Discussion :

[wonderyan]

Bonjour à tous,

je suis perdu face à une modification pas très triviale sur un fichier très connu dans le monde de la bioinforamtique (les fichiers fasta...).

Ces fichiers (texte) ont pour structure:

>"Des infos sur la séquence d'adn qui suit:"
actgatcgaatcggatcgatcgatggctagctagaagatcgatcgatccgatc
actgatcgaatcggatcgatcgatggctagctagaagatcgatcgatccgatc
actgatcgaatcggatcgatcgatggctagctagaagatcgatcgatccgatc
>"Des infos sur la séquence d'adn qui suit:"
actgatcgaatcggatcgatcgatggctagctagaagatcgatcgatccgatc
actgatcgaatcggatcgatcgatggctagctagaagatcgatcgatccgatc
actgatcgaatcggatcgatcgatggctagctagaagatcgatcgatccgatc
>"Des infos sur la séquence d'adn qui suit:"
actgatcgaatcggatcgatcgatggctagctagaagatcgatcgatccgatc
actgatcgaatcggatcgatcgatggctagctagaagatcgatcgatccgatc
actgatcgaatcggatcgatcgatggctagctagaagatcgatcgatccgatc

etc...

mon bute est de remplacer les lignes qui commencent par ">" par une seule 'string' qui s'y trouve.

En fait ces lignes ont pour structure:
>gi|45382714|ref|NM_204688.1| Gallus gallus Wpkci (WPKCI), mRNA (par exmple)

Je veux en fait remplacer cette ligne ci par:
>NM_204688.1

et ce pour tout le fichier entier.

Je me vois bien faire un truc genre

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

awk '/>/ { } ' mon fichier fasta

mais je capte pas comment dire: rempalce moi cette ligne par le 4eme champ quand je délimite par des "|" ( comme cut -f 4 -d "|" et écrire ce que ça retourne à la place de toute ma ligne??)

Merci d'avance pour votre patience.

[GLDavid]

Pour moi, en bioinfo, Perl rules !
On t'attend donc sur le forum Perl

@++

[wonderyan]

Hum c'est vrai que je commence à trop galerer avec mes scripts shell...

[wonderyan]

Ahahaha

j'ai trouvé TOUT seul ahaha!

Pour ceux que ça pourait aider:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
sed "s/>>*[^][^]*\([XN][MN][0_9][0-9]*\)[^][^]*/>\1/" baboum > $1

Ca se fait pareil en perl ça au fait?

[GLDavid]

Pas tout à fait : il me semble que Perl a sa propre syntaxe de regexp alors que sed obéit à la norme Posix. Quelqu'un peut-il confirmer ou infirmer ?

@++