Discussion :

[Kro86]

Bonjour,
Je ne sais pas si qqn pourra m'aider mais je me trouve face a une probleme. Je viens de commencer l'implementation d'un plugin pour imageJ et je dois pouvoir recuperer la valeur d'un pixel [x,y] sachant que je travaille sur des sequences d'images.
J'ai essaye la fonction getPixel et lorsque je compile j'ai une erreur.

Code :

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D:\ImageJ\plugins\Molecule_Tracker_.java:61: incompatible types
found   : int[]
required: int
			int pixels = imp.getPixel(x,y);

Si qqn peut m'aider, merci d'avance.

[pipo44]

Première tentative de réponse soyez indulgent :

le type de pixels ça ne serait pas COLORREF plutôt que int?

[ToTo13]

Bonjour,

quel est le type de imp ?
Selon le type d'image, tu obtiendras un tableau d'int plutôt qu'un int.

[Kro86]

boujour,
Mon image est de type ImagePlus, je ne sais pas trop la difference entre ca ou imageProcessor.
Si qqn peut me lexpliquer en plus du reste.

Pour ce qui est du type des pixels, d'apres mes documents c'est bien un entier. Surtout que mes images sont en noir et blanc, il n'y a donc bien qu'une seule comppsante.

[pseudocode]

Y a un truc en Java qui s'appelle la "javadoc". C'est rudement pratique.

Code java :

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/**
Returns the pixel value at (x,y) as a 4 element array. Grayscale values
are retuned in the first element. RGB values are returned in the first
3 elements. For indexed color images, the RGB values are returned in the
first 3 three elements and the index (0-255) is returned in the last.
*/
public int[] getPixel(int x, int y) { ... }

Je te conseille tout de meme d'utiliser la classe PixelGrabber si tu dois recuperer beaucoup de pixels.

[Kro86]

Dans mon cas c'est juste la valeur d'un pixel que je recupere donc je pense que c'est approprie. Le soucis c'est que je ne comprends pas bien comment ca marche est ce que ca recupere la valeur du pixel x,y pour toutes les images de ma sequences ?

[pseudocode]

est ce que ca recupere la valeur du pixel x,y pour toutes les images de ma sequences ?

non, ca récupere la valeur du pixel sur l'image/slice courant. Cette valeur est retournée sous la forme d'un tableau de 4 entiers.

• Si l'image est en niveau de gris, seul le 1er entier du tableau est utilisé et représente la valeur du gris (0=noir -> 255=blanc)
• Si l'image est en RVB, les 3 premiers entiers du tableaux sont utilisés et représentent la valeur des 3 canaux Rouge, Vert et Bleu
• Si l'image utilise une palette, les 3 premiers entiers du tableaux représentent la couleur RVB (cf ci-dessus) et le 4eme entier représente l'index dans la palette

[Kro86]

J'ai un petit soucis au niveau de l'image courante, comment on la declare parce que je fais une boucle sur les numeros de slice mais j'ai l'impression que la fonction getPixel n'en tient pas compte.

[pseudocode]

J'ai un petit soucis au niveau de l'image courante, comment on la declare parce que je fais une boucle sur les numeros de slice mais j'ai l'impression que la fonction getPixel n'en tient pas compte.

D'après le code c'est sensé être pris en compte. Tu es sur que ton image contient des slices ?

int nmbslices = myimage.getNSlices();
System.out.println("myimage slices = "+nmbslices);

[Kro86]

Mon image contient 240 slices.

Code java :

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for (int i = frame ; i <= max ; i++) {
   int[] pixels = (int[]) imp.getPixel(x,y);
 
   // if the grayscale is the same => no change, the molecule didn't move
   if (pixels[0] == 0) {
      IJ.write ( "  " + i + " \t  " + x + " \t  " + y + " \t No change");
 
      // else it researchs the new position of the molecule	
   } else {
      for (int ind = x; ind >= 0; ind--) {
	pixels = (int[]) imp.getPixel(ind,y);
	if (pixels[0] == 0) {
                IJ.write ( "  " + i + " \t  " + ind + " \t  " + y + " \t Movement of the molecule");
	   track (imp,ind,y,i);
	   return;
	}	
   }
   return;
			}

Je crois que je ne precise a aucun moment que lón change de slice, mais je ne sais pas comment faire.
Merci pour votre aide.

