Bonjour à tous,
j'ai utilisé le software BLAST. Le résultat est un fichier qui contient plusieurs oligo (Query) et les séquences dans la base de données pour lesquelles le "Query" mache. Comme vous savez, pour chaque oligo le Blast donne beaucoup d'informations.
Merci de m'aider comment extraire à partir de fichier de résultat, pour chaque "Query" , les informations comme: NOM de "Query", et NOM des séquences pour lesquelles le "Query" matche 100%.
Par example, au dessous est l'information d'un Oligo qui matche 100% dans 3 séquences Sf2M12141-3-1 , Sf1P10720-5-1, Sf1P24066-5-1. Je voudrais extraire seulement le NOM de Query et NOM de ces séquences (Sf2M12141-3-1 , Sf1P10720-5-1, Sf1P24066-5-1).
Merci en avance!
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BLASTN 2.2.18 [Mar-02-2008]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= A1 S2_384_001 >2J11-SP6\G
(60 letters)
Database: myEST.fasta
79,148 sequences; 45,507,970 total letters
Searching..................................................done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
Sf2M12141-3-1 119 2e-027
Sf1P10720-5-1 119 2e-027
Sf1P24066-5-1 119 2e-027
>Sf2M12141-3-1
Length = 734
Score = 119 bits (60), Expect = 2e-027
Identities = 60/60 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 gataccagcgggatcattatgccacattctgatcttggacctgcattatagatctgactt 60
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Sbjct: 306 gataccagcgggatcattatgccacattctgatcttggacctgcattatagatctgactt 365
>Sf1P10720-5-1
Length = 661
Score = 119 bits (60), Expect = 2e-027
Identities = 60/60 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 gataccagcgggatcattatgccacattctgatcttggacctgcattatagatctgactt 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 208 gataccagcgggatcattatgccacattctgatcttggacctgcattatagatctgactt 267
>Sf1P24066-5-1
Length = 687
Score = 119 bits (60), Expect = 2e-027
Identities = 60/60 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 gataccagcgggatcattatgccacattctgatcttggacctgcattatagatctgactt 60
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Sbjct: 588 gataccagcgggatcattatgccacattctgatcttggacctgcattatagatctgactt 647
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