Discussion :

[Arg0l]

Bonjour bonjour, j'aimerai savoir si il était possible de concaténer des fichiers Fasta
J'imagine que c'est la meme chose que pour les fichiers texte...
J'ai donc cela comme code pour le moment mais il ne marche pas (c'est un exemple que j'avais trouvé sur internet)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl -w
 
use strict;
 
open(LIRE,"test1.fas"); 
 
open(ECRIRE,">test3.fas");
 
while ()
{
  print ECRIRE $_;
 
}
 
close(LIRE);
 
close(ECRIRE);

Voila merci d'avance

[djibril]

Bonjour,

1 - Tout le monde ne sais pas ce qu'un fichier fasta, donc il serait intéressant de l'expliquer la prochaine fois.
2 - tu devrais lire notre FAQ Perl pour avoir un peu plus de notions sur la lecture de fichiers en Perl.

Bon, un fichier fasta est aussi un fichier plat comme les fichiers texte, c'est ce n'est pas un souci pour la concaténation.

Si tu veux concaténer plusieurs fichiers en un, tu dois créer un fichier via > et ensuite, tu lis tous tes fichiers que tu print dans ton fichier final.

Ex:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
use strict;
use Carp;
use warnings;
 
my @MesFichiersFasta = ("FichierFasta1", "FichierFasta2", "FichierFasta3");
 
my $FichierFinal = "FichierFastaFinal.fasta";
open (my $FhFasta, '>', $FichierFinal) 
  or die("impossible d'ecrire dans le fichier $FichierFinal, $!");
 
foreach my $Fichier ( @MesFichiersFasta ) {
  open (FASTA, '<', $Fichier) or die("Impossible de lire $Fichier, $!\n");
  while (my $Ligne = <FASTA> ) {
    print {$FhFasta} $Ligne;
  }
  close(FASTA);
}
 
close($FhFasta);

[Arg0l]

Ha effectivement, ca marche mieux comme ca
Merci beaucoup pour le coup de main

[Jasmine80]

Il vaut mieux utiliser le module Bio::SeqIO pour manipuler des fichier fasta

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
use Bio::SeqIO;
 
 
 
my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => "inputfilename" ,
		   -format => 'Fasta');
my $out = Bio::SeqIO->new(-file => ">outputfilename" ,
		   -format => 'Fasta');
 
while ( my $seq = $in->next_seq() ) {
    $out->write_seq($seq);
}

[Arg0l]

Okay, je vais regarder cette solution aussi
Merci