Discussion :

[Petitchaoui]

Bonjour,
Je suis étudiante en bioinformatique et je débute sur bioperl. J'essaye depuis quelques jours d'effectuer un blast avec bioperl mais je rencontre un certain nb de difficultés.J'aurais voulu savoir si quelqu'un aurait pu m'aider pour résoudre mon probleme.
J'ai utilisé le code suivant pour tester blast mais quand je le lance il me retourne une erreur que je n'arrive pas à résoudre.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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1  #!/usr/bin/perl
2  #Remote-blast "factory object" creation and blast-parameter initialization
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4   use Bio::Tools::Run::RemoteBlast;
5   use Bio::Search::Result::ResultI; 
6   use strict;
7   my $prog = 'blastp';
8   my $db   = 'swissprot';
9   my $e_val= '1e-10';
10
11  my @params = ( '-prog' => $prog,
12        '-data' => $db,
13         '-expect' => $e_val,
14         '-readmethod' => 'SearchIO' );
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16  my $factory = Bio::Tools::Run::RemoteBlast->new(@params);
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18  #change a paramter
19  $Bio::Tools::Run::RemoteBlast::HEADER{'ENTREZ_QUERY'} = 'Homosapiens [ORGN]';
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21  #remove a parameter
22  delete $Bio::Tools::Run::RemoteBlast::HEADER{'FILTER'};
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24  my $v = 1;
25  #$v is just to turn on and off the messages
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27  my $str = Bio::SeqIO->new(-file=>'1prot.fasta' , '-format' => 'fasta' );
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29  while (my $input = $str->next_seq()){
30    #Blast a sequence against a database:
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32    #Alternatively, you could  pass in a file with many
33    #sequences rather than loop through sequence one at a time
34    #Remove the loop starting 'while (my $input = $str->next_seq())'
35   #and swap the two lines below for an example of that.
36    my $r = $factory->submit_blast($input);
37    #my $r = $factory->submit_blast('amino.fa');
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39    print STDERR "waiting..." if( $v > 0 );
40    while ( my @rids = $factory->each_rid ) {
41      foreach my $rid ( @rids ) {
42        my $rc = $factory->retrieve_blast($rid);
43        if( !ref($rc) ) {
44          if( $rc < 0 ) {
45           $factory->remove_rid($rid);
46          }
47          print STDERR "." if ( $v > 0 );
48          sleep 5;
49        } else {
50         my $result = $rc->next_result();
51          #save the output
52          my $filename = $result->query_name()."\.out";
53          $factory->save_output($filename);
54          $factory->remove_rid($rid);
55          print "\nQuery Name: ", $result->query_name(), "\n";
56          while ( my $hit = $result->next_hit ) {
57            next unless ( $v > 0);
58            print "\thit name is ", $hit->name, "\n";
59            while( my $hsp = $hit->next_hsp ) {
60              print "\t\tscore is ", $hsp->score, "\n";
61            }
62          }
63        }
64      }
65    }
66  }
67
68  # This example shows how to change a CGI parameter:
69  #$Bio::Tools::Run::RemoteBlast::HEADER{'MATRIX_NAME'} = 'BLOSUM25';
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71  # And this is how to delete a CGI parameter:
72  #delete $Bio::Tools::Run::RemoteBlast::HEADER{'FILTER'};
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voila l'erreur qu'il m'affiche dans la console

####################
waiting...Can't call method "query_name" on an undefined value at blast.pl line 52,<GEN4>line 185
####################

[MaliciaR]

+1 pour la balise Code...

Sinon,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

52 my $filename = $result->query_name()."\.out";

Enleve le . avant les "\.out"; Je pense qu'une , serait mieux accueillie :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $filename = $result->query_name(), "\.out";

Je ne vois pas ou sont les autres erreurs qu'il sort, desolee.