[pseudocode]

Je crois que je ne precise a aucun moment que lón change de slice

C'est sur que ca ne va pas aider.

Essaye la methode "setSlice()" de ImagePlus.

[Kro86]

Desolee, je ne trouve pas dans ma doc, comment utiliser cette fonction, je dois stocker ca dans une variable ?

[pseudocode]

Desolee, je ne trouve pas dans ma doc, comment utiliser cette fonction, je dois stocker ca dans une variable ?

Code java :

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// nmb total de slices
int nbSlices = imp.getNSlices();
 
// pour chaque slice
for (int i = 1 ; i <= nbSlices ; i++) {
 
   // selectionne le slice courant
   imp.setSlice(i);
 
   // lecture du pixel (x,y) dans le slice courant
   int[] pixels = imp.getPixel(x,y);
 
   /* ... suite du code ici ... */
}

[Kro86]

Merci beaucoup, je venais juste d'y arriver.
Desolee, j'ai encore un probleme quand j'utilise la fonction putPixel :

void putPixel (int x, int y, int value);

J'ai une erreur qui me dit quíl ne trouve pas cette fonction.

[pseudocode]

J'ai une erreur qui me dit quíl ne trouve pas cette fonction.

Il n'y a pas de decorateur dans ImagePlus pour cette methode. Il faut passer par ImageProcessor. D'ailleur ca serait bien de passer par là meme pour le getPixel.

Code java :

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// nmb total de slices
int nbSlices = imp.getNSlices();
 
// pour chaque slice
for (int i = 1 ; i <= nbSlices ; i++) {
 
   // selectionne le slice courant
   imp.setSlice(i);
 
   // recupere le processeur associé au slice courant
   ImageProcessor processor = imp.getProcessor();
 
   // lecture du pixel
   int[] pixels = processor.getPixel(x,y);
 
   /* ... */
 
   // ecriture du pixel
   processor.putPixel(x,y,intvalue);
}

[Kro86]

Bonjour,
J'ai utilise comme vous me l'avez suggere de passer par ImageProcessor et c'est sur que ca marche beaucoup mieu, mon programme arrive a suivre les molecules. Le probleme est que j'ai plusieurs contraintes que je ne sais pas comment gerer. Il faudrait que je trouve le centre de la molecule et pour le moment je n'arrive qu'a trouver le point le plus proche de la derniere position car je m'appuie simplement sur le fait que les molecules sont blanches.
De plus il arrive qu'une molecule disparaisse durant une ou deux frames et je ne sais pas comment gerer ca avec un algorithme.

Code Java :

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public void track (ImagePlus imp, int x, int y, int frame) {
 
		// Number of frames in the movie
		int max = imp.getStackSize ();
		frame ++;
		if (frame == max + 1){
			return; // if the movie is finished
		}
 
		// select the current slice
		imp.setSlice (frame);
		// associate current slice with processor
		ImageProcessor processor = imp.getProcessor();
 
		// research of the value of the pixel (x,y)
		int pixels = processor.getPixel(x,y);
 
		// if the grayscale is the same => no change, the molecule didn't move
		if (pixels == 0) {
			IJ.write ( "  " + frame + " \t  " + x + " \t  " + y + " \t No change");
			track (imp,x,y,frame);
			return ;
 
		// else it researchs the new position of the molecule	
		} else {
			int min = 150;
			int xmin = 0, ymin = 0;
			for (int ys = y - 10; ys <= y + 10; ys ++) {
				for (int xs = x; xs >= 0; xs--) {
					// research of the value of the pixel (xs,ys)
					pixels = processor.getPixel(xs,ys);
					// I eliminate the trajectories superior to 150 pixels
					if ((pixels == 0) && (x - xs < min)) {
						min = x - xs;
						xmin = xs;
						ymin = ys;
					}
				}
			}
			if (min != 150) {
				IJ.write ( "  " + frame + " \t  " + xmin + " \t  " + ymin + " \t Movement of the molecule");
				track (imp,xmin,ymin,frame);
				return;
			} else { IJ.write ( "  " + frame + " \t  " + x + " \t  " + y + " \t No change");
				track (imp,x,y,frame);
				return;
			}
		}	
	}

Je sais pas si je suis tres claire, hesiter pas a me demander plus de details.