Discussion :

[solen]

Bonjour,
j'aimerai trouver une solution pour comparer 2 chaines de caractères et déterminer combien de caractères identique (et à la même position) il y a entre les 2 chaines (ou, bien sur, combien il y en a de différent, il ne me restera qu'à faire la soustraction).
Un petit exemple que que vous compreniez mieux:
$a="toto"
$b="tati"

et je voudrai faire afficher => il y a 2 lettres identique (les même et à la même position : les 2 t)

merci de m'aider

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use strict;
 
my $string1 = "toto";
my $string2 = "tati";
 
 
my @a_string1 = split ('', $string1);
my @a_string2 = split ('', $string2);
 
 
my $communs = 0;
my $differents = 0;
 
for (my $i = 0; $i < @a_string1; $i++){
    if($a_string1[$i] eq $a_string2[$i]){ $communs++; }
    else { $differents++; }
}
 
print "nombre de lettres communes = $communs\nnombre de lettres différentes = $differents";

Dans le for (my $i = 0; $i < @a_string1; $i++) tu dois utiliser le mots le plus court si ils ne sont pas de même longueur. Il y a certainement moyen de faire mieux

[solen]

oui j'ai envisagée cette solution, mais elle est beaucoup trop longue. Car les chaines que je veux comparer font 1000 caractères et il y en à 20000 à comparer 2 à 2...

merci quand même

[Jasmine80]

utilise clustalW dans ce cas, il est fait pour cela (enfin si tes séquences sont nucléiques)

[solen]

en fait, c'est des nombres (de 1 à 8-15 selon les cas). Un exemple réel (en plus court tout de meme ):
1\t3\t5\t3\t2\t5\t.....
1\t2\t5\t6\t8\t5\t.....

et je voudrai avoir comme résultat 3

[Jedai]

Un truc comme ça (pas encore testé) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
use strict; use warnings;
use Inline C => <<'END_OF_C';
 
int c_compare( SV* str_a, SV* str_b ) {
  int common = 0;
  STRLEN len_a, len_b, len, i;
  char *a, *b;
  a = SvPV( str_a, len_a );
  b = SvPV( str_b, len_b );
  len = len_a < len_b ? len_a : len_b;
 
  for( i = 0; i < len; i++ ) {
    if( a[i] == b[i] ) common++;
  }
 
  return common;
}
 
END_OF_C
 
# initialise @sequences
my @sequences = ( "1\t2\t3\t4\t45", "2\t2\t3\t4\t10" ) ;
@sequences = map { join '', map {chr $_} (split /\t/, $_) } @sequences;
 
for my $i ( 0 .. $#sequences ) {
  for my $j ( ($i+1) .. $#sequences ) {
    my $common = c_compare($sequences[$i], $sequences[$j]);
    print "Les séquences $i et $j ont $common caractères communs.\n";
  }
}
 
__END__

Ca devrait être relativement performant, si ça ne l'est pas alors le problème est l'algorithme (mais je ne vois pas trop comment l'améliorer ?).

--
Jedaï