[Petitchaoui]

Merci de votre aide mais ça ne fonctionne toujours pas. J'ai toujours cette même erreur.
Est-ce que si quelqu'un à déja réaliser un blast avec le module remoteblast pourrait me passer son code en exemple?
ça m'aiderai beaucoup. Merci d'avance

[Petitchaoui]

En fait c'est bon j'ai réussi à réaliser un blast mon problème se situe en fait au niveau de l'analyse.Merci

[Jasmine80]

Je regarderai à ton problème quand tu auras placé ton script entre des balises codes comme Djibril te l'a déjà demandé. C'est vraiment illisible sans indentation.

[Jasmine80]

Sinon,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

52 my $filename = $result->query_name()."\.out";

Enleve le . avant les "\.out"; Je pense qu'une , serait mieux accueillie :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $filename = $result->query_name(), "\.out";

Je ne vois pas ou sont les autres erreurs qu'il sort, desolee.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $filename = $result->query_name()."\.out";

Ce code est correct, c'est d'ailleurs un copier coller du CPAN (comme l'entièreté du code à première vue).
http://search.cpan.org/~birney/biope...RemoteBlast.pm

Le problème est probablement que Petitchaoui essaie de sauver ses données dans un fichier qu'il n'a pas crée au préalable.

Voici comment je procède afin de ne pas devoir créer manuellement le fichier de sortie

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $filename = FileHandle->new(">".$rep.$result->query_name()."\.out");

[MaliciaR]

Ce code est correct, c'est d'ailleurs un copier coller du CPAN (comme l'entièreté du code à première vue).
http://search.cpan.org/~birney/biope...RemoteBlast.pm

Ah ok Autant pour moi :p

Mais c'est moi qui ai loupé un truc au passage ou il n'y a pas l'intégralité du code dans le post n°1?

[Jasmine80]

Mais c'est moi qui ai loupé un truc au passage ou il n'y a pas l'intégralité du code dans le post n°1?

Je ne sais pas, j'ai pas encore essayé de comprendre son code ... c'est trop casse la tête sans les balises CODES mais cela semble être un copier-coller de l'entièreté du CPAN et le code serait donc complet.

[MaliciaR]

Je ne sais pas, j'ai pas encore essayé de comprendre son code ... c'est trop casse la tête sans les balises CODES mais cela semble être un copier-coller de l'entièreté du CPAN et le code serait donc complet.

Clair, ça pique les yeux.
Je posais la question par rapport au message d'erreur (partie que j'ai soulignée) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

waiting...Can't call method "query_name" on an undefined value at blast.pl line 52,<GEN4>line 185

[Jasmine80]

Si comme pour le fichier de sortie, il n'a pas non plus crée le fichier d'entrée à la ligne où il est censé passer la séquence à blast ...

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $r = $factory->submit_blast('amino.fa');

... c'est normal que ce code ne fonctionne pas.

Mais apparemment il a corrigé cette erreur plus loin car dans le 5ième message

En fait c'est bon j'ai réussi à réaliser un blast mon problème se situe en fait au niveau de l'analyse.Merci

[Petitchaoui]

Rebonjour!!
J'ai réussi à réaliser un blast avec une séquence protéique avec ce même code en modifiant uniquement les paramètres. Cependant, lorsque je passe aux séquences nucléiques. J'obtient un fichier résultat vide. Ainsi qu'un warning qui dit qu'apparement il y a un problème sur le serveur du ncbi.
J'aurais voulu savoir si quelqu'un avait déja eut ce probleme et comment il l'avait résolu. Merci d'avance.

Code perl :

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#!/usr/bin/perl -w
use Bio::Tools::Run::RemoteBlast;
use Bio::SearchIO;
use warnings;
use strict;
 
#declaration et initialisation des variables
my $prog = 'blastn';
my $db   = 'nr/nt';
my $e_val= '1e-10';
my $v = 1;
 
