Discussion :

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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			# Recherche dans Genbank
			#--------------------------
 
			eval { $gb->get_Seq_by_acc($acc) };
			if ($@) {
				print "ERREUR : pb accession $acc\n";
 
			}
			else{
				my $info = $gb->get_Seq_by_acc($acc);
				my $seq = $info->seq();
				my $seq_length = length($seq);

ERREUR :

------------- EXCEPTION -------------
MSG: acc AF454164 does not exist
STACK Bio:B::WebDBSeqI::get_Seq_by_acc C:/Perl/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:181
STACK toplevel Samson.pl:159

--------------------------------------

Ligne 159 :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $info = $gb->get_Seq_by_acc($acc);

Normalement, l'eval() permettait d'éviter que le script ne plante si l'accession n'existait pas.

J'obtiens ici un message d'erreur disant que l'accession n'existe pas, or il existe bien !!

J'utilise une liste d'accessions et quand cela bloque pour un (AF454164 par exemple), si je relance le script en supprimant de la liste les accessions précédents qui ont correctement été traités, AF454164 est cette fois bien trouvé et le script continue jusqu'à un nouveau message d'erreur similaire.

... je ne comprends pas le problème, avez-vous une idée?


Merci pour votre aide,

[djibril]

Bah je sais pas comment tu as écris ton script, mais j'ai fais ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl 
use warnings;
use strict;
use Carp;
 
# Moduke Bio ::DB ::GenBank
use Bio::DB::GenBank;
 
# Création du handle permettant de se connecter à la banque de données GenBank avec le constructeur new qui ne prend aucun argument
my $gb = new Bio::DB::GenBank;
 
# Récupération des informations relatives à une séquence en introduisant son Accession Number
# Utilisation de la méthode get_Seq_by_acc avec en argument l'accession demandé
my $seq = $gb->get_Seq_by_acc('AF454164');
 
my $Sequence = $seq->seq();
my $Description = $seq->desc();
print "$Sequence\n";
print "$Description\n";

et j'obtiens bien

ATTGCCT......GGCG
Aspergillus fumigatus strain CDC B-2570 28S ribosomal RNA gene, partial sequence.

Sinon pourquoi tu n'écris pas ainsi par exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $seq;
eval {
  $seq = $gb->get_Seq_by_acc('AF4aaa54164');
};
if ($@) {
				print "ERREUR : pb accession \n";
}
else {
  my $Sequence = $seq->seq();
  my $Description = $seq->desc();
  print "$Sequence\n";
  print "$Description\n";
}

et là j'ai bien

ERREUR : pb accession

[Jasmine80]

Sinon pourquoi tu n'écris pas ainsi par exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $seq;
eval {
  $seq = $gb->get_Seq_by_acc('AF454164');
};
if ($@) {
				print "ERREUR : pb accession \n";
}
else {
  my $Sequence = $seq->seq();
  my $Description = $seq->desc();
  print "$Sequence\n";
  print "$Description\n";
}

et là j'ai bien

Oui, tu as raison, c'est mieux écrit ainsi. Je ne comprends pas pourquoi parfois on arrive à récupérer la séquence et parfois non d'autant plus qu'en refaisant tourner une seconde fois le script, l'erreur n'apparait plus ... c'est vraiment étrange, peut-être une saturation due à la liste des accessions demandés en requête (via une boucle sur @accessions ).

[djibril]

Ouais, je sais, ça arrive souvent. C'est surement dû soit à une connexion internet qui bug (micro coupure), ou même et je confirme que c'est le serveur ncbi qui est de temps en temps saturé. Du coup, il se peut que le module télécharge un fichier genbank corrompu, et donc qu'il n'arrive pas à récupérer l'information.

[Jasmine80]

Ouais, je sais, ça arrive souvent. C'est surement dû soit à une connexion internet qui bug (micro coupure), ou même et je confirme que c'est le serveur ncbi qui est de temps en temps saturé. Du coup, il se peut que le module télécharge un fichier genbank corrompu, et donc qu'il n'arrive pas à récupérer l'information.

^^ dans ce cas récupérer l'objet dans l'eval comme tu l'as proposé évitera ce problème car une fois dans le else on ne devra plus refaire la commande get_Seq_by_acc. Au pire si un problème de récupération se pose, $@ contiendra un message mais le script passera à l'accession suivant.

Une fois de plus, merci pour ton aide.

[Jasmine80]

Une dernière question. Vu que la récupération se fait un à un, un sleep(1) entre chaque récupération pourrait-il aider? Histoire de laisser respirer GenBank ... enfin 6000 secondes à attendre ça fait beaucoup trop, c'est juste une question par curiosité.

[Jasmine80]

Le problème est survenu 5 fois sur les 2000 premiers accessions, je modifie la liste, je relance le script et ça reprend le cours normal des commandes (récupération info et insertion en DB) à partir de l'accession qui a posé problème (premier de la liste). Apparemment les accessions posant problème n'ont rien de particulier. Il en reste un peu plus de 4000 à traiter.