Discussion :

[selson]

Bonjour,
Je suis débutante en bioinfo et donc en programmation. Je fais actuellement un stage ou je dispose d'un fichier contenant toutes le fiches genbank de gènes d'un génome entier. Je voudrais si c'est possible récupérer automatiquement dans un autre fichier uniquement les séquences de ces gènes...En regardant un peu j'ai vu qu'il s'agissait de parser le fichier ...J'ai donc télécharger biopyton qui semblait pouvoir m'aider ms j'y arrive pas ....
Si un emae charitable pouvais mettre fin à mes souffrances....

[MaliciaR]

Salut et bienvenue,

BioPython est un ensemble d'outils dont il faut se servir pour faire son propre programme : il ne fait pas tout seul
Pourrais-tu nous préciser ce que tu sais faire exactement en programmation et avec quel(s) langage(s)?

[selson]

Le language que je connais c'est python d'ou l'utilisation de biopython et encore avec 3 semaines de cours je suppose que je volerais pas loin....

[djibril]

On a la solution en bioperl, mais bon, si tu veux une solution en biopython, faudra faire un tour sur le forum python.

Je ne redirige pas ton post au cas où tu te décide à le faire en Perl

[Jasmine80]

En Perl, je sais qu'il existe le module BioGenBankParser permettant de faire ce que tu veux. Néanmoins, je ne l'ai jamais utilisé car il y a également moyen de directement récupérer un gène précis d'un génome en interrogeant GenBank et sans devoir passer par la copie de l'entièreté des informations dans un fichier de transit (module BioDBGenBank). Il existe également le module BoulderGenbank ... mais je ne l'ai jamais utilisé non plus. Bref, ce ne sont pas les modules qui manquent

[MaliciaR]

Hello, selson,

Donne ton code en python, on verra bien ce qu'on en fait

[selson]

Bonjour,

EN fait mon code il doit dans la banque genbakb me chercher des séquences de l'organisme opuntia.Jusque là no souci. Ensuite il fait une liste d'identifiants des séquences et va donc récupérer les fiches genbank. Par la suite il récupère juste les séquences et identifiant qu'il met dans un autre fichier.

Seulement le problème est le suivant :je n'arrive a avoir que la première séquences de ma requêtes... pour les autres séquences je dois lui spécifier qu'il doit récupérer la séquences numéro X de sa recherche et donc de la liste qu'il a générer.....
ce que j'arrive à faire quand dans la ligne 5 du code j'ecris:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
   record_gb=ncbi_dict[gi_list[x]]

J'aimerais faire une boucle qui lirais toutes les fiches genbank qui on été trouvé et mettrais donc également toutes les séquences correspondantes dans mon second fichier.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# -*- coding: latin-1 -*-
from Bio import GenBank
gi_list=GenBank.search_for("opuntia AND rpl16")## identifie les séquences par leur GI##
ncbi_dict=GenBank.NCBIDictionary('nucleotide','genbank')
record_gb=ncbi_dict[gi_list]
view=open('ls.txt','w')
view.write(record_gb)## ecrit les fiches dans ls.txt##
view.close()##ferme ls.txt#"
from Bio import GenBank
parser=GenBank.RecordParser()#parsing de la fiche genbank#
road=open('ls.txt','r')
iterator=GenBank.Iterator(road,parser)
record_gb=iterator.next()
style=(">")
vini=open('adn.txt','a')
vini.write("\n"+"\n"+style+str(record_gb.accession)+str(record_gb.organism)+"\n"+str(record_gb.sequence))
##ecrit les champs sequences organisme et number d'accession
##dans un le fichier adn.txt##
vini.close()

Merci d'avance.