Discussion :

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @a_list_delete = qw [AY987735 AY987728 AY987737 AY987727 AY987758 AY987761];
my $expreg = $a_list_delete[0];
for (my $i=1; $i<@a_list_delete; $i++){
    $expreg .= '|'.$a_list_delete[$i];
}
 
 
 
my $in_nuc  = Bio::SeqIO->new(-file => $path.$infile_nucleotideDB, '-format' => 'Fasta');
while ( my $seq = $in_nuc->next_seq()){
    if($seq->display_id !~ /$expreg/o){
        push (@{$h_acc{$seq->seq}}, $seq->display_id);
    }
    else{
        print "suppression de ".$seq->display_id."\n";
    }
}

Je dois éliminer les $seq->display_id contenant une des valeurs de @a_list_delete.

$seq->display_id à la forme Aeromonas_caviae_AY987727, Aeromonas_hydrophila_AY987737 dont la 3ième partie peut être contenue dans @a_list_delete.

Utiliser une expression régulière est-elle la meilleure façon de procéder?


Merci,

[Jasmine80]

Vu le commentaire de Jedai

Tu peux utiliser qr// pour stocker une regex précompilée dans une variable, c'est la meilleure option (sinon tu peux utiliser des strings normale mais la regex ne sera pas précompilée et le système d'échappement n'est pas le même que dans une vraie regex) :

J'ai réécrit

Code :

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#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
 
my $fichier = 'P:/Theorie/PCR_Bact_Hybridation/Sondes_en_Demis/NouveauxMarqueurs/16S/Escherichia_coli_16S_tot.fsa';
my $motif = qr/[A-Z][a-z]+_[a-z]+[A|B]?/;
 
if ($fichier =~ /\/($motif)_16S_tot\.fsa/){
    print "$1\n";
}

Est-ce mieux ainsi? Parce que dans mon cas, ce n'est pas une expression régulière qui est stockée dans ma variable mais un morceau de celle-ci ... mais je suppose que cela revient exactement au même Qu'est-ce qu'un système d'échappement? Est-ce ce que fait le programme dans le cas où il ne rencontre pas le motif?


Merci,

[Jedai]

Est-ce mieux ainsi? Parce que dans mon cas, ce n'est pas une expression régulière qui est stockée dans ma variable mais un morceau de celle-ci ... mais je suppose que cela revient exactement au même

Cela revient effectivement à peu près au même, par contre tu n'obtiens pas les bénéfices de la précompilation (dans ton cas ça n'as aucune importance, ce n'est important que pour les regexps réutilisées des milliers de fois dans une boucle et qui donnent l'impression de pouvoir changer (parce qu'elles contiennent une variable) mais qui en réalité ne changent pas au cours de la boucle).

Qu'est-ce qu'un système d'échappement? Est-ce ce que fait le programme dans le cas où il ne rencontre pas le motif?

Dans une regexp "\." n'a pas la même signification que "\." dans une string, c'est ce que je veux dire par système d'échappement, si tu essaies de mettre une regexp dans une string ordinaire tu dois te méfier de ce phénomène alors que qr// te permet d'écrire exactement comme dans une regexp.

Par ailleurs ton problème initial ne semble pas exactement le même que celui que tu résouds dans ta réponse. J'aurais écris ton premier code comme cela :

Code :

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my @a_list_delete = qw [AY987735 AY987728 AY987737 AY987727 AY987758 AY987761];
my $srx = join '|', map {quotemeta $_} @a_list_delete;
my $expreg = qr/$srx/;
 
my $in_nuc  = Bio::SeqIO->new(-file => $path.$infile_nucleotideDB, '-format' => 'Fasta');
while ( my $seq = $in_nuc->next_seq()){
    if($seq->display_id !~ m/$expreg/){
        push (@{$h_acc{$seq->seq}}, $seq->display_id);
    }
    else{
        print "suppression de ".$seq->display_id."\n";
    }
}

Le quotemeta est inutile ici mais c'est une bonne habitude à prendre, et entre /o et qr//, le second est plus prévisible et clair à mon avis. C'est un besoin relativement courant, tu peux améliorer légèrement les performances avec Regexp::Assemble qui optimisera les alternatives (les transformera en un trie), cette optimisation est faite automatiquement dans la version 5.10 de Perl.

--
Jedaï

[Jasmine80]

Merci beaucoup pour ces explications.