pb de foreach qui se bloque toujours au même endroit.

**zaboug** · 15/01/2009, 11h48

Bonjour,

j'ai un problème que je trouve très bizarre : une boucle foreach qui se bloque toujours au même endroit.

voici le code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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sub Recup_concepts_TFBS
{
	my (%concept_infos) = @_;
 
	my ($res2, $tagID, $TF);	
	my (%concept_TF_TFBS) = ();
 
	&Connexion_BD();
 
	open(RES, ">../resultats/infos_concepts_TFBS.txt") or die("Impossible d'ouvrir infos_concepts_TFBS.txt");
	print(RES "biset_id \t|\t TF \t|\t tag_id \t|\t nb de gene ayant le TFBS \n");
 
	foreach my $biset_id (keys(%concept_infos))
	{
		foreach my $tag (@{$concept_infos{$biset_id}})
		{
			$tagID = $tag->{"tagID"};
 			$TF = $tag->{"TF"};
 
 			my $req2 = "SELECT t.".$table."virtualtag_id, TF.gene_product 
				FROM ".$table."_TFBS t 
				INNER JOIN ".$table."_virtual_observed_tag v 
				ON t.".$table."virtualtag_id = v.".$table."virtualtag_id 
				INNER JOIN biset_cont_tag b 
				ON b.tagID = v.".$table."observedtag_id 
				INNER JOIN ".$table."_transcription_factor TF 
				ON TF.tf_id = t.tf_id 
				WHERE bisetID = $biset_id
				AND b.tagID != $tagID
				AND TF.gene_product = '$TF';";
 
 
			#prépare la requête sql
			$res2 = $dbconnect_loc -> prepare($req2);
 
			#exécution de la requête sql
			$res2 -> execute() || die("pb de selection : $DBI::errstr");
 
 
			my $rows = $res2 -> rows; #compte le nb de lignes renvoyées par la requete
 
			$concept_TF_TFBS{$biset_id} -> {$tagID}  = $rows;
			print(RES "$biset_id \t\t|\t $TF \t\t|\t $tagID \t|\t $rows\n");
 
		}
	}
	close(RES);
 
	#spécifie la fin de la requête
	$res2 -> finish();
 
	#deconnexion de la base
	$dbconnect_loc ->disconnect();
 
	return %concept_TF_TFBS;
}

cela dit, je pense que ça vienne du foreach : si j'enlève tout le code de la boucle interne pour mettre un print à la place, j'obtiens bien toutes les lignes attendue... Donc j'imagine que c'est lié à la requête, mais j'ai fait plusieurs tests : la requête marche bien si je la passe directement sous MySQL.

Bref, je sais pas du tout où chercher, donc la moindre piste serait la bienvenue.

EDIT : je peux dire que ça bloque toujours au même endroit car le fichier dans lequel j'imprime les résultats se termine toujours ainsi :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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308655 		|	 HNF4A 		|	 611040 	|	 1
157343 		|	 HOXA7 		|	 41409 	|	 3
288633 		|	 DBT 		|	 401805 	|	 0
248771 		|	 CUX1 		|	 662974 	|	 0
165342 		|	 E2F1 		|	 772883 	|	 0
226486 		|	 SMAD4 		|	 737465 	|	 3
60582 		|	 PEBP1 		|	 552873 	|	 0
216759 		|	 DBT 		|	 401805 	|	 0
20470 		|	 DBT 		|	 401805 	|	 3
107302

ce qui est déjà bizarre en soit car la ligne n'est pas imprimé entièrement...

**Jasmine80** · 15/01/2009, 12h21

Peut-être le fichier n'a-t'il pas le temps d'être rempli entièrement. J'ai eu un problème similaire que j'avais résolu en utilisant un sleep après le print afin de laisser le temps au fichier d'être écrit. Tu peux toujours essayer.

