Bonjour à tous,
J'ai un problème avec remote_blast.
Voici mon script, qui vient du CPAN
la requête s'effectue bien mais :
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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51 #!/usr/local/bin/perl use Bio::Tools::Run::RemoteBlast; use strict; use FileHandle; my $prog = 'blastn'; my $db = 'nr/nt'; my $e_val= '1e-10'; my @params = ( '-prog' => $prog, '-data' => $db, '-expect' => $e_val, '-readmethod' => 'SearchIO' ); my $factory = Bio::Tools::Run::RemoteBlast->new(@params); my $v = 1; my $str = Bio::SeqIO->new(-file=>'P:/Perl/scripts2/Files/BLAST/NM_001701.fa' , '-format' => 'fasta' ); #Blast a sequence against a database: my $rep = 'P:/Perl/scripts2/Files/BLAST/'; my $r = $factory->submit_blast($rep.'NM_001701.fa'); while ( my @rids = $factory->each_rid ) { foreach my $rid ( @rids ) { my $rc = $factory->retrieve_blast($rid); if( !ref($rc) ) { if( $rc < 0 ) { $factory->remove_rid($rid); } print STDERR "." if ( $v > 0 ); sleep 5; } else { my $result = $rc->next_result(); #save the output my $filename = FileHandle->new(">".$rep.$result->query_name()."\.out"); $factory->save_output($filename); $factory->remove_rid($rid); print "\nQuery Name: ", $result->query_name(), "\n"; while ( my $hit = $result->next_hit ) { next unless ( $v > 0); print "\thit name is ", $hit->name, "\n"; while( my $hsp = $hit->next_hsp ) { print "\t\tscore is ", $hsp->score, "\n"; } } } } }
Je ne trouve aucune séquence apparentée. Quand je fais un Blast en ligne, la même séquence montre plusieurs résultats. J'ai testé plusieurs séquences via ce script et c'est toujours un résultat vide. Il doit probablement y avoir une erreur dans mes paramètres mais je ne vois pas laquelle. Utiliser l'algorithme 'blastn', la DB 'nr/nt' et mettre '1e-10' comme seuil à mon expected value me parait correct. Auriez-vous une idée du problème?
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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26 print Dumper $result; $VAR1 = bless( { '_iteration_count' => 0, '_algorithm_version' => '2.2.18+', '_iterations' => [], '_statistics' => bless( {}, 'Bio::Search::GenericStatistics' ), '_algorithm' => 'BLASTN', '_parameters' => bless( {}, 'Bio::Tools::Run::GenericParameters' ), '_queryname' => 'NM_001701', '_queryacc' => 'NM_001701', '_inclusion_threshold' => '0.001', '_iteration_index' => 0, '_hits' => [], '_hitindex' => 0, '_querydesc' => '', '_querylength' => '261', '_hit_factory' => bless( { 'interface' => 'Bio::Search::Hit::HitI', 'type' => 'Bio::Search::Hit::BlastHit', '_loaded_types' => { 'Bio::Search::Hit::BlastHit' => 1 }, '_root_verbose' => 0 }, 'Bio::Factory::ObjectFactory' ), '_root_verbose' => 0 }, 'Bio::Search::Result::BlastResult' );
Merci beaucoup,
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