#des parametres
my @params = (
    '-prog' => $prog,
    '-data' => $db,
    '-expect' => $e_val,
'-readmethod' => 'SearchIO');
 
my $remote_blast = Bio::Tools::Run::RemoteBlast->new(@params);
 
my $seq_blast = Bio::SeqIO ->new (-file =>"D:/Projet/AE005672.fasta",
                                  -format =>'fasta');
 
while (my $input = $seq_blast -> next_seq()){
    my $r=$remote_blast->submit_blast($input); #lancement du blast sur la sequence 1prot.fasta
    print STDERR "waiting..." if( $v > 0 );
    while(my @rids=$remote_blast->each_rid){
         foreach my $rid(@rids){
             my $rc = $remote_blast->retrieve_blast($rid); 
            #recupère le resultat du blast
            #3 possibilités: si -1 erreur
            #                si 0 pas fini
            #                sinon Bio::SearchIO object
            if( !ref($rc) ) {
                 if ($rc < 0){
                $remote_blast->remove_rid($rid);#sortie du blast
                }
            print STDERR "Erreur dans le blast" if ( $v > 0 );
            sleep 5;
            }
          else{
          my $filename = "resultat_blast.blastn";
          $remote_blast ->save_output($filename); #sauvegarde du resultat du blast dans un fichier
              }  
            }
          }     
        }

[Jasmine80]

Voici un code faisant ce que tu veux et qui fonctionne :

Code :

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#!/usr/bin/perl -w
 
use warnings;
use strict;
 
use Bio::Tools::Run::RemoteBlast;
use Bio::SearchIO;
 
 
 
#declaration et initialisation des variables
my $prog = 'blastn';
my $db   = 'nr';
my $e_val= '1e-10';
my $v = 1;
 
#des parametres
my @params = (
    '-prog' => $prog,
    '-data' => $db,
    '-expect' => $e_val,
    '-readmethod' => 'SearchIO');
 
my $factory = Bio::Tools::Run::RemoteBlast->new(@params);
 
my $seq_blast = Bio::SeqIO ->new (-file =>"P:/Perl/scripts2/Test/AE005672.txt",
                                  -format =>'fasta');
 
while (my $input = $seq_blast -> next_seq()){
 
	my $r = $factory->submit_blast($input);
 
	print STDERR "waiting..." if( $v > 0 );
 
	while ( my @rids = $factory->each_rid ) {
 
		foreach my $rid ( @rids ) {
 
			my $rc = $factory->retrieve_blast($rid);
 
			if( !ref($rc) ) {
				if( $rc < 0 ) {
					$factory->remove_rid($rid);
				}
				print STDERR "." if ( $v > 0 );
				sleep 5;
			} 
 
			else {
				my $result = $rc->next_result();
 
				#save the output
				my $filename = 'P:/Perl/scripts2/Test/resultat_blast.blastn';
				$factory->save_output($filename);
				$factory->remove_rid($rid);
			}
		}
	}
}

Apparemment, créer le fichier de sortie au préalable n'est pas obligatoire mais il semble nécessaire de donner le chemin complet ... en tous cas, sur mon PC si je ne le fais pas, le fichier n'est pas crée.

[Petitchaoui]

Merci pour ton aide.
Mais j'ai encore un problème j'ai testé ton code et il marche sauf que mon fichier de sortie se crée mais il est vide et je comprend pas pourquoi car quand je fait un blastp il est plein. C'est vraiment bizarre.

[Jasmine80]

J'ai entré une séquence nucléique et donc utilisé blastn. Si blastp fonctionne dans ton cas, c'est donc que tu travailles avec une séquence protéique.

blastp : séquence protéique vs base de données protéique.
blastn : séquence nucléique vs base de données nucléique.

[Petitchaoui]

Dans le cas du blastp, j'avais en effet utilisé une séquence protéique mais quand j'ai fait mon blastn j'ai utilisé une séquence nucléique (celle-ci AE007317 et aussi celle-là AE005672)et dans les deux cas mon fichier se crée mais et vide.
Si quelqu'un pouvait tester avec ces séquences et me dire si il obtient la même chose m'aiderait beaucoup.
Merci d'avance.

[Jasmine80]

j'ai utilisé une séquence nucléique (celle-ci AE007317 et aussi celle-là AE005672)et dans les deux cas mon fichier se crée mais et vide.
Si quelqu'un pouvait tester avec ces séquences et me dire si il obtient la même chose m'aiderait beaucoup.
Merci d'avance.