**zaboug** · 15/01/2009, 12h31

merci.

je viens de tester ainsi :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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sub Recup_concepts_TFBS
{
	my (%concept_infos) = @_;
 
	my ($res2, $tagID, $TF);	
	my (%concept_TF_TFBS) = ();
 
	&Connexion_BD();
 
	open(RES, ">../resultats/infos_concepts_TFBS.txt") or die("Impossible d'ouvrir infos_concepts_TFBS.txt");
	print(RES "biset_id \t|\t TF \t|\t tag_id \t|\t nb de gene ayant le TFBS \n");
 
	foreach my $biset_id (keys(%concept_infos))
	{
		foreach my $tag (@{$concept_infos{$biset_id}})
		{
			$tagID = $tag->{"tagID"};
 			$TF = $tag->{"TF"};
 
 			my $req2 = "SELECT t.".$table."virtualtag_id, TF.gene_product 
				FROM ".$table."_TFBS t 
				INNER JOIN ".$table."_virtual_observed_tag v 
				ON t.".$table."virtualtag_id = v.".$table."virtualtag_id 
				INNER JOIN biset_cont_tag b 
				ON b.tagID = v.".$table."observedtag_id 
				INNER JOIN ".$table."_transcription_factor TF 
				ON TF.tf_id = t.tf_id 
				WHERE bisetID = $biset_id
				AND b.tagID != $tagID
				AND TF.gene_product = '$TF';";
 
 
			#prépare la requête sql
			$res2 = $dbconnect_loc -> prepare($req2);
 
			#exécution de la requête sql
			$res2 -> execute() || die("pb de selection : $DBI::errstr");
 
 
			my $rows = $res2 -> rows; #compte le nb de lignes renvoyées par la requete
 
			$concept_TF_TFBS{$biset_id} -> {$tagID}  = $rows;
			print(RES "$biset_id \t\t|\t $TF \t\t|\t $tagID \t|\t $rows\n");
			sleep(1);
		}
	}
	close(RES);
 
	#spécifie la fin de la requête
	$res2 -> finish();
 
	#deconnexion de la base
	$dbconnect_loc ->disconnect();
 
	return %concept_TF_TFBS;
}

EDIT : ça tourne actuellement et se remplit tout doucement. Je vais voir si ça va au bout, merci

**Jasmine80** · 15/01/2009, 12h40

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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		foreach my $tag (@{$concept_infos{$biset_id}})
		{
			...
			print "...";
			sleep(1);			
		}

A chaque passage dans la boucle, tu vas attendre 1 seconde. Si tu veux utiliser des fractions de secondes, tu peux utiliser le module Time::HiRes. http://search.cpan.org/~jhi/Time-HiRes-1.9719/HiRes.pm

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use Time::HiRes qw(sleep)
...
sleep (0.5);

**zaboug** · 15/01/2009, 12h47

ah oui, merci, ça devrait accélérer le mouvement

EDIT : cela dit, j'ai l'impression que le premier script restait pas vraiment bloqué, mais qu'il ralentit grandement vers la fin : j'avais laissé le script original tourner pour voir, et la taille du fichier de base a bougé. J'ai cru que c'était bloqué car ça passait de 0 à 241664 en moins d'une seconde, puis ça reste comme ça pendant un bout de temps (ça vient tout juste de passer à 245760...). Peut être qu'à partir d'un certain point le terminal n'indique les changement de taille que par palier... m'enfin, tant que ça me rend des résultats à la fin

**djibril** · 15/01/2009, 12h55

Tu devrais revoir la conception de ton script en utilisant des placeholders.
Car tu recrées ta requêtes à chaque itération alors qu'il n'y a que les conditions qui changent, tu gagneras déjà beaucoup de temps.

**Jasmine80** · 15/01/2009, 12h57

Une remarque également pour la façon dont tu passes ton argument au sous-programme, je pense qu'utiliser une référence serait mieux d'autant plus que ton tableau semble de grande taille.

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Recup_concepts_TFBS(\%concept_infos);
 
sub Recup_concepts_TFBS
{
	my $ref_concept_infos = shift;
 
	foreach my $biset_id (keys(%{$ref_concept_infos}))
	{
 
		foreach my $tag (@{$concept_infos{$biset_id}})
		{
 
 
		}
	}
}

pb de foreach qui se bloque toujours au même endroit.

Langage Perl

Vue hybride

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