAAGCTTGCTTGTTGGGGTTGTAGGACACTCTATACGGAGTTACAAAGGACGACATTAGACGAATCATCTGGAAAGATGAATCAAAGAAGGTAATAATCCTGTAGTCGAAAATGTTGTCTCTCTTGAGTGGATCCTGAGTACGACGGAGCACGTGAAATTCCGTCGGAATCTGGGAGGACCATCTCCTAAGGCTAAATACTCTCTAGTGACCGATAGTGAACCAGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAAAGCACCCCGGAAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCGTGTGCTTACAAGTAGTCAGAGCCCGTTAATGGGTGATGGCGTGCCTTTTGTAGAATGAACCGGCGAGTTACGATTTGATGCAAGGTTAAGCAGTAAATGTGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTCTGAATAGGGCGTTTAGTATTTGGTCGTAGACCCGAAACCAGGTGATCTACCCTTGGTCAGGTTGAAGTTCAGGTAACACTGAATGGAGGACCGAACCGACTTACGTTGAAAAGTGAGCGGATGAACTGAGGGTAGCGGAGAAATTCCAATCGAACCTGGAGATAGCTGGTTCTCTCCGAAATAGCTTTAGGGCTAGCCTCAAGTGATGATTATTGGAGGTAGAGCACTGTTTGGACGAGGGGCCCCTCTCGGGTTACCGAATTCAGACAAACTCCGAATGCCAATTAATTTAACTTGGGAGTCAGAACATGGGTGATAAGGTCCGTGTTCGAAAGGGAAACAGCCCAGACCACCAGCTAAGGTCCCAAAATATATGTTAAGTGGAAAAGGATGTGGCGTTGCCCAGACAACTAGGATGTTGGCTTAGAAGCAGCCATCATTTAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTAGTCGAGTGACACTGCGCCGAAAATGTACCGGGGCTAAACATATTACCGAAGCTGTGGATTGTCCTTTGGACAATGGTAGGAGAGCGTTCTAAGGGCGTTGAAGCATGATCGTAAGGACATGTGGAGCGCTTAGAAGTGAGAATGCCGGTGTGAGTAGCGAAAGACGGGTGAGAATCCCGTCCACCGATTGACTAAGGTTTCCAGAGGAAGGCTCGTCCGCTCTGGGTTAGTCGGGTCCTAAGCTGAGGCCGACAGGCGTAGGCGATGGATAACAGGTTGATATTCCTGTACCACCTATAATCGTTTTAATCGATGGGGGGACGCAGTAGGATAGGCGAAGCGTGCGATTGGATTGCACGTCTAAGCAGTAAGGCTGAGTATTAGGCAAATCCGGTACTCGTTAAGGCTGAGCTGTGATGGGGAGAAGACATTGTGTCTTCGAGTCGTTGATTTCACACTGCCGAGAAAAGCCTCTAGATAGAAAATAGGTGCCCGTACCGCAAACCGACACAGGTAGTCAAGATGAGAATTCTAAGGTGAGCGAGCGAACTCTCGTTAAGGAACTCGGCAAAATGACCCCGTAACTTCGGGAGAAGGGGTGCTCTTTAGGGTTAACGCCCAGAAGAGCCGCAGTGAATAGGCCCAAGCGACTGTTTATCAAAAACACAGGTCTCTGCTAAACCGTAAGGTGATGTATAGGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGAGGAGTGGTTAGCTTCTGCGAAGCTACGAATCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTAACGATTTGGGCACTGTCTCAACGAGAGACTCGGTGAAATCATAGTACCTGTGAAGATGCAGGTTACCCGCGACAGGACGGAAAGACCCCGTGGAGCTTTACTGTAGCCTGATATTGAAATTCGGCACAGCTTGTACAGGATAGGTAGGAGCCTTTGAAACGTGAGCGCTAGCTTACGTGGAGGCGCTGGTGGGATACTACCCTAGCTGTGTTGGCTTTCTAACCCGCACCACTTATCGTGGTGGGAGACAGTGTCAGGCGGGCAGTTTGACTGGGGCGGTCGCCTCCTAAAAGGTAACGGAGGCGCTCAAAGGTTCCCTCAGAATGGTTGGAAATCATTCATAGAGTGTAAAGGCATAAGGGAGCTTGACTGCGAGACCTACAAGTCGAGCAGGGTCGAAAGACGGACTTAGTGATCCGGTGGTTCCGCATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGCTACCCCGGGGATAACAGGCTTATCTCCCCCAAGAGTTCACATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCGCATCCTGGGGCTGTAGTCGGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGCGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCCGTCGTGGGCGTAGGAAATTTGAGAGGAGCTGTCCTTAGTACGAGAGGACCGGGATGGACATACCTCTGGTGTACCAGTTGTCGTGCCAACGGCATAGCTGGGTAGCTATGTGTGGACGGGATAAGTGCTGAAAGCATCTAAGCATGAAGCCCCCCTCAAGATGAGATTTCCCAACTTCGGTTATAAGATC';
 
