Discussion :

[aline70]

Bonjour,
Je voudrais savoir s'il existe une formule pour calculer les angles phi et psi d'une protéine à partir des coordonnées x, y et z des résidus.
Je cherche à faire un programme qui utilise un fichier pdb minimisé ne contenant que des coordonnées x, y et z et à partir de ces coordonnées des résidus, calculer les angles mais je ne trouve pas de formule qui me permette de le faire.

Je vous remercie d'avance.
Aline70

[Jasmine80]

Je voudrais savoir s'il existe une formule pour calculer les angles phi et psi d'une protéine à partir des coordonnées x, y et z des résidus.

Probablement mais elle doit être bien compliquée, j'espère que tu aimes les mathématiques. Je n'ai jamais travaillé sur les protéines, j'analyse de l'ADN mais à ta place, je ferais la littérature et je regarderais ce qui existe afin de m'en inspirer et d'écrire ma propre formule.

et ça ne parait pas simple :
http://en.wikipedia.org/wiki/Dihedral_angle
http://www.mathsisfun.com/geometry/dihedral-angles.html

Tu peux aussi regarder ce qui existe sur le CPAN comme modules traitant des angles diédraux mais je n'ai rien trouvé de spécifique aux protéines, ce qui a été développé s'adresse aux atomes :
http://search.cpan.org/~itub/Chemist...ernalCoords.pm
http://search.cpan.org/~itub/Chemist...rds/Builder.pm

Je cherche à faire un programme qui utilise un fichier pdb minimisé ne contenant que des coordonnées x, y et z

Perl possède un module permettant de manipuler ce type de fichier Chemistry::File:DB - Protein Data Bank file format reader/writer
http://search.cpan.org/~itub/Chemist...DB-0.21/PDB.pm

[Jasmine80]

Sinon, tu peux aussi utiliser R
http://www.r-project.org/
Il est d'ailleurs compatible avec perl via le module Statistics-R
http://search.cpan.org/~gmpassos/Sta...tatistics/R.pm

When atoms A, B, C and D are mainchain atoms (ie. the carboxylic carbon, C1; the alpha carbon, C2 or C-alpha; and the amide group nitrogen, N), There are THREE repeating torsion angles along the backbone chain called phi, psi and omega.

torsion.xyz {bio3d}
http://mccammon.ucsd.edu/~bgrant/bio...rsion.xyz.html

Description
Defined from the Cartesian coordinates of four successive atoms (A-B-C-D) the torsion or dihedral angle is calculated about an axis defined by the middle pair of atoms (B-C).

Calculate Torsion/Dihedral Angles

Usage
torsion.xyz(xyz, atm.inc = 4)

Arguments
xyz a numeric vector of Cartisean coordinates.
atm.inc a numeric value indicating the number of atoms to increment by between successive torsion evaluations (see below).

Value
A numeric vector of torsion angles.

torsion.pdb {bio3d}
http://mccammon.ucsd.edu/~bgrant/bio...rsion.pdb.html

Usage
torsion.pdb(pdb)

Arguments
pdb a PDB structure object as obtained from function read.pdb.

Details
The conformation of a polypeptide chain can be usefully described in terms of angles of internal rotation around its constituent bonds. See the related torsion.xyz function, which is called by this function, for details.

Value
Returns a list object with the following components:

phi main chain torsion angle for atoms C,N,CA,C.
psi main chain torsion angle for atoms N,CA,C,N.
omega main chain torsion angle for atoms CA,C,N,CA.
alpha virtual torsion angle between consecutive C-alpha atoms.
chi1 side chain torsion angle for atoms N,CA,CB,*G.
chi11 side chain torsion angle for atoms N,CA,CB,*G1.
chi12 side chain torsion angle for atoms N,CA,CB,*G2.
chi2 side chain torsion angle for atoms CA,CB,*G,*D.
chi21 side chain torsion angle for atoms CA,CB,*G,*D1.
chi22 side chain torsion angle for atoms CA,CB,*G,*D2.
chi3 side chain torsion angle for atoms CB,*G,*D,*E.
chi31 side chain torsion angle for atoms CB,*G,*D,*E1.
chi32 side chain torsion angle for atoms CB,*G,*D,*E2.
chi4 side chain torsion angle for atoms *G,*D,*E,*Z.
chi51 side chain torsion angle for atoms *D,*E,*Z, NH1.
chi52 side chain torsion angle for atoms *D,*E,*Z, NH2.
coords numeric matrix of ‘justified’ coordinates.

A ta place, je n'utiliserais que R pour les calculs et si vraiment tu as besoin de Perl, j'utiliserais son module Statistics-R.

[aline70]

Bonsoir,
Merci pour l'aide, j'ai réussi avec en effectuant des calculs avec des vecteurs puis des produits scalaires et finalement c'est bon!!!
Merci à vous
Aline70

[MaliciaR]

Salut,

Souhaiterais-tu partager ta solution detaillee ici? Quelqu'un peut avoir la meme question que toi et ce serait sympa de pouvoir trouver une reponse au lieu de re-inventer la roue une n-ieme fois?

Merci

[aline70]

Oups désolé, je n'avais pas vu le message...comme ça fait un petit moment faut juste que je retrouve mes calculs et je le poste d'ici ce week end!!