Quelle est la taille de ton fragment à tester?

avec les 700 premiers nucléotides de AE007317.1 => blastn OK
avec les 700 premiers nucléotides de AE005672.3 => blastn OK

[Petitchaoui]

Je voulais tester tout le génome mais c'est peut-être pas possible?
Je vais peut être poser une question bête mais comment choisis-tu la longueur de la séquence à tester? il faut rajouter du code?
Merci d'avance

[Jasmine80]

Je voulais tester tout le génome mais c'est peut-être pas possible?

Si, si si ton PC a un bon processeur ou si tu es patient.

Je vais peut être poser une question bête mais comment choisis-tu la longueur de la séquence à tester? il faut rajouter du code?
Merci d'avance

Tu allonges la séquence du fichier d'entrée, note aussi que tu peux directement récupérer ta séquence en te connectant à Genbank via le module genbank et puis en prendre une sous-séquence. Cela t'évite donc de devoir faire un copier-coller dans un fichier texte. Tu peux également analyser le fichier contenant le résultat du blast via le module boulder::blast (http://search.cpan.org/~lds/Boulder-...ulder/Blast.pm).
J'avais pris les 700 premiers nucléotides pour accélérer le blast ... le but n'étant que de tester le bon remplissage de ton fichier de sortie.


Voici le résultat pour l'entièreté de l'accession AE005672.3 Streptococcus pneumoniae TIGR4, complete genome.

Query= gi|193804931|gb|AE005672.3| Streptococcus pneumoniae TIGR4, complete
genome
Length=13846


Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value

gb|AE005672.3| Streptococcus pneumoniae TIGR4, complete genome 2.078e+04 0.0
gb|CP000936.1| Streptococcus pneumoniae Hungary19A-6, complet... 2.062e+04 0.0
gb|CP001033.1| Streptococcus pneumoniae CGSP14, complete genome 2.056e+04 0.0
gb|CP001015.1| Streptococcus pneumoniae G54, complete genome 2.056e+04 0.0
gb|CP000410.1| Streptococcus pneumoniae D39, complete genome 2.024e+04 0.0
gb|AE008385.1|AE008385 Streptococcus pneumoniae R6 section 1 ... 2.024e+04 0.0
gb|AF000658.1|SPDNAARG Streptococcus pneumoniae R801 tRNA-Arg... 5638 0.0
gb|CP000725.1| Streptococcus gordonii str. Challis substr. CH... 3483 0.0
gb|CP000387.1| Streptococcus sanguinis SK36, complete genome 3350 0.0
gb|AF061748.2|AF061748 Streptococcus pneumoniae hypoxanthine-... 2821 0.0
gb|AE014133.1| Streptococcus mutans UA159, complete genome 2596 0.0
gb|AE009949.1| Streptococcus pyogenes MGAS8232, complete genome 1445 0.0
emb|AM295007.1| Streptococcus pyogenes Manfredo complete genome 1442 0.0
gb|CP000003.1| Streptococcus pyogenes MGAS10394, complete genome 1442 0.0
gb|CP000262.1| Streptococcus pyogenes MGAS10750, complete genome 1436 0.0
gb|CP000056.1| Streptococcus pyogenes MGAS6180, complete genome 1434 0.0
gb|CP000261.1| Streptococcus pyogenes MGAS2096, complete genome 1429 0.0
gb|CP000259.1| Streptococcus pyogenes MGAS9429, complete genome 1429 0.0
gb|AE004092.1| Streptococcus pyogenes M1 GAS, complete genome 1427 0.0
gb|CP000017.1| Streptococcus pyogenes MGAS5005, complete genome 1427 0.0
gb|AE014074.1| Streptococcus pyogenes MGAS315, complete genome 1427 0.0
dbj|BA000034.2| Streptococcus pyogenes SSI-1 DNA, complete ge... 1427 0.0
gb|AE009948.1| Streptococcus agalactiae 2603V/R, complete genome 1406 0.0
gb|CP000260.1| Streptococcus pyogenes MGAS10270, complete genome 1406 0.0
gb|CP000114.1| Streptococcus agalactiae A909, complete genome 1406 0.0
emb|AL766843.1|SAG766843 Streptococcus agalactiae NEM316 comp... 1406 0.0
gb|CP000829.1| Streptococcus pyogenes NZ131, complete genome 1400 0.0
gb|CP000407.1| Streptococcus suis 05ZYH33, complete genome 1400 0.0
gb|CP000408.1| Streptococcus suis 98HAH33, complete genome 1389 0.0
gb|CP000023.1| Streptococcus thermophilus LMG 18311, complete... 1270 0.0
gb|CP000419.1| Streptococcus thermophilus LMD-9, complete genome 1261 0.0
gb|CP000024.1| Streptococcus thermophilus CNRZ1066, complete ... 1261 0.0
gb|AE006240.1| Lactococcus lactis subsp. lactis IL1403 sectio... 1049 0.0
gb|CP001129.1| Streptococcus equi subsp. zooepidemicus MGCS10... 1047 0.0
gb|CP000425.1| Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11, compl... 1034 0.0
emb|AM406671.1| Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363, co... 1012 0.0
gb|AF436714.1| Streptococcus pneumoniae clone dnaA10 DNA poly... 830 0.0
gb|AF436712.1| Streptococcus pneumoniae clone dnaA8 DNA polym... 830 0.0
gb|AF436707.1| Streptococcus pneumoniae clone dnaA3 DNA polym... 825 0.0
gb|AF436705.1| Streptococcus pneumoniae clone dnaA1 DNA polym... 825 0.0
gb|AF436711.1| Streptococcus pneumoniae clone dnaA7 DNA polym... 821 0.0
gb|AF436708.1| Streptococcus pneumoniae clone dnaA4 DNA polym... 821 0.0
gb|AF436706.1| Streptococcus pneumoniae clone dnaA2 DNA polym... 821 0.0
gb|AF436713.1| Streptococcus pneumoniae clone dnaA9 DNA polym... 816 0.0
gb|AF436710.1| Streptococcus pneumoniae clone dnaA6 DNA polym... 816 0.0
gb|AF436709.1| Streptococcus pneumoniae clone dnaA5 DNA polym... 816 0.0
gb|AF436715.1| Streptococcus pneumoniae clone dnaA11 DNA poly... 749 0.0
gb|AE016830.1| Enterococcus faecalis V583, complete genome 737 0.0
gb|CP000233.1| Lactobacillus salivarius UCC118, complete genome 677 0.0
gb|CP000413.1| Lactobacillus gasseri ATCC 33323, complete genome 675 0.0
gb|AE017198.1| Lactobacillus johnsonii NCC 533, complete genome 657 0.0
dbj|AP007281.1| Lactobacillus reuteri JCM 1112 DNA, complete ... 655 0.0
gb|CP000705.1| Lactobacillus reuteri DSM 20016, complete genome 655 0.0
gb|DQ074889.1| Lactobacillus reuteri lr1227 (lr1227) gene, co... 643 8e-180
gb|CP000416.1| Lactobacillus brevis ATCC 367, complete genome 625 2e-174
emb|X69123.1|LLHPTTMA L.lactis genes hpt and tma 607 6e-169
gb|AE006241.1| Lactococcus lactis subsp. lactis IL1403 sectio... 598 3e-166
