Discussion :

[jobim08]

Bonjour à tous,

j'ai utilisé le software BLAST. Le résultat est un fichier qui contient plusieurs oligo (Query) et les séquences dans la base de données pour lesquelles le "Query" mache. Comme vous savez, pour chaque oligo le Blast donne beaucoup d'informations.

Merci de m'aider comment extraire à partir de fichier de résultat, pour chaque "Query" , les informations comme: NOM de "Query", et NOM des séquences pour lesquelles le "Query" matche 100%.

Par example, au dessous est l'information d'un Oligo qui matche 100% dans 3 séquences Sf2M12141-3-1 , Sf1P10720-5-1, Sf1P24066-5-1. Je voudrais extraire seulement le NOM de Query et NOM de ces séquences (Sf2M12141-3-1 , Sf1P10720-5-1, Sf1P24066-5-1).


Merci en avance!


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BLASTN 2.2.18 [Mar-02-2008]


Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.

Query= A1 S2_384_001 >2J11-SP6\G
(60 letters)

Database: myEST.fasta
79,148 sequences; 45,507,970 total letters

Searching..................................................done



Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value

Sf2M12141-3-1 119 2e-027
Sf1P10720-5-1 119 2e-027
Sf1P24066-5-1 119 2e-027

>Sf2M12141-3-1
Length = 734

Score = 119 bits (60), Expect = 2e-027
Identities = 60/60 (100%)
Strand = Plus / Plus


Query: 1 gataccagcgggatcattatgccacattctgatcttggacctgcattatagatctgactt 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 306 gataccagcgggatcattatgccacattctgatcttggacctgcattatagatctgactt 365


>Sf1P10720-5-1
Length = 661

Score = 119 bits (60), Expect = 2e-027
Identities = 60/60 (100%)
Strand = Plus / Plus


Query: 1 gataccagcgggatcattatgccacattctgatcttggacctgcattatagatctgactt 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 208 gataccagcgggatcattatgccacattctgatcttggacctgcattatagatctgactt 267


>Sf1P24066-5-1
Length = 687

Score = 119 bits (60), Expect = 2e-027
Identities = 60/60 (100%)
Strand = Plus / Plus


Query: 1 gataccagcgggatcattatgccacattctgatcttggacctgcattatagatctgactt 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 588 gataccagcgggatcattatgccacattctgatcttggacctgcattatagatctgactt 647
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[Jasmine80]

Voici un de mes scripts qui pourrait t'aiguiller

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#-------------------------------------- BoulderBlast.pl --------------------------------------#
#  Récupère et affiche à l'écran les informations d'un fichier blast
#       Query            query sequence
#       Subject          subject sequence
#       Identity         percent identity of the hit
#       Expect           expectation value for the hit
#       Length           aligned sequences length
#-------------------------------------- BoulderBlast.pl --------------------------------------#
 
use strict;
use warnings;
use Boulder::Blast;
 
# parse and read a set of blast output files
my $blast = Boulder::Blast->parse("P:/Perl/scripts2/Files/Blast_Result.blast");
 
# once you have a $blast object, you can get info about it:
my $query = $blast->Blast_query;
my @hits  = $blast->Blast_hits;
foreach my $hit (@hits)
{
        my $hit_sequence = $hit->Name;    # get the ID
        my $significance = $hit->Signif;  # get the significance
        my @hsps = $hit->Hsps;            # list of HSPs
        foreach my $hsp (@hsps)
        {
                my $query   = $hsp->Query;              # query sequence
                my $subject = $hsp->Subject;            # subject sequence
                my $Identity  = $hsp->Identity;         # percent identity of the hit
                my $Expect = $hsp->Expect;              # expectation value for the hit
                my $length  = $hsp->Length;             # aligned sequences length
 
                print "QUERY : $query\n";
                print "SUBJECT : $subject\n";
                print "IDENTITY :$Identity\n";
                print "EXPECT : $Expect\n";
                print "LENGTH : $length\n";
        }
}

http://search.cpan.org/~lds/Boulder-...ulder/Blast.pm

The Boulder::Blast class parses the output of the Washington University (WU) or National Cenber for Biotechnology Information (NCBI) series of BLAST programs and turns them into Stone records. You may then use the standard Stone access methods to retrieve information about the BLAST run, or add the information to a Boulder stream.

[jobim08]

Merci pour ta réponse et ton script!

Mais il y a une erreur comme suivante :

can't locate Bouder/Blast.pm in @INC contains: C:/Program Files/Perl/lib/site

Je trouve le fichier Blast.pm dans répertoire:

C:\Program Files\Perl\site\lib\Bio\Index

Comment je dois faire?

Merci!