Discussion :

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
use Bio::Seq;
use Bio::Tools::IUPAC;
 
 
# amorces sens dans le sens 5' -> 3'
my $for = 'GTTGRATYTACCCHTAARA';
 
 
# recherche des amorces correspondantes
my $for_ambiseq = Bio::Seq->new(-seq => $for, -alphabet => 'dna');
my $for_stream  = Bio::Tools::IUPAC->new(-seq => $for_ambiseq );
 
# affichage des amorces correspondantes
while (my $uniqueseq = $for_stream->next_seq()) {
	print $uniqueseq->seq."\n";
}

Le code ci-dessus fonctionne sans problème.


Comment puis-je récupérer mes valeurs dans @for_list autrement que par un push mis à l'intérieur du while?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @for_list = $for_stream->next_seq();

Le code ci-dessus ne récupère que la première valeur de ma liste.


Merci beaucoup,

[MaliciaR]

Salut,

Tu ne peux pas faire une boucle et utiliser un splice dedans? En gros, tu trouves une occurrence dans ta Liste1, tu la recopies dans une Liste2 et tu la supprimes de ta Liste1, puis la suivante, etc. Tu sors de la boucle dès qu'il n'y a plus rien dans ta Liste1.

[Jasmine80]

Salut,

Tu ne peux pas faire une boucle et utiliser un splice dedans? En gros, tu trouves une occurrence dans ta Liste1, tu la recopies dans une Liste2 et tu la supprimes de ta Liste1, puis la suivante, etc. Tu sors de la boucle dès qu'il n'y a plus rien dans ta Liste1.

$for_stream contient déjà une liste unique d'amorces. Ce que je veux faire, c'est la récupérer dans un array.

Voila la façon actuelle que j'utilise :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while (my $uniqueseq = $for_stream->next_seq()) {
	push (@for_list, $uniqueseq->seq);
}

Merci,