Discussion :

[Petitchaoui]

Bonjour,
Je suis étudiante en bioinformatique et je débute sur bioperl. J'essaye depuis quelques jours d'effectuer un blast avec bioperl mais je rencontre un certain nb de difficultés.J'aurais voulu savoir si quelqu'un aurait pu m'aider pour résoudre mon probleme.
J'ai utilisé le code suivant pour tester blast mais quand je le lance il me retourne une erreur que je n'arrive pas à résoudre.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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1  #!/usr/bin/perl
2  #Remote-blast "factory object" creation and blast-parameter initialization
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4   use Bio::Tools::Run::RemoteBlast;
5   use Bio::Search::Result::ResultI; 
6   use strict;
7   my $prog = 'blastp';
8   my $db   = 'swissprot';
9   my $e_val= '1e-10';
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11  my @params = ( '-prog' => $prog,
12        '-data' => $db,
13         '-expect' => $e_val,
14         '-readmethod' => 'SearchIO' );
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16  my $factory = Bio::Tools::Run::RemoteBlast->new(@params);
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18  #change a paramter
19  $Bio::Tools::Run::RemoteBlast::HEADER{'ENTREZ_QUERY'} = 'Homosapiens [ORGN]';
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21  #remove a parameter
22  delete $Bio::Tools::Run::RemoteBlast::HEADER{'FILTER'};
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24  my $v = 1;
25  #$v is just to turn on and off the messages
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27  my $str = Bio::SeqIO->new(-file=>'1prot.fasta' , '-format' => 'fasta' );
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29  while (my $input = $str->next_seq()){
30    #Blast a sequence against a database:
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32    #Alternatively, you could  pass in a file with many
33    #sequences rather than loop through sequence one at a time
34    #Remove the loop starting 'while (my $input = $str->next_seq())'
35   #and swap the two lines below for an example of that.
36    my $r = $factory->submit_blast($input);
37    #my $r = $factory->submit_blast('amino.fa');
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39    print STDERR "waiting..." if( $v > 0 );
40    while ( my @rids = $factory->each_rid ) {
41      foreach my $rid ( @rids ) {
42        my $rc = $factory->retrieve_blast($rid);
43        if( !ref($rc) ) {
44          if( $rc < 0 ) {
45           $factory->remove_rid($rid);
46          }
47          print STDERR "." if ( $v > 0 );
48          sleep 5;
49        } else {
50         my $result = $rc->next_result();
51          #save the output
52          my $filename = $result->query_name()."\.out";
53          $factory->save_output($filename);
54          $factory->remove_rid($rid);
55          print "\nQuery Name: ", $result->query_name(), "\n";
56          while ( my $hit = $result->next_hit ) {
57            next unless ( $v > 0);
58            print "\thit name is ", $hit->name, "\n";
59            while( my $hsp = $hit->next_hsp ) {
60              print "\t\tscore is ", $hsp->score, "\n";
61            }
62          }
63        }
64      }
65    }
66  }
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68  # This example shows how to change a CGI parameter:
69  #$Bio::Tools::Run::RemoteBlast::HEADER{'MATRIX_NAME'} = 'BLOSUM25';
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71  # And this is how to delete a CGI parameter:
72  #delete $Bio::Tools::Run::RemoteBlast::HEADER{'FILTER'};
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voila l'erreur qu'il m'affiche dans la console

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waiting...Can't call method "query_name" on an undefined value at blast.pl line 52,<GEN4>line 185
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[Petitchaoui]

Merci de votre aide mais ça ne fonctionne toujours pas. J'ai toujours cette même erreur.
Est-ce que si quelqu'un à déja réaliser un blast avec le module remoteblast pourrait me passer son code en exemple?
ça m'aiderai beaucoup. Merci d'avance

[Petitchaoui]

En fait c'est bon j'ai réussi à réaliser un blast mon problème se situe en fait au niveau de l'analyse.Merci

[Jasmine80]

Je regarderai à ton problème quand tu auras placé ton script entre des balises codes comme Djibril te l'a déjà demandé. C'est vraiment illisible sans indentation.

[Jasmine80]

Sinon,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

52 my $filename = $result->query_name()."\.out";

Enleve le . avant les "\.out"; Je pense qu'une , serait mieux accueillie :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $filename = $result->query_name(), "\.out";

Je ne vois pas ou sont les autres erreurs qu'il sort, desolee.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $filename = $result->query_name()."\.out";

Ce code est correct, c'est d'ailleurs un copier coller du CPAN (comme l'entièreté du code à première vue).
http://search.cpan.org/~birney/biope...RemoteBlast.pm

Le problème est probablement que Petitchaoui essaie de sauver ses données dans un fichier qu'il n'a pas crée au préalable.

Voici comment je procède afin de ne pas devoir créer manuellement le fichier de sortie

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $filename = FileHandle->new(">".$rep.$result->query_name()."\.out");

[MaliciaR]

Ce code est correct, c'est d'ailleurs un copier coller du CPAN (comme l'entièreté du code à première vue).
http://search.cpan.org/~birney/biope...RemoteBlast.pm

Ah ok Autant pour moi :p

Mais c'est moi qui ai loupé un truc au passage ou il n'y a pas l'intégralité du code dans le post n°1?