# amorces sens dans le sens 5' -> 3'
my $for = 'AAABATGCCMCATCATAACTTKAAGGTGT';
 
# recherche des amorces correspondantes
my $for_ambiseq = Bio::Seq->new(-seq => $for, -alphabet => 'dna');
my $for_stream  = Bio::Tools::IUPAC->new(-seq => $for_ambiseq );
 
# liste contenant les amorces correspondantes
my @for_list;
 
while (my $uniqueseq = $for_stream->next_seq()) {
	push (@for_list, $uniqueseq->seq);
}
 
# ExpReg de l'amorce for
my $for_rx = join '|', map {quotemeta $_} @for_list;
 
print $for_rx."\n";
# AAACATGCCACATCATAACTTGAAGGTGT|AAAGATGCCACATCATAACTTGAAGGTGT|AAATATGCCACATCATAACTTGAAGGTGT|AAACATGCCCCATCATAACTTGAAGGTGT|AAAGATGCCCCATCATAACTTGAAGGTGT|AAATATGCCCCATCATAACTTGAAGGTGT|AAACATGCCACATCATAACTTTAAGGTGT|AAAGATGCCACATCATAACTTTAAGGTGT|AAATATGCCACATCATAACTTTAAGGTGT|AAACATGCCCCATCATAACTTTAAGGTGT|AAAGATGCCCCATCATAACTTTAAGGTGT|AAATATGCCCCATCATAACTTTAAGGTGT
 
if ($pcr_template =~ m/$for_rx/){
	print "for primer matches\n";
}

La première façon génère une expression régulière différente et peut-être meilleure. Par contre, le second code me permet d'utiliser un module au lieu d'un hash que je crée moi-même. Que feriez-vous?

Merci,

**Zwiter** · 23/03/2009, 13h35

Re-coucou

la 1ere est plus lisible humainement, donc possiblement plus facile à sortir, à debugger, et a reprendre dans qq mois
Si la rapidité doit etre un critere, chronometre le regex dans ta condition pour 1M d'executions

Z.

**Jasmine80** · 23/03/2009, 13h43

Envoyé par Zwiter

Re-coucou

la 1ere est plus lisible humainement, donc possiblement plus facile à sortir, à debugger, et a reprendre dans qq mois
Si la rapidité doit etre un critere, chronometre le regex dans ta condition pour 1M d'executions

Z.

Merci pour ta réponse. J'hésite parce qu'il me semble qu'il est toujours préférable si possible d'utiliser un module existant au lieu de le réécrire, de risquer d'y faire des fautes et d'avoir quelque chose de moins performant. Question temps, je ne suis pas à 5 minutes près ... mais en général, j'ai quand même beaucoup de séquences à traiter.

