Discussion :

[Mydriaze]

Bonjour à tous,

Je developpe un script dans lequel je dois appeler un programme qui est sur mon disque et je ne sais pas faire.
Le programme que je veux appeler c'est "blastn" de bl2seq. C'est un executable tout simple;

A la console, je l'appelle depuis mon home, ainsi :

./blast/blast-2.2.18/bin/bl2seq -i fichier_1.fasta -j fichier_2.fasta -p blastn


et là j'obtiens toute une floppée de résultats que je voudrais enregistrer dans un fichier resultat.

Je suis par exemple dans mon_programme.py et je veux faire une fonction style :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def blaste_2_fichiers (fichier_1, fichier_2) :
  appeller blastn
  recuperer les resultats
  resultats.write(fichier_resultat, "a")

Comment fait-on cela?
faut-il utiliser "import"?
Merci par avance si vous pouvez m'aider;

[Tz-Ba]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import os
cmd = "./blast/blast-2.2.18/bin/bl2seq -i  fichier_1.fasta  -j fichier_2.fasta  -p blastn"
os.system(cmd)

C'est dans la FAQ python... http://python.developpez.com/faq/?pa...GenExecuteFile
Penser à y jeter un coup d'oeil avant de poser une question

Si tu as a passer des variables

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import os
cmd = "./blast/blast-2.2.18/bin/bl2seq -i  %s  -j %s -p blastn" %(variable1, variable2)
os.system(cmd)

Bon python!

[kedare]

Il veut recup le resultat, donc il faut utiliser popen

[Mydriaze]

Wouaaaahouuuuuu ! C'est Magique!!!


Cool ! Merci beaucoup!

Je me suis imprimé la Faq, et je la garde ds ma doc maintenant!

Merci beaucoup à tous les 2.

Par contre je n'ai pas reussi à envoyer le resultat dans 1 fichier "fichier_resultat.txt" par exemple dans la même ligne de commande.
J'ai fait un readlines de popen(cmd) pour l'ecrire dans "fichier_resultat.txt". ça marche tres bien.
Je ne sais pas si on peut faire ça sur la meme ligne de commande parce qu'apparement ça interferre avec les arguments -i xxx -j xxx de mon bl2seq...
Dans l'exemple de guyguy c'etait un .exe ...

Mais bon, l'essentiel c'est que je peux automatiser mes requetes maintenant!
Merci encore!!!