gb|U76424.1|LLU76424 Lactococcus lactis DnaA (dnaA) gene, par... 594 4e-165
emb|CR936503.1| Lactobacillus sakei strain 23K complete genome 578 3e-160
gb|CP000422.1| Pediococcus pentosaceus ATCC 25745, complete g... 576 1e-159
gb|AY644764.1| Lactobacillus plantarum FtsH gene, complete cds 574 3e-159
emb|AL935253.1| Lactobacillus plantarum strain WCFS1 complete... 574 3e-159
gb|CP000517.1| Lactobacillus helveticus DPC 4571, complete ge... 554 3e-153
gb|DQ826083.1| Lactobacillus helveticus CNRZ32 cell division ... 554 3e-153
gb|DQ489736.1| Leuconostoc citreum KM20, complete genome 527 4e-145
gb|CP000033.3| Lactobacillus acidophilus NCFM, complete genome 526 2e-144
emb|FM177140.1| Lactobacillus casei BL23 complete genome, str... 518 2e-142
gb|CP000423.1| Lactobacillus casei ATCC 334, complete genome 515 3e-141
gb|CP000730.1| Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH... 509 1e-139
dbj|AP009324.1| Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3 DNA, ... 509 1e-139
dbj|AP009351.1| Staphylococcus aureus subsp. aureus str. Newm... 509 1e-139
gb|CP000736.1| Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1, compl... 509 1e-139
gb|CP000703.1| Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9, compl... 509 1e-139
dbj|BA000017.4| Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 DNA,... 509 1e-139
gb|CP000046.1| Staphylococcus aureus subsp. aureus COL, compl... 509 1e-139
gb|CP000253.1| Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325,... 509 1e-139
gb|CP000255.1| Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_FPR... 509 1e-139
emb|BX571857.1| Staphylococcus aureus strain MSSA476, complet... 509 1e-139
dbj|BA000033.2| Staphylococcus aureus subsp. aureus MW2 DNA, ... 509 1e-139
dbj|BA000018.3| Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 DNA,... 509 1e-139
emb|AJ938182.1| Staphylococcus aureus RF122 complete genome 509 1e-139
gb|CP000764.1| Bacillus cereus subsp. cytotoxis NVH 391-98, c... 499 2e-136
gb|CP000903.1| Bacillus weihenstephanensis KBAB4, complete ge... 493 9e-135
gb|CP000411.1| Oenococcus oeni PSU-1, complete genome 493 9e-135
emb|BX571856.1| Staphylococcus aureus subsp. aureus strain MR... 491 3e-134
emb|AM263198.1| Listeria welshimeri serovar 6b str. SLCC5334 ... 489 1e-133
gb|AY196466.1| Oenococcus oeni membrane ATPase FtsH (ftsH) an... 488 4e-133
emb|AL596174.1| Listeria innocua Clip11262 complete genome, s... 488 4e-133
emb|AL591974.1| Listeria monocytogenes strain EGD, complete g... 486 1e-132
gb|CP001175.1| Listeria monocytogenes HCC23, complete genome 482 2e-131
dbj|BA000028.3| Oceanobacillus iheyensis HTE831 DNA, complete... 471 3e-128
gb|CP000414.1| Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides... 466 1e-126
emb|AL596164.1| Listeria innocua Clip11262 complete genome, s... 466 1e-126
gb|AF270040.1|AF270040 Staphylococcus epidermidis strain SR1 ... 464 4e-126
gb|CP000029.1| Staphylococcus epidermidis RP62A, complete genome 464 4e-126
gb|AE015929.1| Staphylococcus epidermidis ATCC 12228, complet... 464 4e-126
gb|AF467001.1| Listeria monocytogenes YabR-like protein, YacA... 462 2e-125
gb|U68574.1|LHU68574 Leiopelma hochstetteri B chromosome prob... 459 2e-124
gb|AE017262.2| Listeria monocytogenes str. 4b F2365, complete... 459 2e-124
dbj|AP008934.1| Staphylococcus saprophyticus subsp. saprophyt... 443 1e-119

[Petitchaoui]

Je te remercie encore d'avoir pris du temps pour m'aider. Je comprend vraiment pas pourquoi mon fichier me retourne toujours vide alors que j'utilise le même code que toi et les mêmes séquences. C'est peut être mon pc qui pose problème je sais pas? lol.Où peut etre la version de bioperl que j'utilise?J'utilise bioperl 1.4 tu utilise laquelle? Je vais essayer sur un autre pc peut être que ça marchera. Merci encore

[Jasmine80]

J'utilise bioperl 1.4 tu utilise laquelle? Je vais essayer sur un autre pc peut être que ça marchera. Merci encore

Ce qui est très étrange est que blastp fonctionne et pas blastn !!!
As-tu bien fait un copier-coller complet de mon code?
Utilises-tu bien les mêmes paramètres :

Code :

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1
2
my $db   = 'nr';
my $e_val= '1e-10';

J'utilise bioperl 1.5.2_100. S'il te plait, tiens moi au courant du résultat sur l'autre PC.