**Zwiter** · 23/03/2009, 13h46

le test de la 1ere solution met 10sec pour 15sec avec la 2eme solution chez moi, pour 10M d'execution :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
my $start_time;
start_timer();
 
for my $i (0 .. 10000000) {
	print "count: $i \n" unless ($i % 1000000);
	$pcr_template =~ m/$for_rx/;
	}
print "time: ", show_timer(), "\n";
exit;
 
sub start_timer {
	$start_time = `date '+%s%N'`;
	}
 
sub show_timer {
	return "\033[31m", (`date '+%s%N'` - $start_time) / 1000000, " ms\033[0m";
	}

**Jasmine80** · 23/03/2009, 14h33

Merci pour cette information. Il me faudrait un module d'évaluation des performances de codes ... ça doit bien exister.

**Zwiter** · 23/03/2009, 14h48

Sur quelles criteres se baser aussi :
La mémoire utilisée ?
--> interessant avec des enormes tableaux de hash (j'en fait de plus de 20GO)
Le temps processeur utilisé ?
--> utile pour traiter pleins de petit traitements, genre algo d'optimisation type sac a dos...
Z.

**Jedai** · 23/03/2009, 17h16

Envoyé par Jasmine80

Merci pour cette information. Il me faudrait un module d'évaluation des performances de codes ... ça doit bien exister.

Perl vient par défaut avec le module Benchmark qui propose un certain nombre de fonctions pour comparer des solutions.

--
Jedaï

**Zwiter** · 23/03/2009, 17h44

Je connaissais pas. Ca a l'aire tres interessant

Merci !
Z.

**Jasmine80** · 24/03/2009, 10h02

Envoyé par Jedai

Perl vient par défaut avec le module Benchmark qui propose un certain nombre de fonctions pour comparer des solutions.

--
Jedaï

Oui, je l'ai déjà utilisé auparavant, mais obtenant des réponses variables entre 2 runs du même script, j'avais laissé tombé. Probablement, est-il prévu pour des scripts durant longtemps et que les arrondis des temps de calcul génère des variations de résultat pour les temps d'exécution trop courts. En général, je teste mes scripts sur des séquences ridiculement petites avant d'analyser celles qui sont très longues, d'où j'obtiens des temps d'exécution de l'ordre de quelques secondes.

Merci pour vos réponses, je peux clore le sujet.

**Zwiter** · 24/03/2009, 10h24

le top du top, c'est utiliser la comande time sous linux.
Ca te donne non seulement le temps d'execution du script, mais aussi TON temps processeur, c'est a dire le temps exacte que ce dernier a passer a faire ton calcule a toi !

ex :
time perl general_probe.pl
real 1m4.002s
user 0m48.879s
sys 0m0.655s

Z.

**Jedai** · 24/03/2009, 13h39

Envoyé par Jasmine80

Oui, je l'ai déjà utilisé auparavant, mais obtenant des réponses variables entre 2 runs du même script, j'avais laissé tombé. Probablement, est-il prévu pour des scripts durant longtemps et que les arrondis des temps de calcul génère des variations de résultat pour les temps d'exécution trop courts. En général, je teste mes scripts sur des séquences ridiculement petites avant d'analyser celles qui sont très longues, d'où j'obtiens des temps d'exécution de l'ordre de quelques secondes.

Merci pour vos réponses, je peux clore le sujet.

D'une part tu peux améliorer la précision des mesures en donnant l'option :hireswallclock au chargement du module, d'autre part Benchmark te permet facilement de changer le nombre de répétitions de ta procédure pour obtenir des mesures significatives (un benchmark trop court est toujours imprécis, même avec une horloge précise).

--
Jedaï

**Jasmine80** · 24/03/2009, 13h56

Envoyé par Jedai

D'une part tu peux améliorer la précision des mesures en donnant l'option :hireswallclock au chargement du module, d'autre part Benchmark te permet facilement de changer le nombre de répétitions de ta procédure pour obtenir des mesures significatives (un benchmark trop court est toujours imprécis, même avec une horloge précise).

--
Jedaï

Merci pour ces précisions, je vais regarder le module Benchmark de plus près.

Reg Exp et performance

Langage Perl

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