parcourir un objet

**Jasmine80** · 11/06/2008, 12h52

Bonjour,

J'ai un obje $seq contenant plusieurs sous-objets (corrigez moi si mon vocabulaire est incorrect)

Voici 2 des nombreux sous-objets de mon objet $seq

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
                                 bless( {
                                          '_source_tag' => 'EMBL/GenBank/SwissProt',
                                          '_gsf_seq' => $VAR1->{'primary_seq'},
                                          '_location' => bless( {
                                                                  '_strand' => -1,
                                                                  '_seqid' => 'CP000733',
                                                                  '_location_type' => 'EXACT',
                                                                  '_start' => '1892972',
                                                                  '_end' => '1893048',
                                                                  '_root_verbose' => 0
                                                                }, 'Bio::Location::Simple' ),
                                          '_gsf_seq_id' => 'CP000733',
                                          '_primary_tag' => 'tRNA',
                                          'annotation' => bless( {
                                                                   '_typemap' => bless( {
                                                                                          '_type' => {
                                                                                                       'locus_tag' => 'Bio::Annotation::SimpleValue',
                                                                                                       'comment' => 'Bio::Annotation::Comment',
                                                                                                       'reference' => 'Bio::Annotation::Reference',
                                                                                                       'product' => 'Bio::Annotation::SimpleValue',
                                                                                                       'dblink' => 'Bio::Annotation::DBLink',
                                                                                                       'old_locus_tag' => 'Bio::Annotation::SimpleValue'
                                                                                                     }
                                                                                        }, 'Bio::Annotation::TypeManager' ),
                                                                   '_annotation' => {
                                                                                      'locus_tag' => [
                                                                                                       bless( {
                                                                                                                'value' => 'CBUD_1916'
                                                                                                              }, 'Bio::Annotation::SimpleValue' )
                                                                                                     ],
                                                                                      'product' => [
                                                                                                     bless( {
                                                                                                              'value' => 'tRNA-Ile'
                                                                                                            }, 'Bio::Annotation::SimpleValue' )
                                                                                                   ],
                                                                                      'old_locus_tag' => [
                                                                                                           bless( {
                                                                                                                    'value' => 'COXBU7E912_1916'
                                                                                                                  }, 'Bio::Annotation::SimpleValue' )
                                                                                                         ]
                                                                                    }
                                                                 }, 'Bio::Annotation::Collection' )
                                        }, 'Bio::SeqFeature::Generic' ),                                 bless( {
                                          '_source_tag' => 'EMBL/GenBank/SwissProt',
                                          '_gsf_seq' => $VAR1->{'primary_seq'},
                                          '_location' => bless( {
                                                                  '_strand' => -1,
                                                                  '_seqid' => 'CP000733',
                                                                  '_location_type' => 'EXACT',
                                                                  '_start' => '1893237',
                                                                  '_end' => '1894693',
                                                                  '_root_verbose' => 0
                                                                }, 'Bio::Location::Simple' ),
                                          '_gsf_seq_id' => 'CP000733',
                                          '_primary_tag' => 'rRNA',
                                          'annotation' => bless( {
                                                                   '_typemap' => bless( {
                                                                                          '_type' => {
                                                                                                       'locus_tag' => 'Bio::Annotation::SimpleValue',
                                                                                                       'comment' => 'Bio::Annotation::Comment',
                                                                                                       'reference' => 'Bio::Annotation::Reference',
                                                                                                       'gene' => 'Bio::Annotation::SimpleValue',
                                                                                                       'product' => 'Bio::Annotation::SimpleValue',
                                                                                                       'dblink' => 'Bio::Annotation::DBLink',
                                                                                                       'old_locus_tag' => 'Bio::Annotation::SimpleValue'
                                                                                                     }
                                                                                        }, 'Bio::Annotation::TypeManager' ),
                                                                   '_annotation' => {
                                                                                      'locus_tag' => [
                                                                                                       bless( {
                                                                                                                'value' => 'CBUD_1917'
                                                                                                              }, 'Bio::Annotation::SimpleValue' )
                                                                                                     ],
                                                                                      'gene' => [
                                                                                                  bless( {
                                                                                                           'value' => 'rrsA'
                                                                                                         }, 'Bio::Annotation::SimpleValue' )
                                                                                                ],
                                                                                      'product' => [
                                                                                                     bless( {
                                                                                                              'value' => '16S ribosomal RNA'
                                                                                                            }, 'Bio::Annotation::SimpleValue' )
                                                                                                   ],
                                                                                      'old_locus_tag' => [
                                                                                                           bless( {
                                                                                                                    'value' => 'COXBU7E912_1917'
                                                                                                                  }, 'Bio::Annotation::SimpleValue' )
                                                                                                         ]
                                                                                    }
                                                                 }, 'Bio::Annotation::Collection' )
                                        }, 'Bio::SeqFeature::Generic' ),

