Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,

J'ai une séquence, par exemple TYART et j'aimerais trouver toutes les combinaisons possibles de séquences ne contenant que des A, T, C ou G. Donc, il faudrait trouver TTAGT, TCAGT, TTAAT et TCAAT

Code :

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#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
my $amorce = 'ATGGTMCAGATTCRCHTTC ';
my @a_amorces = split ('', $amorce);
my %h_amorces;
 
my %correspondances =
    (
            'R' => ['A', 'G'],
            'K' => ['G', 'T'],
            'S' => ['C', 'G'],
            'W' => ['A', 'T'],
            'M' => ['A', 'C'],
            'Y' => ['C', 'T'],
            'D' => ['A', 'G', 'T'],
            'V' => ['A', 'C', 'G'],
            'B' => ['C', 'G', 'T'],
            'H' => ['A', 'C', 'T'],
            'N' => ['A', 'C', 'G', 'T'],
    );
 
my $amorce_cle;
 
foreach my $nucleotide (@a_amorces){
 
    if  (exists $correspondances{$nucleotide}){
        my @a_degenerescence = $correspondances{$nucleotide};
        foreach my $deg (@a_degenerescence){
            push (@a_amorces_cles, $amorce_cle.$deg);
        }
    }
    else{
        $amorce_cle .= $nucleotide;
    }
}

Je pense que je suis partie vers une mauvaise voie et qu'il devrait y avoir moyen de créer une fonction récursive mais je ne sais pas par où commencer. Pourriez-vous m'aider s'il vous plait?

Merci beaucoup,

[CKLN00]

pour info le code (pour coder les bases génétiques) que tu utiliser est de l'IUB/IUPAC j'ai trouver quelque résultats qui me semblent peu probant sur le CPAN mais c'est l'occasion de faire un petit module de traduction pour le CPAN Jasmine, je suis sur que tu as le niveau nécessaire pour ça

pour ce qui est de t'aider dans l'implémentation la je suis un peu surcharger, mais j'essayerais de m'y pencher dans la journée !

[Jasmine80]

Voici ce que j'ai déjà écrit

Code :

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sub recup_amorce{
    my $ref_amorce = $_[0];
    my $amorce_cle = $_[1];
    foreach my $nucleotide (@{$ref_amorce}){
 
        if  (exists $correspondances{$nucleotide}){
            my @a_degenerescence = $correspondances{$nucleotide};
            foreach my $deg (@a_degenerescence){
                $amorce_cle .= $deg;
                recup_amorce($ref_amorce, $amorce_cle)
            }
        }
 
        else{
            $amorce_cle .= $nucleotide;
        }
    }
}

Mais j'obtiens le message d'erreur suivant

Deep recursion on subroutine "main::recup_amorce" at P:\Perl\scripts2\MANIPS~1\CONSEN~1.PL line 39.

[Jasmine80]

Code :

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my %correspondances =
    (
            'R' => ['A', 'G'],
            'K' => ['G', 'T'],
            'S' => ['C', 'G'],
            'W' => ['A', 'T'],
            'M' => ['A', 'C'],
            'Y' => ['C', 'T'],
            'D' => ['A', 'G', 'T'],
            'V' => ['A', 'C', 'G'],
            'B' => ['C', 'G', 'T'],
            'H' => ['A', 'C', 'T'],
            'N' => ['A', 'C', 'G', 'T'],
    );
 
my @a_degenerescences = $correspondances{'R'};
map{print "$_\n";} @a_degenerescences ;

Je n'arrive pas à récupérer les valeur de l'array ... c'est tellement stupide que ça m'énerve.

Cela fonctionne avec

Code :

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my @a_degenerescences = $correspondances{'R'};
foreach my $array ( @a_degenerescences){
    map{print "$_\n";} @{$array} ;
}

mais cela devient compliqué

[CKLN00]

$correspondances{'R'}; contien un Scalaire (comme le $ au début l'indique) mais c'est un Référence à un tableau qui lui meme contien le scalaire A et le scalaire G.
donc pour obtenire la liste de scalaire correspondant à 'R' il faut faire par exemple : print @{$correspondances{'R'}} ;

Edit :

mais cela devient compliqué

bha normal les structures complex (un Hash de tableau ici) sont ... pas simple à manipulé puisqu'en fait les Hash et tableau ne contiennent que des scalaire !
il faut comprendre qu'en fait un tableau de tableau n'est en fait qu'un tableau conteant des références vers d'autres tableau mais je pense que cela est bien mieux expliquer dans la

[Jasmine80]

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#!/usr/local/bin/perl
 
 
 
use strict;
use warnings;
 
my $amorce = 'ATGGTMCAGATTCRCHTTC';
my @a_amorce = split ('', $amorce);
 
 
 
 
my %correspondances =
    (
            'R' => ['A', 'G'],
            'K' => ['G', 'T'],
            'S' => ['C', 'G'],
            'W' => ['A', 'T'],
            'M' => ['A', 'C'],
            'Y' => ['C', 'T'],
            'D' => ['A', 'G', 'T'],
            'V' => ['A', 'C', 'G'],
            'B' => ['C', 'G', 'T'],
            'H' => ['A', 'C', 'T'],
            'N' => ['A', 'C', 'G', 'T'],
    );
 
 
 
my $amorce_cle = '';
my @a_recup;
 
recup_amorce ($amorce, $amorce_cle );
 
map {print "=> ".$_."\n";}@a_recup;
 
sub recup_amorce{
 
    # amorce de départ
    my $amorce = $_[0];
    # début déjà créé de l'amorce sans les dégénérescences
    my $amorce_cle = $_[1];
    # longueur de l'amorce clé
    my $l = length($amorce_cle);
    # on récupère la fin de $amorce qui n'a pas encore été traitée
    my $restant = substr ($amorce, $l);
 
    print "$amorce\t$amorce_cle\t$restant\n";
 
    # si il reste encore des nucléotides à traiter
    if(length($restant) > 0){
        my @a_nucleotides = split ('', $restant);
 
        # pour chacun des nucléotides, on regarde si il faut le traiter ou non
        foreach my $nucleotide (@a_nucleotides){
 
            # si le nucléotide est une base dégénérées
            if  (exists $correspondances{$nucleotide}){
 
                # on va récupérer toutes les valeurs possibles
                foreach my $deg (@{$correspondances{$nucleotide}}){
                    $amorce_cle .= $deg;
                    recup_amorce($amorce, $amorce_cle);
                }
            }
 
            # si le nucléotide ne doit pas être modifié
            # on l'ajoute tel quel
            else{
                $amorce_cle .= $nucleotide;
            }
        }
    }
    # séquence de l'amorce terminée
    # récupération dans un array
    else{
        push (@a_recup, $amorce_cle);
    }
}

Cela progresse petit à petit