J'aimerais parcourir ces sous-objets et récupérer des informations. Je recherche la position de départ du produit '23S ribosomal RNA'. Un seul des sous-objets possède cette valeur comme produit. Dans cet exemple, je voudrais récupérer la valeur 1893237 de 'start'.

Je ne sais pas comment procéder. J'ai essayé avec

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
            foreach my $feature ($seq->get_SeqFeatures){
                if($feature->primary_tag eq 'rRNA') {
                    if($feature->has_tag('product') eq '23S ribosomal RNA') {
                        my $product = $feature->get_tag_values('product');
                        print "$product\n";
                    }
                }
            }

mais je ne sais pas où indiquer que le tag 'annotation' doit être utilisé.

Ou alors faire quelque chose comme ceci

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
        my @Features = $seq->get_SeqFeatures;
 
        $NombreObjets = @Features;
        print "Nbr objets = $NombreObjets\n";
 
 
        for ($s=0; $s<$NombreObjets; $s++){
 
                my $Features = $Features[$s];  # avance block par block
                foreach my $k (keys %$Features)
                {
                         ...

Ce n'est pas très clair car je ne sais pas quels termes utiliser, n'hésitez pas à me poser des questions.

Merci de votre aide,

**Jasmine80** · 12/06/2008, 15h12

J'ai fait

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

print Dumper $feature->get_tag_values('product');

et j'obtiens

$VAR1 = '26S ribosomal RNA';

Y a-t'il moyen de récupérer 26S ribosomal RNA plus facilement que par

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
                        my $rib;
                        foreach  ($feature->get_tag_values('product')){$rib = $_;};

Avec

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

print Dumper $feature->location;

J'obtiens

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
$VAR1 = bless( {
                 '_strand' => 1,
                 '_seqid' => 'CP000733',
                 '_location_type' => 'EXACT',
                 '_start' => '1096955',
                 '_end' => '1097233',
                 '_root_verbose' => 0
               }, 'Bio::Location::Simple' );

Je récupère start avec

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
                    foreach my $hash ($feature->location){
                        print ${$hash}{'_start'}."\n";
                    }

Est-ce correct? En tous cas, cela semble fonctionner.

Merci de votre aide,

**CKLN00** · 12/06/2008, 17h19

bha pour le coup de RIEN xD !

**Jasmine80** · 12/06/2008, 18h44

Je parlais comme aide, de vos conseils et commentaires utile ("utiles" ... n'est ce pas CKLN00) au sujet de mes morceaux de script

Merci,

**Jedai** · 12/06/2008, 19h02

Pourquoi est-ce que tu mets des foreach() partout ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $rib = $feature->get_tag_values('product');

et

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $start = $feature->location->{'_start'};

marchent tout aussi bien, non ?

--
Jedaï

**Jasmine80** · 12/06/2008, 20h16

Oui, merci. Je testerai demain matin au labo. Cela me paraissait bien compliqué avec foreach mais je ne voyais pas comment faire d'autre

.
... le pire, c'est que pour 'product', je l'avais bien fait sans foreach, ça devait être la fatigue.

Merci,

parcourir un objet

Langage Perl

Vue hybride

Discussions similaires

Partager

Partager